По мнению Н.А. Казаковой, причины закрытия Немецкого двора в Новгороде заключались в стремлении правительства Ивана III к ограничению привилегий ганзейцев и созданию благоприятных условий для заграничной торговли русских купцов, в первую очередь в Ливонии. Она отмечает также, что, закрывая ганзейский двор, великокняжеское правительство высказывало тем самым свой протест против поступка ревельских властей, совершенного на основе признанной обеими сторонами юрисдикции. Следовательно, оно фактически заявляло о своем отныне несогласии с этой юрисдикцией.
М.Б. Бессуднова рассматривает эту акцию Ивана III в контексте развития отношений Московского государства с империей. По ее мнению, неудачный исход посольства к Максимилиану Габсбургу в 1492–1493 годах для великого князя, сделавшего ставку на тесные паритетные, скрепленные династическим браком отношения со Священной Римской империей, означал полный афронт. Чтобы сохранить лицо, правитель, претендующий на «цесарское» достоинство, должен был произвести ответный удар, который эхом отозвался бы по Европе. Закрытие ганзейского двора в Новгороде и стало таким ответом.
После закрытия в Великом Новгороде Немецкого подворья и ареста ганзейских купцов в Ливонии стали распространяться слухи о скором начале войны с Россией. Это заставило магистра Ливонского ордена Вольтера фон Плеттенберга предпринять превентивные меры, в том числе разведывательного характера. По его поручению фогд Нарвы Конрад Штрик заслал на русскую территорию своих лазутчиков (vorspeers). Об одном из них он писал магистру, что он, «уповая на помощь единого только Господа, скрытно направился в Новгород… ради того, чтобы эта страна и ваша честь имели надежные сведения о своих купцах и вовремя получали известия о предприятиях и намерениях русских». При этом он просил «позволить этому нашему служителю в вашем городе привозить и увозить, покупать и продавать свои товары; после того как он сможет воспользоваться нашей дружеской просьбой, он сумеет, не вызывая подозрений, бывать в Новгороде». Таким образом, речь шла не о простом лазутчике, а о внедрении тщательно законспирированного агента, которому предстояло действовать в Новгороде на протяжении длительного времени.
Донесения ливонских агентов свидетельствуют о том, что они были не только вхожи к посаднику, но и общались с присланными из Москвы боярами. В них неоднократно отмечались факты получения информации от русских, и в первую очередь от новгородцев. По мнению М.Б. Бессудновой, это «можно объяснить лишь неприятием новых порядков, которые были установлены в бывших владениях вольного Великого Новгорода московскими властями, в частности, перераспределением земельных владений и расселением там служилого московского дворянства… Недовольство создавшимся положением в Новгороде определенно присутствовало и создавало благоприятные условия для действий ливонских разведчиков».
Автор «Прекрасной истории» отмечает, что закрытие Ганзейского двора явилось актом вмешательства государства в торговые дела, следствием присоединения Новгорода к Московскому государству. Оно имело как моральные, так и экономические последствия: «…тогда все умы, а также и торговля, отвратились от Новгорода».
О значении торговли в экономической жизни Новгорода писал польский ученый Матвей Меховский в своем историко-географическом сочинении «Трактат о двух Сарматиях» (1517), которое, по словам С.А. Аннинского, было «первой по времени работой, специально посвященной обзору стран и народов Северо-восточной Европы». Сам Меховский в России не был, и русские известия его «Трактата» основаны на устных рассказах, а также сообщениях русских летописей, заимствованных им из «Истории Польши» польского историка Яна Длугоша:
По обширности Новгород немного больше, чем Рим, так как Рим в окружности имеет тридцать две италийских мили, что составляет шесть миль германских с остатком в две италийских мили. Новгород же имеет целых семь миль, то есть 35 италийских. Здания в Новгороде деревянные, а в Риме каменные.
Купцы там были, да и до сих пор есть богатейшие, притом настолько, что у каждого близ столовой есть кранц, то есть хранилище со сводом (подвал), в который бросают без счета золото, серебро и драгоценные камни.
