В годы Гражданской войны Борис Михайлович не только сложился в крупного оперативного штабного работника, но и показал себя талантливым военным теоретиком и публицистом. Он находил время для обобщения опыта войны, регулярно выступал в военной печати. Им были написаны интересные работы о боевой подготовке войск, о действиях стратегической конницы, обзоры боевых действий в кампаниях 1919–1920 «годов. Он принимал активное участие в разработке отчета о боевых действиях Красной Армии в 1919–1920 годах, который явился, по существу, первым стратегическим очерком завершающего периода Гражданской войны.
Обобщение и осмысливание боевого опыта в первые годы после окончания Гражданской войны было основной темой его выступлений в печати. В 1919–1921 годах он публикует серию очерков о боевых действиях конницы в Первой мировой войне, а в 1923 году издает книгу «Конница».
Эта книга явилась крупным научным исследованием организации и тактики кавалерии. Она широко использовалась в то время в боевой и оперативной подготовке командного состава Красной Армии.
Спустя год вышла в свет его вторая работа — «На Висле» — оригинальное, глубоко аргументированное военно-историческое исследование. Опираясь на документы, впервые вводимые им в научный оборот (переговоры по прямому проводу Главкома с командующими фронтами, директивы Полевого штаба, анализ обстановки на других фронтах и т. д.), на свои воспоминания и ряд статей иностранных авторов, Б.М. Шапошников тщательно анализирует стратегические замыслы и их исполнение в 1920 году на Западном и Юго-Западном фронтах.
Ответственная работа в Штабе РККА в период военной реформы натолкнула Бориса Михайловича на мысль обобщить практику генеральных штабов различных стран и создать труд, в котором научно обосновать место и роль подобного органа в Красной Армии. Подготовка такого труда требовала кропотливой работы, большого времени и недюжинного таланта.
Будучи командующим войсками Ленинградского и Московского военных округов, упорно работая над вопросами боевой подготовки войск и над оперативной подготовкой руководящего состава, Борис Михайлович продолжал свои теоретические исследования.
Разносторонняя подготовка и глубокие военные знания позволили Б.М. Шапошникову внедрить в боевую и оперативную подготовку войск и штабов ряд интересных новшеств. Разработанная им и примененная в Ленинградском и Московском военных округах методика проведения учений и маневров с широким использованием посреднического аппарата и нейтральной связи получила в тот период положительную оценку. Часто посещая учебные поля, стрельбища, командирские занятия, Борис Михайлович делал поучительные разборы увиденного, прививал командирам единые взгляды на вопросы обучения и воспитания войск. Он был последовательным поборником строгой дисциплины, но врагом окрика.
Значительным подспорьем в его работе служила библиотека, оставшаяся от старого Военного министерства и размещавшаяся в помещении штаба Ленинградского военного округа.
Старые работники этой библиотеки и сейчас еще вспоминают, что Б.М. Шапошников был одним из тех командующих, кто регулярно работал в ней и лично обследовал чуть ли не каждый шкаф в ее многоэтажном купольном зале. Именно в эти годы он вчерне завершил работу над своим трудом «Мозг армии» и подготовил к печати первую книгу, наиболее насыщенную раздумьями о роли генерального штаба в системе вооруженных сил, теоретическими выводами и практическими пожеланиями. Эта книга, несмотря на ее специфику и довольно крупный по тому времени тираж (5 тысяч), разошлась очень быстро и вызвала оживленную дискуссию, как в СССР, так и за его пределами. Спустя два года вышли в свет вторая и третья книги этого труда.
За основу исследования в книге взята деятельность генерального штаба австро-венгерской армии. Этот выбор не случаен. К моменту начала работы наиболее полно была описана история только австро-венгерского генерального штаба, причем в роли исследователя-историка выступал сам бывший его начальник — фельдмаршал Конрад фок Гетцендорф. Пятитомные мемуары Конрада, сопровождавшиеся публикацией множества подлинных документов о работе генерального штаба и связанных с ним правительственных учреждений, представляли возможность всесторонне исследовать комплекс вопросов, входящих в сферу деятельности этого органа, вскрыть ее положительные и отрицательные стороны.
