Мое настроение после дискуссии 1939 года было хорошим, так как дорога для исследований по генетике оставалась широко открытой. Помня заказ редакции журнала "Под знаменем марксизма" на статью о И. В. Мичурине, я энергично взялся за новое, подробное изучение его трудов. О личности И. В. Мичурина много рассказали Н. Н. Соколов и И. Е. Трофимов - сотрудники отдела генетики. Н. К. Кольцов интересовался работами И. В. Мичурина и послал к нему на практику этих двух своих аспирантов. Они прожили в Мичуринске три месяца, собрали цитологический материал по гибридам плодовых и много раз в рабочей обстановке встречались с И. В. Мичуриным.
Работа над статьей длилась полгода. Мне казалось, что она удалась. Я старался показать величие И. В. Мичурина как общественного деятеля, выразившего дух новой, советской России, и сущность тех его фундаментальных работ, которые обогатили генетику. По ряду вопросов в статье были и критические замечания. Основным выводом статьи гласил тезис, что не может существовать особой, мичуринской генетики, противопоставляемой классической генетике как ныне существующей науке. Есть единая материалистическая наука - генетика, изучающая законы наследственности и изменчивости организмов, частью этой науки являются реальные достижения И. В. Мичурина. Статья вызвала интерес у ряда членов редколлегии и получила от некоторых из них самые лестные отзывы. Однако дело затормозилось. Эта статья попала к И. И. Презенту, который поднял страшный шум. Редколлегия журнала отступила, и мне был прислан отказ.
В своем ответе в редакцию я писал, что оставляю за собой право реабилитации моего труда.
Надо сказать, что долго мне пришлось добиваться реабилитации своей работы о И. В. Мичурине - ровно 27 лет. К этому времени журнал "Под знаменем марксизма" стал называться "Вопросы философии". Он и поместил мою статью о И. В. Мичурине в 1966 году. В том же году в издательстве "Просвещение" была напечатана моя книга "Теоретические основы и методы работ И. В. Мичурина". Ядром этих работ была статья, написанная в 1939 году.
В 1939 году над генетическим отделом Института цитологии, гистологии и эмбриологии нависла угроза.
В институте работала комиссия президиума Академии наук во главе с А. Н. Бахом. В составе комиссии был Т. Д. Лысенко, который упорно молчал и никаких вопросов не задавал. В. В. Хвостова, обращаясь к А. Н. Баху, взволнованно спрашивала: неужели же работы отдела генетики неинтересны? На все ее вопросы А. Н. Бах трогал свою седую, длинную бороду и говорил:
- Успокойтесь, деточка! Успокойтесь, деточка!
О наших работах комиссия нам ничего не сказала. Но уже и в этом было осуждение. Стало ясно, что институт под руководством Г. К. Хрущова будет далек от проблем генетики.
Тревога о будущем отдела генетики, который к этому времени стал называться цитогенетической лабораторией, и о том, в какой мере правильно будет организована работа института в целом, который именно в проблеме наследственности завоевал себе имя в советской и в мировой науке, заставила меня обратиться в президиум АН СССР со специальным письмом. В этом письме говорилось о необходимости развития в институте работ по генетике и эволюции. Текст этого документа в 1940 году я лично вручил В. Л. Комарову. Беседа с ним не осталась безрезультатной: лаборатория цитогенетики была сохранена.
2 декабря 1940 года в Ленинграде от кровоизлияния в мозг в возрасте 68 лет скончался Н. К. Кольцов. Его жена М. П. Кольцова всегда говорила (я слышал от нее об этом много раз), что она после смерти Николая Константиновича жить не будет. И действительно, в ночь после кончины Н. К. Кольцова умерла М. П. Кольцова. Два гроба привезли в Москву в институт, на Воронцово поле, 6. Стояла жестокая стужа. Конференц-зал института был заполнен людьми. Мне пришлось открыть траурный митинг и сказать прощальное слово. Я говорил о великой любви, которая осенила своим бессмертным крылом две жизни, и вот теперь эти два гроба стоят здесь в этом зале на одном постаменте. Великая любовь теперь уже смотрела на нас глазами не разлучившей их смерти. Так же велика была любовь Н. К. Кольцова к науке. Своей научной деятельностью Н. К. Кольцов создал себе вечный, нерукотворный памятник.