Флобер неоднократно указывает в письмах, что недоволен замыслом, который, к сожалению, поздно уже менять, и т. п. Его одолевали сомнения: способен ли вызвать интерес читателя столь слабый и пассивный характер, каким наделен Фредерик Моро? Немалые затруднения возникали в ходе создания романа из-за необходимости как можно более органично спаять воедино частную жизнь персонажей со стремительным и бурным разворотом политических событий. Сюда следует присоединить в крайнюю сложность исторической ситуации, легшей в основу произведения, обилие различных политических течений и социальных учений и теорий, которые должны были найти свое место и свой способ художественно образного воплощения. Кроме того, следует учитывать и то немаловажное обстоятельство, что «Воспитание чувств» рождалось из-под пера Флобера как отклик на нараставшую в шестидесятые годы потребность Франции в пересмотре уроков исторического прошлого, что делало особо ответственной работу писателя над общественно-исторической линией в сюжете романа.
Флобер очень тонко чувствовал эту неодолимую общественную потребность в обращении к урокам прошлого, указывая в письмах периода работы над романом, что реакция вырыла пропасть между Францией 1848 года и Францией нынешней, что своей книгой он хотел бы воскресить для современного ему читателя «поколение ископаемых»… Как известно, писателю не удалось воссоздать исторически правдивую картину времени во всей ее объективной полноте, донести до читателя подлинный смысл стремлений и надежд революционного народа. Автор «Воспитания чувств» стал жертвой собственного ошибочного убеждения, что ему удалось создать абсолютно объективную книгу, в которой он не «льстил», по его словам, ни реакционерам, ни демократам.
Наконец, значительную долю трудностей, выраставших перед Флобером, по мере того как он продвигался все дальше в своей работе над произведением, составило его (художника) внутреннее сопротивление материалу. Через всю переписку Флобера периода второй половины шестидесятых годов проходит один устойчивый мотив: ему, писателю, противно заниматься изображением быта и нравов буржуазии. Здесь можно почувствовать духовную трагедию большого художника, который ощущал в себе присутствие буржуа, буржуа, страшащегося народа, и вместе с тем вздел буржуазный миропорядок в его безнравственности, пошлости; уродливости. Флобер клянется (в который раз!), что он больше не возьмется за «буржуазный сюжет», что ему претит описание уродливой среды и мещанских нравов; он мечтает о «красивом сюжете», возвышенных ситуациях, героическом повествовании…
Таковы моменты идейно-эстетического характера, которые в совокупности своей составили предмет величайших забот и терзаний Гюстава Флобера. Заметим, кстати, что не все из огромного круга книжных источников, изученных Флобером в ходе создания романа, было действительно практически необходимо. Нередко эти предварительные разыскания приобретали самостоятельный для Флобера интерес и значение. Он часто говаривал друзьям, что для него чтение книг — особый способ жить.
Роман «Воспитание чувств» разделил судьбу предыдущих произведений Флобера («Госпожа Бовари» и «Саламбо»). Критика встретила выход в свет нового романа резко враждебными отзывами. Это прежде всего относится к литературным критикам из консервативного лагеря (Кювилье-Флери, Барбэ д'Оревильи, Сарсэ и др.).
«Дорогой, добрый мой маэстро! Ваш старый трубадур сильно охаян газетами… Меня обзывают кретином и канальей», — писал Флобер в письме к Жорж Санд 3 декабря 1869 года. Смысл нападок на писателя можно свести к следующим моментам: роман пропагандирует равнодушие к идеалам и принципам нравственности, в нем виден лишь холодный объективизм автора. Флобера резко упрекали за грубый реализм, за различные «грубые речи» и «гнусные места» в его романе. Почти буквально в тех же выражениях, какие употреблялись по адресу «Госпожи Бовари», и о «Воспитании чувств» говорилось, что в нем можно видеть лишь пессимизм и ненависть к людям и т. п.
Критики старались различными приемами свести на нет сатирическую направленность романа Флобера, его беспощадно правдивое разоблачение социально-политической роли реакционно-буржуазного лагеря. Сатиру Флобера на правящие классы объясняли болезненной мизантропией автора, извращенным желанием его собирать всякого рода моральные уродства и грязные явления, которые, как утверждали критики, лишены глубокого социального значения, присущи лишь общественным «низам» (Кювилье-Флери, Эд. Шерер, Сен-Рене Тальяндье и др.).