Он умер, приготовляясь отразить нашествие Сигизмунда III, короля польского, которому союз царя Василия с Швецией подал повод объявить войну России. Сейму была представлена опасность, грозившая Польше со стороны двух ее врагов. На этом Сейме, в противоположность 1604 году, выражалось сильное раздражение против Москвы за избиение поляков в мае 1606 года, а потому понятно всеобщее сочувствие Польши к предприятию Сигизмунда. Весною 1609 года Сигизмунд, как выше сказано, выступил в поход. Вторгнувшись в пределы России, он осадил Смоленск. Тушинский вор, а за ним Марина, бежали в Калугу; в Тушине оставались только русские, и в числе их — Филарет, митрополит Ростовский, которого Тушинский вор нарек патриархом. Тушинцы отправили к Сигизмунду послов под Смоленск, из людей разных чинов. Выдающимися послами были: Михаил Глебович Салтыков с сыном Иваном, дьяки: Грамотин, Чичерин, известный Михаил Молчанов и Федор Андронов, торговый мужик, бывший московский кожевник. 31 января 1610 года послы торжественно были представлены королю, к Грамотин, от имени Думы, двора и всех людей, объявил, что в Московском государстве желают иметь царем королевича Владислава; если король прибавит народу такие права и вольности, каких прежде не было в Московском государстве. 4 февраля подписаны условия договора, сущность которых следующая: «Владислава венчает на царство патриарх; вера греческая должна быть обеспечена, права духовенства распространены; не менять законов без согласия бояр и всей земли; никого не казнить, не осудя прежде с боярами в думными людьми; великих чинов людей невинно не понижать, а меньших возвышать по заслугам; податей без согласия думных людей не прибавлять». Особенно любопытно требование, чтобы «для науки ольно было каждому из народа московского ездить в другие христианские государства, кроме бусурманских, поганских, и за это отчин, имений и дворов у них не отнимать».
Во время этих событий Прокофий Ляпунов снова поднял Рязанскую землю против царя Василия. Ляпунов в грамотах открыто обвинял его в отравлении доблестного племянника своего, Скопина-Шуйского. Одновременно Ляпунов сносился и с Тушинским вором, и с князем Василием Васильевичем Голицыным, который всегда был тайным врагом Шуйского и сам рассчитывал на московский престол, имея за себя сильную партию. При таких обстоятельствах войско царя Василия, под начальством Дмитрия Шуйского, было Наголову разбито польским гетманом Жолкевским при Клушине, Весть об этом поражении царских войск оживила надеждою Тушинского вора; думая воспользоваться чужою победою, он двинулся к Москве. Здесь князь В. В. Голицын вел переговоры с Прокофием Ляпуновым о низвержении паря Василия; другие из московских бояр сносились с войском Тушинского вора и условились, свергнув с престола царя Василия, отстать и от названного Димитрия, то есть «вора».
В Москве 17 июля 1610 года Захар Ляпунов, брат Прокофия, с большой толпою ворвался во дворец и стал говорить царю Василию: «Долго ли за тебя будет литься кровь христианская? Земля опустела, ничего доброго не делается в твое правление; сжалься над гибелью нашей, положи посох царский, а мы уже о себе промыслим». Царь Василий не уступал, и тогда Захар Ляпунов с товарищами, выйдя на Лобное место, куда народу набралась такая масса, что стало тесно, призвал народ за Москву-реку, на простор. Народ повалил туда; отправились и бояре; привлекли и патриарха Гермогена. Здесь, несмотря на сопротивление патриарха, решено было низложить царя Василия; к нему отправлен его родственник, боярин князь Воротынский, просить оставить царство. Царь Василий должен был на этот раз согласиться. Ему в удел обещан Нижний Новгород; но попытка возвратить назад данное слово повела к тому, что 19 июля он насильно был пострижен в монахи. Так кончилось мрачное царствование Василия Иоанновича Шуйского. После вступления в Москву Жолкевского он отвезен в Варшаву, где и умер. Его прах перенесен в Москву при Михаиле Федоровиче Романове.
Современник царя Василия князь Катырев-Ростовский говорит, что царь Василий был умен, но нам, людям нового времени, этот ум не может казаться особенно серьезным; хитрость, способность запутать интригу принимали тогда за большую смышленость. Когда этот ум пришлось показать в государственных делах, то мы видим со стороны Василия ряд ошибок, растерянность перед бедой. Вернее изобразил царя Василия князь Хворостинин. Он называет его нечестивцем, который, оставя Бога, прибегал к бесам. В этом обвинении князь Хворостинин сходится с князем Катыревым-Ростовским, который тоже говорит, что царь Василий к волхвованию прилежен. Это мнимое нечестие и ересь — не что иное, как суеверие, общее веку.
