Годунов, видя противниками себе Шуйских, за которых гости и вся чернь стояла и они ему много противились, которых силою сломать видел невозможность, того ради употребил лукавство, просил митрополита со слезами, чтоб их примирил. Потому митрополит, призвав Шуйских, не зная Годунова коварства, со слезами Шуйских просил. И они, митрополита послушав, с ним помирились. О чем князь Иван Петрович Шуйский в тот же день, придя пред Грановитую, бывшим там гостям о примирении объявил. Что слыша, выступили 2 человека из купечества и сказали ему: «Изволь ведать, что ныне вас и нас Годунову легко погубить, и ты сему миру лукавому не радуйся». Годунов, уведав сие, той же ночью оных купцов обоих, взяв, сослал или казнил внезапно.
1587. Годунов научил на Шуйских холопов их доводить в измене, потому многих людей безвинно перепытал. И хотя никто ни в чем не винился, однако ж Шуйских и их свойственников и приятелей Колычевых, Татевых, Баскакова Андрея с братьями, а также Урусовых и многих гостей, пытая, разослал: князя Ивана Петровича Шуйского сначала в его вотчину село Лопатницы, а оттуда на Бело-озеро, и велел его Туренину задавить; сына же его князя Андрея в Каргополь, и там также задавили; гостей же Федора Ногая с товарищами, 6 человек, казнил на Пожаре, отсек головы. За сие вступились митрополит Дионисий и архиепископ Крутицкий, стали царю Федору Иоанновичу явно говорить и обличать неправду Годунова. Но Годунов растолковал государю оное в бунт, и оных обоих сослали в монастыри в Новгород, а из Ростова архиепископа Иова, взяв, сделали митрополитом; и поставлен в Москве от архиепископов, не отписываясь в Цареград. Прежде же митрополиты поставлялись в Цареграде.
Пришел из Крыма служить государю царевич Малат-Гирей со многими татарами. И послал его в Астрахань, а с ним воевод князя Федора Михайловича Троекурова да Ивана Михайловича Пушкина. И оный царевич там многую службу показал и многих татар под власть государству привел.
В том же году заложен и отделан около Москвы Белый каменной город. В том же году пришли польские послы с объявлением, что короля Стефана (Абатуры) Батория не стало, и просили, чтобы государь принял корону польскую. Государь послал своих послов Стефана Васильевича Годунова с товарищами.
После смерти князя Ивана Петровича Шуйского других Шуйских и прочих многих снова освободили.
1588. Пришел Иеремий, патриарх константинопольский.
1588. Был в Москве собор о делах церковных. И на оном положили быть в Москве отдельному своему патриарху и посвятили Иова митрополита первым в Москве патриархом. Притом же утвердили впредь патриархов посвящать в Москве архиереям, только после выборы писать в Константинополь. Митрополитов, архиепископов и епископов посвящать патриарху в Москве, не отписываясь. И положили митрополитам в России быть 4-м: в Великом Новгороде, Казани; Ростове и на Крутицах: архиепископов 6: на Вологде, Суздале, Нижнем, Смоленске, Рязани и Твери; да 8 епископов: 1 в Пскове, 2 во Ржеве Владимира, 3 на Устюге, 4 на Белоозере, 5 на Коломне, 6 во Брянске и Чернигове 7, в Дмитрове 8. Однако ж многие остались не произведены, о чем написано в грамоте оного собора.
1590. Ходил государь сам под (Ругодив) Нарву, и оного не взял, поскольку было зимою; учинив мир, возвратил Ивангород, Копорье и Ямы. И пришел в Москву той же зимой.
1591. В Польше выбрали на королевство (Жигимонта) Сигизмунда III, короля шведского. Оный прислал послов, и сделали перемирие на 20 лет.
В том же году в Астрахани татары отравили царевича Малат-Гирея и с женою и многих верных государю татар, из-за чего нарочно послан был Остафий Михайлович Пушкин разыскивать. И по розыску виновных многих мурз и татар казнили и живых сожгли. Остальным же царевичевым татарам некоторым даны деревни, а иным жалованье.
Мая 15 числа по наущению Бориса Годунова убит на Угличе царевич Дмитрий Иванович от Кочалова, Битяговского и Волохова. В том же совете с Годуновым был и Битяговского, научив, отправил Андрей Клешнин. Годунов, получив сие известие, закрывая свой обман, с великою печалию донес государю и советовал о том разыскивать. Ради чего послал князя Василия Ивановича Шуйского да с ним сообщника своему обману окольничего Андрея Клешнина. Когда же оные приехали на Углич, Шуйский, не убоясь страшного суда Божия и забыв свое государю в верности крестное целование, угождая Годунову, не только бывший обман закрыл, но сверх того многих верных царевичевых перепытали и казнили безвинно. Возвратясь же в Москву, донесли государю, якобы царевич, быв болен, сам себя зарезал небрежением матери его и ее родственников Нагих. Потому брата ее Михаила и других Нагих, в Москву взяв, жестоко пытали и, отобрав все имение, разослали в ссылки. Мать же царевича царицу Марию, постригши, нарекли Марфою и сослали в Пусто-озеро, а город Углич за то, что убили убийц царевича, велели разорить. А оставшимся убийцам, мамке и наследникам убитых, как верным слугам, даны деревни. Годунов, видя, что весь народ стал про убиение царевича на него говорить, и хотя за оные слова некоторые взяты, пытаны и казнены, однако ж он, опасаясь бунта, в июне велел Москву в разных местах зажечь, и едва не вся выгорела, от чего многие люди вконец разорились. Годунов же, желая к себе народ склонить, многим давал из казны на строение деньги.