В 1887 г. Холл основал «Американский журнал психологии» – первый в США специализированный журнал в данной области, который существует по сей день и сохраняет высокую репутацию. Журнал выполнял важную функцию консолидации усилий немногочисленных в ту пору американских психологов. Он был основан, благодаря пожертвованию некого анонимного мецената. Правда, вскоре выяснилось, что жертвователь перепутал экспериментальную психологию с оккультизмом (удивительно живучее заблуждение!), и новых взносов на продолжение проекта не последовало. К тому времени, когда Холл продал это предприятие Карлу Далленбаху в 1929 г., он вложил в него 8000 долларов личных средств, не получив ни гроша прибыли. Тем не менее, несмотря на первоначальную финансовую несостоятельность этих проектов, Холл еще неоднократно выступал основателем психологических журналов. Им был основан также «Педагогический семинар», который, сменив название на «Журнал генетической психологии», существует по сей день, а также «Журнал прикладной психологии». С 1904 по 1915 г. Холл издавал «Журнал религиозной психологии».
В конце восьмидесятых в карьере Холла, да и в истории всей американской науки, произошел знаменательный поворот. Богатый предприниматель Джонас Гилман Кларк задумал основать в своем родном городке Вустер, штат Массачусеттс, высшее учебное заведение, которое, по его честолюбивым замыслам, затмило бы все существовавшие ранее американские университеты. Стэнли Холл, который уже успел приобрести репутацию серьезного специалиста в области образования, был приглашен возглавить новый университет в должности его президента. Прежде чем занять этот пост, он предпринял длительное турне за границу, чтобы изучить деятельность европейских высших учебных заведений и пригласить во вверенный ему университет талантливых преподавателей и исследователей. Биографы Холла иронично отмечают, что помимо решения этой практической задачи он не упустил возможности использовать средства мецената на расширение собственной эрудиции за счет всевозможных экскурсий, а также не отказывал себе в развлечениях, в том числе и далеко выходивших за рамки пуританской морали той поры.
По возвращении на родину Холл с энтузиазмом принялся за организационную работу в университете, который официально открылся в 1888 г. и был назван по имени спонсора Университетом Кларка. Правда, и тут не обошлось без финансовых проблем: вопреки ожиданиям Холла мистер Кларк оказался довольно прижимист и разборчив в выборе проектов, достойных финансирования. Будучи человеком набожным, Кларк желал придать некоторый религиозный оттенок своему меценатству. Идя ему навстречу, Холл основал в рамках университета Школу религиозной психологии Кларка. Под влиянием своих юношеских штудий он и сам написал обстоятельный труд «Иисус Христос в свете психологии». Однако выдающийся психолог богословом, вероятно, был действительно никудышним. Его трактовка Христа как своего рода сверхчеловека встретила крайнее неодобрение церковных авторитетов.
Как президент университета Холл стоял на весьма прогрессивных для своего времени позициях. Вопреки бытовавшим предрассудкам он позволял занимать преподавательские должности женщинам и евреям, широко открыл двери университета для представителей национальных меньшинств. Первым чернокожим американцем, получившим докторскую степень по психологии, был его ученик Френсис Самнер. Впоследствии он сделал блестящую карьеру и возглавил отделение психологии в Гарварде.
В течение 36 лет, когда Холл возглавлял университет Кларка, психология в нем процветала. За это время там защитили диссертации более восьмидесяти молодых ученых-психологов. Впоследствии ученики Холла вспоминали долгие оживленные семинары, которые он вечерами проводил у себя дома по понедельникам. Эти занятия затягивались допоздна, порой проходили очень бурно, и, чтобы остудить страсти, всякий раз завершались совместным поеданием мороженого.
Научный авторитет Холла был очень высок, его мнением ученики очень дорожили. Льюис Термен вспоминал: «Холл при проверке работ проявлял столько эрудиции, что нас всегда это поражало. Его экспромты на полях были неизмеримо глубже самой работы, на которую студент затратил месяцы тяжкого труда».
