К сожалению, привычные учебные будни соединения нередко становились буднями военными. А начальнику штаба со своими подчиненными приходилось разрабатывать реальные войсковые операции. В начале 1932 года в Чечне и Ингушетии вспыхнуло масштабное восстание, в котором приняло участие местное население. Причиной мятежа стала не всегда гибкая, а зачастую грубая политика властей по коллективизации сельского хозяйства в этих районах. Промахами советской власти умело воспользовались организаторы выступления — ярые противники нового строя. В аулах и селениях мятежники громили кооперативы, аулсоветы, убивали коммунистов и комсомольцев. Как свидетельствуют документы, бандформирования численностью по 500—800 человек атаковали и осадили ряд военных гарнизонов. Бои отличались особой ожесточенностью, религиозным фанатизмом, привлечением к участию в атаках безоружных женщин и детей. Однако органы НКВД и войсковые части оказались в полной готовности к отражению вооруженных выступлений, а также к их локализации.
В конце февраля дивизия была оперативно переброшена в Чечню. В соответствии с планом операции, разработанным Ватутиным и его подчиненными, полки соединения сумели разделить и изолировать бандитские группировки, блокировать их в труднодоступных горных районах, а затем последовательно их уничтожить. Всего за период восстания мятежники потеряли убитыми 333 человека, 150 ранеными. Потери частей Красной армии и НКВД, участвовавших в подавлении восстания, составили 27 убитыми и 30 ранеными. Позже, будучи комбригом, Ватутин так напишет в автобиографии о тех горячих днях: «Участвовал в операции по ликвидации контрреволюционного восстания в Чеченской автономной области с 26.02 по 12.03.32 г. в составе 28-й горнострелковой дивизии в должности начальника штаба дивизии... Ранений и контузий не имел».
После выполнения задач в Чечне части дивизии вернулись в места постоянной дислокации. Опять потекли напряженные учебные будни. По итогам 1932 года 28-я горнострелковая дивизия стала лучшей в Северо-Кавказском поенном округе. В торжественной обстановке соединению вручили переходящее Красное знамя «за лучшие результаты по всем видам боевой и политической учебы». Была в этом успехе и немалая заслуга Ватутина. В его личном деле хранится выписка из приказа командующего войсками СКВО за № 416/244 от 30 ноября 1932 года, в которой сказано: «...за активное личное участие в деле боевой подготовки дивизии и систематическое руководство таковой начальника штаба 28-й горнострелковой дивизии Н. Ф. Ватутина наградить денежной премией в сумме 300 рублей».
Достижения Николая Федоровича в службе нашли отражение и в его аттестации, где было записано: «Тов. Ватутин из тех командиров, которые осуществляют в своей ответственной работе лозунг РВС СССР и ПУ РККА и решают обе задачи как одну... Подлежит выдвижению в очередном порядке на должность начштакора [начальника штаба корпуса]».
В том же году в семье Ватутина произошло прибавление: супруга Татьяна родила сына, которого назвали Виктором.
В ноябре 1933 года Николай Федорович вновь переступил порог Военной академии им. М. В. Фрунзе, на этот раз став на восемь месяцев слушателем оперативного факультета. Этот факультет, созданный в 1931 году при академии, готовил в ограниченном количестве командные кадры с широким оперативным кругозором, знающие основы операций, вождение крупных соединений и объединений всех родов войск и видов вооруженных сил. Вместе с Ватутиным в тот период квалификацию повышали будущие именитые военачальники И. С. Конев и Ф. И. Толбухин, ставшие впоследствии маршалами. Учиться с такими сокурсниками было легко и интересно. Николаю Федоровичу, находившемуся на стороне то «красных», то «синих», не раз приходилось мериться с каждым из них силами, организуя действия условных полков и дивизий в наступлении и обороне.
По результатам обучения на каждого слушателя были написаны характеристики. Их лично читал и утверждал начальник академии Б. М. Шапошников. Когда дошла очередь до характеристики на Ватутина, в которой отмечались его хорошие «оперативно-тактические знания», «сила воли, энергичность и авторитет среди сослуживцев», Борис Михайлович своим прямым без наклона почерком приписал лаконичную фразу: «По всем вопросам имеет свое самостоятельное суждение». По свидетельству людей, хорошо знавших Шапошникова, это была его наивысшая оценка человека.
