Тысячи немецких орудий в 03:3004:00 открыли огонь по советским пограничным заставам, по штабам, укреплениям, узлам связи. Одновременно 900 пикирующих бомбардировщиков и 200 истребителей вторглись в воздушное пространство СССР. Бомбардировке авиации подверглись: Рига, Виндава, Либава, Шяуляй, Каунас, Вильнюс, Гродно, Лида, Волковыск, Брест, Кобрин, Слоним, Барановичи, Бобруйск, Житомир, Киев, Севастополь и многие другие города и поселки. Генерал-полковник Василий Попов (в то время командир брест-литовского 28-го стрелкового корпуса Западного особого военного округа) потом напишет: «Нападение было абсолютно неожиданным для войск, так как никаких предупреждений не было».
Командующий ВВС Западного фронта, Герой Советского Союза, генерал-майор авиации Иван Копец, узнав в 03:00 из последних донесений разведки, что в считанные минуты совершится военное нападение, приказал поднять в воздух всю авиацию и сообщил об этом в Москву. Оттуда последовал угрожающий окрик (видимо, это был Тимошенко): «Немедленно дать отбой, иначе это спровоцирует Германию на войну, и вы ответите головой». Копец был вынужден подчиниться, дал отбой, самолеты сели на аэродромы, и буквально в это время в небе появилась армада люфтваффе. Потери были ужасными. Генерал Копец не выдержал этого удара и застрелился.
Пост воздушного наблюдения, расположенный у Херсонесского маяка, в 03:07 обнаружил 4 немецких самолета, летевших на Севастополь. Командующий Черноморским флотом адмирал Филипп Октябрьский позвонил в Москву Жукову и попросил указаний. Поговорив с Тимошенко, Жуков дал разрешение встретить самолеты огнем. Пост дал сигнал тревоги, и зенитки Черноморского флота отбили налет, уничтожив 3 немецкие самолета. Попытка уничтожить корабли сорвалась, но несколько бомб упало на Севастополь.
03:45–04:00 – нарком обороны Семен Тимошенко на 4-й раз дозвонился в Западный особый военный округ: «Товарищ Сталин не разрешает артиллерийский огонь по немцам».
Заместитель командующего округом Иван Болдин кричал: «Как же так? Ведь наши войска вынуждены отступать. Горят города, гибнут люди», – и настаивал на немедленном вводе в дело механизированных, стрелковых частей и артиллерии.
Тимошенко приказал: «Никаких мер не предпринимать, кроме разведок в глубь территории противника на 60 километров».
С первых минут войны началась героическая оборона Брестской крепости, продолжавшаяся официально до 20 июля 1941 года (местные жители уверяли, что стрельбу, доносившуюся из крепости, они слышали вплоть до начала августа). Организаторами и руководителями обороны (около 3,5 тысячи людей – военные, пограничники, женщины, дети) были капитан Иван Зубачев, полковой комиссар Ефим Фомин, майор Петр Гаврилов, лейтенанты Андрей Кижеватов, А.Е.Потапов и другие. Звания Героя Советского Союза в 1957 году были удостоены П.М.Гаврилов и посмертно А.М.Кижеватов. На захват крепости немцы отвели несколько часов, но ее гарнизон сковывал, по меньшей мере, месяц целую дивизию противника. Немцы обстреливали крепость, бомбили ее с воздуха, использовали огнеметы. А Родина даже не знала, что Брест еще сражался и тогда, когда немцы уже давно взяли Минск и подошли к Смоленску. Кому-то удалось прорваться и уйти к партизанам; 300 оставшихся в живых защитников попали в плен. Только благодаря писателю Сергею Смирнову, восстановившему имена нескольких сотен погибших, с защитников крепости были сняты клейма «без вести пропавший» и «изменник родины». Смирнов же ходатайствовал о реабилитации уцелевших героев. В хрущевские времена в газетах появилась фотография: двое плачущих мужчин, прижимаются лбами друг к другу.
Белорусский государственный музей истории Великой Отечественной Войны в Минске. Открытие состоялось 7 ноября 1944 года. Прострелянная гимнастерка лейтенанта А.Ф. Наганова. Погиб при обороне Брестской крепости.
Двое из защитников крепости впервые встретились после войны; раньше они встретиться не могли – сидели в лагерях как «изменники родины».
Германские войска в 05:00–06:00 пересекли государственную границу СССР и перешли в наступление по трем направлениям: юго-восточнее Тильзита, восточнее Сувалок и в районе Бреста и южнее Владимир-Волынска. Распространенное мнение, что поражение наших войск произошло именно в первый день войны, – легенда. Первым ударом германских войск подверглись лишь 30 дивизий первого эшелона прикрытия от Балтики до Карпат из 237 дивизий западных приграничных округов и второго стратегического эшелона. Трагедия поражения главных сил 3 особых военных округов (118 дивизий) произошла не 22 июня, а позже, во время встречных сражений 24–30 июня 1941 года между новой и старой границами.