1998 г. В августе талибы захватили Мазари-Шариф и убили иранских дипломатов. В ответ Иран мобилизовал 200 000 солдат и начал подготовку к вторжению в Афганистан. Однако при посредничестве ООН конфликт был урегулирован. Также в августе, после того как «Аль-Каида» организовала взрывы посольств США в Танзании и Кении, американцы нанесли удары крылатыми ракетами по ее тренировочным лагерям в провинции Хост.
2000 г. Талибы захватили город Талукан на севере страны и взяли под контроль большую часть Афганистана.
Сентябрь 2001 г. 9 сентября боевики «Аль-Каиды» убили лидера Северного Альянса Ахмад-Шаха Масуда. Через два дня боевики «Аль-Каиды» захватили в США гражданские самолеты и врезались на них в здания Всемирного Торгового Центра в Нью-Йорке и здание Пентагона в Вашингтоне. Четвертый захваченный самолет разбился в районе города Шенксвилл в штате Пенсильвания. 26 сентября группа агентов ЦРУ во главе с Гэри Шроеном (позывной – Jaw-breaker) высадилась в Афганистане.
С этого момента США начали войну против «Талибана».
Октябрь 2001 г. 7 октября США начали бомбить объекты «Талибана».
Ноябрь 2001 г. 10 ноября американские и афганские войска взяли под контроль город Мазари-Шариф на севере Афганистана, 11 ноября – города Талукан и Бамиан, 12 ноября – Герат, 13 ноября – Кабул, 14 ноября – Джелалабад и 26 ноября – Кундуз. В конце ноября США приступили к планированию войны в Ираке.
Декабрь 2001 г. 5 декабря политические лидеры Афганистана подписали Боннское соглашение, содержащее график создания представительного правительства. 5–6 декабря американские и афганские войска овладели Кандагаром, завершив в основном ликвидацию режима «Талибана». Во время боев в Тора-Бора в районе афгано-пакистанской границы американцы едва не уничтожили Усаму бен Ладена.
Март 2002 г. Со 2 по 16 марта войска США и государств Коалиции провели в долине Шахи-Кот операцию «Анаконда», направленную против боевиков «Аль-Каиды» и других военизированных группировок.
Апрель 2002 г. 17 апреля, выступая в Вирджинском военном институте, президент Буш призвал принять «план Маршалла для Афганистана» и предоставить ему финансовую помощь.
Июнь 2002 г. В Афганистане состоялось чрезвычайное заседание Лойя-джирги (в переводе с пушту означает «большой совет»), на котором Хамид Карзай был выбран главой переходного правительства страны.
Август 2002 г. Талибы проводят ряд наступательных операций в провинциях Кандагар и Хост. Они знаменуют начало мятежа талибов против правительства Хамида Карзая.
Март 2003 г. 1 марта в Пакистане схвачен Халид Шейх Мохаммед, один из главных организаторов теракта 11 сентября. 20 марта войска США начинают вторжение в Ирак.
Июль 2003 г. Американские и афганские войска проводят в провинции Пактия операцию «Уорриор Суип».
Август 2003 г. Спецназ США и афганские войска ведут бои с талибами в районе Дех-Чопан в провинции Забуль.
Ноябрь 2003 г. Американские и афганские войска проводят операцию «Маунтин Резолв» в провинциях Нуристан и Кунар.
Декабрь 2003 г. Началось заседание Лойя-джирги, посвященное обсуждению новой конституции страны. В начале января, после нескольких недель дебатов, Лойя-джирга приняла конституцию.
Апрель 2004 г. Правительство Пакистана заключило с движением «Талибан» и лидерами местных племен соглашение, известное как «Соглашение Шакаи». В соответствии с его условиями армия Пакистана обещала оставаться в районах расквартирования, местные боевики обязывались не нападать на пакистанских правительственных чиновников, а все иностранцы должны были пройти регистрацию. Вскоре после заключения соглашение было нарушено.
Июнь 2004 г. Пакистанские войска провели операцию в долине Шакаи после получения разведывательной информации о сосредоточении там более 200 чеченских и узбекских боевиков, нескольких арабов и нескольких сотен их местных сторонников.
Июль 2004 г. Члены неправительственной организации «Врачи без границ» покинули Афганистан, сославшись на ухудшение ситуации с обеспечением безопасности.
Октябрь 2004 г. На состоявшихся в Афганистане президентских выборах победил Хамид Карзай. НАТО завершило 1-й этап развертывания на севере Афганистана.
