На этом противостояние с вражескими воздушными миноносцами отнюдь не закончилось. В ранние часы 24 июня в Севастополе опять зазвучали сирены воздушной тревоги, которая длилась четыре часа. Из-за затемнения немецким пилотам вновь не удалось точно отыскать город, в результате чего большинство мин (как минимум шесть) упало на сушу. Две мины взорвались на побережье Карантинной бухты, где разрушили пристань, а четыре легли на внешнем рейде базы. Одна из упавших на сушу мин не взорвалась, что стало ценным подарком для советских минеров. Тогда-то и отпали последние сомнения в том, мины какого типа применяет противник. Тем не менее днем вновь велось траление внешнего рейда обычными контактными тралами. На этот раз взрыв раздался под 25-тонным плавучим краном. Из его экипажа 9 человек погибли, а 4 — получили ранения и контузии.
Третьей ночью минирования стала ночь на 27 июня. Пять мин упали на внешнем рейде, одна — на военно-морское училище и одна — на деревню. Впервые немецкие летчики попытались минировать Днепровский лиман, где находилась важнейшая судостроительная и судоремонтная база ЧФ — Николаев. После этого Октябрьский предупредил всех командиров баз, что противник может попытаться заминировать их с воздуха, а способов траления донных мин все еще нет. В качестве единственного средства предлагалось организовать ночные посты наблюдения на шлюпках и катерах, которые в случае минирования точно засекали бы места падения мин, которые потом бы обвеховывались и уничтожались глубинными бомбами. Одновременно он доложил наркому ВМФ, что отсутствие средств борьбы с донными минами «частично парализовало активную деятельность флота. По этой же причине, а также из-за боязни потерять транспорты от атак подводных лодок и авиации противника, в первые дни войны на театре перевозки замедлились».
Тем временем визиты миноносцев продолжались. Они минировали внешний рейд базы в ночи на 28, 29 июня и 3, 4 июля. По немецким данным, с начала войны до 4.7.1941 группа II/KG 4 выставила 120 мин в районе Севастополя и 50 в Днепровском лимане. По советским данным, начиная с первой военной ночи наблюдательным постам главной базы (ГБ) удалось заметить сброс 44 мин, из которых только 24 упали на выходе из Северной бухты. Таким образом, даже если допустить, что часть сброшенных мин осталась незамеченной, немцам удалось выставить в заданном районе только около четверти от израсходованного числа, а остальные упали на сушу или далеко в море, где они не представляли большой угрозы (мины срабатывали под днищем корабля только на глубинах моря не более 25 м). Кроме упоминавшихся Черноморский флот понес на минах еще несколько потерь. Днем 30 июня на выходном фарватере взорвалась паровая шаланда «Днепр». Погибло четыре человека, и столько же получили ранения. Но свою самую большую утрату ЧФ понес 1 июля. Днем новый эсминец «Быстрый» вышел из ГБ в Николаев для ремонта. Перед ним по фарватеру прошли два транспорта, буксир и подводная лодка, но тем не менее в 14.29 под кораблем прогрохотал мощный взрыв. Командир «Быстрого» свернул с фарватера и приткнулся к прибрежной отмели. Корпус эсминца получил обширные повреждения, главным из которых оказался перелом корпуса в районе полубака. Два человека погибли при взрыве, но еще 22 утонули, прыгнув за борт во время возникшей паники. 14 июля корабль сняли с мели и ввели в док, но отремонтировать так и не смогли — повреждения оказались слишком обширными, а при осаде Севастополя «Быстрый» получил многочисленные повреждения от бомб и снарядов.
Точные потери люфтваффе в ходе осуществления заградительной операции неизвестны, но советская ПВО настаивает на уничтожении как минимум двух машин — одной в первую ночь и другой в ночь на 4 июля, когда, по наблюдению берегового поста, один из самолетов наскочил на аэростат заграждения и взорвался при падении в море. Минные постановки немцев могли иметь гораздо более неприятный для советской стороны исход, если бы в их разгар группа II/KG 4 не получила приказ перебазироваться на Балтику. Уже тогда у немцев не хватало сил для того, чтобы быть одинаково сильными повсюду. К концу июля на ЧФ уже имелись электромагнитные тралы, и кризис, связанный с применением донных мин, навсегда остался позади.
