В Сибирском военном округе, откуда Ватутин прибыл на учебу в Москву, также прошли повальные аресты командиров и политработников. Как свидетельствуют документы, с 1 мая по 11 ноября 1937 года в округе были арестованы или осуждены по контрреволюционным преступлениям 479 военнослужащих. Больше всего «врагов трудового народа» и «шпионов» — 94 человека — работники НКВД выявили в 78-й стрелковой дивизии. 22 ноября 1937 года командующий войсками СибВО комкор М. А. Антонюк на заседании Военного совета при НКО СССР доложил К. Е. Ворошилову и всем собравшимся: «В Сибирском военном округе, как и в других округах, враги народа, шпионы, вредители крепко приложили свою руку, чтобы подорвать боеспособность войск. Нет ни одной отрасли работы, товарищ народный комиссар, где бы не было вредительства. Чем глубже копнешь, тем больше находишь и тем скорее изживаешь в практической работе это вредительство».
Виновными Антонюк назвал прежнее командование СибВО — уже арестованного комкора Я. П. Гайлита, который, как сказано выше, будучи командующим войсками округа, рекомендовал Ватутина для поступления в Академию Генерального штаба. К числу «врагов народа» Антонюк причислил заместителя начальника политуправления округа дивизионного комиссара Н. И. Подарина, военного комиссара 57-го стрелкового корпуса А. П. Прокофьева и других.
Аналогичная картина была и в Киевском военном округе: только в период с июня по ноябрь 1937 года там уволили 1894 человека, из них 861, то есть почти половина, были арестованы как участники антисоветского военного заговора. Эти и другие страшные факты приводили Ватутина в состояние растерянности. «Кому верить?», «Как могло такое случиться?», «Что вообще происходит?» — задавал он себе подобные вопросы. Они не давали ему покоя и в поезде, который вез его в Киев. Мысли обгоняли монотонный стук паровозных колес. «Почему же все-таки арестовали маршалов, командармов, комкоров?» Верил ли Ватутин в их вину? Сказать твердое «нет» он не мог — слишком непоколебима была его вера в правильность генеральной линии партии, её вождя товарища Сталина. Но сомнения все же были. И сейчас, вглядываясь в пролетавшие мимо вагонных окон редкие огоньки украинских сел и хуторов, он думал о людях, которых трудно было заподозрить в шпионаже, участии в заговорах или других злодеяниях. Душу грела надежда, что Сталин во всем разберется, правда восторжествует, а те, кто его ввел в заблуждение, будут строго наказаны.
Вскоре так оно и случится. В августе 1938 года при Управлении по начсоставу РККА была создана специальная комиссия для разбора жалоб уволенных командиров и политработников. Всего комиссией было рассмотрено около 30 тысяч жалоб, ходатайств, заявлений. В результате ее работы к началу 1940 года было восстановлено в РККА из уволенных в 1937 году 4661, из уволенных в 1938 году — 6333 и из уволенных в 1939 году — 184 человека. Кроме того, 2416 была заменена статья увольнения на более благоприятную. Работа комиссии продолжалась и далее, и на 1 мая 1940 года в ряды Красной армии был возвращен 12 461 уволенный командир и политработник. Однако большинство трагических ошибок уже невозможно было исправить. Они, эти «ошибки», будут повторяться и в последующие годы, вплоть до смерти Сталина.
В тяжелых раздумьях незаметно пролетела короткая июльская ночь. Первые лучи солнца брызнули в купе вагона. Сразу после железнодорожной станции Дарница, рядом с которой находились знаменитые полевые лагеря, Ватутин почти неотрывно смотрел в окно. Именно в этих местах в начале 1920-х годов, будучи слушателем Киевской высшей объединённой военной школы, он по-пластунски ползал по заднепровским низинам, поднимался в учебные атаки, постигая трудную науку побеждать. И вот новая встреча с Киевом, городом его краскомовской молодости.
Промелькнули высокие фермы моста через Днепр. Ярко засверкали на солнце выглядывавшие из буйной зелени золотые купола храмов и церквей Киево-Печерской лавры. Радостно прокричал гудок паровоза. Густой пар клубами вылетал из его трубы. Навстречу уже бежали вокзальные строения, перрон...
