Через несколько месяцев власти потребовали снять икону в операционной, и о. Валентин заявил, что не выйдет на работу, пока икону не повесят на место. Ему грозил арест за саботаж, считавшийся политическим преступлением. Отец Валентин несколько дней оставался дома, и только вмешательство епископа понудило его приступить к работе. Архиереем будущий святитель Крымский стал в 1923 году.
В ссылке епископ-профессор разработал новый метод лечения гнойных ран. Его вызывали в Ленинград, и Киров лично уговаривал его снять сан, после чего обещал тут же предоставить ему институт. Но владыка не согласился не только на это, но даже на печатание своей книги без указания сана.
После долгих хлопот и трудностей, в 1934 году осуществилась многолетняя мечта профессора – были изданы «Очерки гнойной хирургии». Горячо принятая практическими врачами и научным миром, она стала настольной книгой врачей многих специальностей. С первых дней Великой Отечественной войны Войно-Ясенецкий буквально бомбардировал начальство всех рангов требованиями предоставить ему возможность лечить раненых. Он отправил Калинину телеграмму следующего содержания: «Я, епископ Лука, профессор Войно-Ясенецкий, отбываю ссылку в поселке Большая Мурта Красноярского края. Являюсь специалистом по гнойной хирургии, могу оказать помощь воинам в условиях фронта и тыла, где мне будет доверено. Прошу ссылку мою прервать и направить в госпиталь. По окончании войны готов вернуться в ссылку. Епископ Лука». И разрешение было получено. 30 сентября 1941 года ссыльный профессор Войно-Ясенецкий переводится в эвакогоспиталь на 10 000 коек.
Ссылка закончилась в 1943 году. В феврале 1945 года архиепископ Лука был награжден Патриархом Алексием I правом ношения на клобуке бриллиантового креста. А советская власть присудила Войно-Ясенецкому Сталинскую премию 1946 года Первой степени за опубликованные труды «Очерки гнойной хирургии» и «Поздние резекции при инфицированных ранениях больших суставов» с очень большим денежным вознаграждением. Это вознаграждение святитель пожертвовал сиротам и вдовам воинов, павших в Отечественной войне. В конце войны его наградили медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.». В эти же годы (1945–1947) святитель пишет богословский труд «Дух, душа и тело», который был издан только в 1992 году.
В связи с епископским назначением владыка уехал в Симферополь. В этот период здоровье его резко ухудшилось. Сказались одиннадцать лет пыток, тюрем и лагерей. В 1958 году Лука полностью ослеп. Тем не менее продолжал архиерейскую службу, выступал с проповедями перед прихожанами и настолько точно исполнял все детали службы, что никто не мог догадаться о его слепоте.
11 июня 1961 года, в День всех святых, в земле Российской просиявших, в 84-летнем возрасте архиепископ Лука скончался. Огромное количество людей провожали в последний путь доктора медицины, профессора Войно-Ясенецкого – блестящего хирурга, известного врача и ученого. В 1995 году архиепископ Симферопольский и Крымский Лука был причислен к лику святых Православной церкви. В крестном ходе от могилы до кафедрального Свято-Троицкого собора, куда были перенесены его мощи, участвовало около 40 тысяч человек.
Там они и покоятся сейчас.
И святитель Лука по-прежнему ежедневно принимает всех.
И исцеляет.
Тропарь святителю и исповеднику Луке
Возвестителю пути спасительного, исповедниче и архипастырю Крымския земли, истинный хранителю отеческих преданий, столпе непоколебимый, православия наставниче, врачу богомудрый святителю Луко, Христа Спаса непрестанно моли, веру непоколебиму православным даровати и спасение, и велию милость.
Якоже звезда всесветлая, добродетельми сияющи, был еси святителю, душу же равноангельну сотворил, сего ради святительства саном почется, во изгнании же от безбожных много пострадал и непоколебим верою пребыв, врачебною мудростию многия исцелил еси. Темже ныне честное тело твое от земленных недр обретенное дивно Господь прослави, да вси вернии вопием ти: радуйся, отче святителю Луко, земли Крымстей похвало и утверждение.
