Принимая дальнейшие меры защиты от советского проникновения, министр ВМС Форрестол нацелил усилия сил безопасности ВМС на следующие направления: расследование подрывной деятельности и проведение расследований по биографическим данным с целью определения подлинной лояльности гражданских работников, занятых в ВМС. Службы безопасности ВМС и ФБР внедрили информаторов на американские торговые суда для выявления членов экипажей, подозреваемых в подрывной деятельности. В октябре того же года правительство запустило федеральную программу по избавлению от лиц, подозреваемых в нелояльном поведении. При обнаружении свидетельств нелояльности ВМС передавал дело для дальнейшего рассмотрения в ФБР. Соединенным Штатам требовались квалифицированные ученые, не имевшие сомнительных биографий. Необходимость в таких ученых усиливалась по мере ускорения темпов разработки новых и все более сложных видов вооружений. Эти медленно проводившиеся тщательные расследования серьезно затруднили набор персонала для работы по важным программам. В июле офис военно-морской разведки впервые ввел проверки на детекторе лжи (полиграф). Это электромеханическое устройство используется для обнаружения и записи психологических изменений, которые возникают у человека в результате его эмоциональной реакции на некоторые вопросы и являются, в большинстве случаев, непроизвольными.
Офис военно-морской разведки посчитал, что применение только полиграфа для проведения проверки на безопасность является недостаточным и он должен использоваться просто как ценное вспомогательное средство. Офис военно-морской разведки признал также, что эффективность полиграфа может быть снижена при проверке человека, подготовленного надлежащим образом. Как результат, службы безопасности не могли использовать результаты проверки на полиграфе в качестве доказательств в суде.
Полиграф еще не нашел широкого применения, когда Джозеф Барр начинал работать в компании «Сперри джайроскоп», являвшейся важным субподрядчиком ВМС и ВВС сухопутных войск и участвовавшей в совершенно секретных исследовательских программах по наведению ракет и РЛС. В 1946 г. Барру было тридцать шесть лет, и он был инженером по военной электронике. Кроме того, он был талантливым музыкантом и ярым коммунистом, в оперативном отношении подчинявшийся Юлиусу Розенбергу. Как позднее признал Розенберг, Барр передал ему и в СССР исчерпывающее описание американских исследований по системам наведения ракет. Больше года Барр имел доступ к совершенно секретной информации, хотя никто не проверил его биографию. В июне 1947 г. «Сперри джайроскоп» попросила ФБР сделать проверку Барра, в результате которой были выявлены его коммунистические связи. Компания разорвала контракт с Барром, и в январе 1948 г. инженер подыскал себе более безопасное место в Скандинавии и Франции, намереваясь в конце концов переехать в Советский Союз.
Барр отдался своему увлечению музыкой и поддерживал дружеские отношения с французским композитором Оливьером Мессианом. Однако арест двоюродного брата Ю. Розенбсрга 16 июня заставил его навсегда уехать на восток. В Москве он стал новым человеком по имени Джо Берг из Южной Африки, затем его отправили в Прагу, где он стал работать в государственном тресте электроники и телекоммуникаций. Берг, он же Барр, позднее был отозван в Москву, где он под руководством главнокомандующего советского ВМФ С. Горшкова разрабатывал новейшие боевые системы. Несколько десятилетий американская разведка была в полном неведении относительно местонахождения Барра. Когда через месяц после его бегства атташе по правовым вопросам американского посольства во Франции заехал к нему по его месту проживания в Ноилли-сюр-Сен, то ему сказали, что тот отсутствует.
Один случай, которым занималось ФБР, касался офицера ВМС, чья деятельность впоследствии широко освещалась. Лейтенант Эндрю Рот, офицер резерва ВМС, обладал широкими связями в ВМС, работая для прикрытия журналистом. Было установлено, что он использует свои многочисленные связи газетчика для сбора информации о последних военно-морских разработках.
