Признаки дряхления у Бориса Годунова начали проявляться довольно рано. Заметно менялся и его характер. Прежде деятельный, Годунов стал только по великим праздникам появляться перед народом и всё более отдалялся от государственных дел. А вот подозрительности у него добавилось основательно, он уже не доверял самым ближним боярам и всё чаще обращался за советом к прорицателям и астрологам. Когда же он обратился к знаменитой в Москве юродивой Олене, она смело предсказала ему скорую кончину. Подтвердила это и ведунья Дарьица. Она, по собственному показанию, которое давала на допросах уже после смерти Борисовой, нагадала, что «Борису Фёдоровичу быти на троне немного времени».
От подобных предсказаний, да ещё под влиянием тяжёлой болезни и державных неудач Годунов всё чаще погружался в состояние апатии и уныния. Физические и духовные силы его быстро таяли, и 13 апреля 1605 года он скончался.
По одной версии, Годунов будто бы принял яд, ибо видел безысходность своего положения; по другой — он упал с трона и испустил дух во время посольского приёма.
Близкий к царскому двору английский наёмник Маржерет написал, что «Борис скончался от апоплексического удара».
