В университетские годы Я.А. Коменский не только старательно изучает труды Платона, Аристотеля, Цицерона и других великих античных философов, но и сам задается вопросами об источниках и путях познания. Так появляются его работы «Спорные вопросы, собранные в саду философии», «Берет ли всякое познание исток из ощущения» и другие, в которых молодой ученый высказывает мысль о том, что мир познаваем и что «начало познания, безусловно, всегда исходит из чувства».
Окончив Герборнский университет, Я.А. Коменский отправляется в путешествие по Европе и добирается до Амстердама. После этого путешествия его зачисляют в знаменитый Гейдельбергский университет. Однако болезнь вынуждает его оставить университет. Чтобы поправить здоровье, он идет пешком в Прагу, а оттуда в родную Моравию. Там в 1614 г. в возрасте 22 лет его назначают руководителем Пшеровской братской школы, в которой он некогда учился и в которой получил среднее образование. Назначение руководителем братской школы открывает новый период в жизни Я.А. Коменского. Увлеченный работой в качестве педагога-практика, он пишет «Правила более легкой грамматики» и «Письма к небу».
В 1618 г. община «Чешские братья» назначает Коменского пастором-проповедником и одновременно ректором братской школы в город Фульнек северной Моравии. В этом же году он женится на Магдалине Визовской, падчерице бургомистра города Пшерова. Все свои силы Коменский отдает улучшению жизни членов общины, с любовью и страстью занимается со своими учениками. Молодой Коменский вносит в организацию школьной работы большие изменения. Он хотел, чтобы обучение было привлекательным для детей, старался возбудить у них интерес к знаниям. Нарушая каноны тогдашней школьной жизни, он ввел наглядность как средство обучения, знакомил учеников на прогулках с реальной жизнью.
Следует напомнить, что Чехия в то время представляла собой самостоятельное королевство, входившее в состав Священной Римской империи, а потому имела право избирать своего короля и обладала относительной свободой и независимостью. Однако Габсбурги (династия, правившая в Австрии), стремясь укрепить свою власть, к началу Тридцатилетней войны захватили богатые районы Чехии и поставили во главе административного и церковного управления ими немецких феодалов.
Одержав победу в 1620 г., Габсбурги добрались до города Фульнека, где преподавал в то время Коменский. Вскоре над ним, как над активным протестантом и членом общины «Богемские братья», нависла серьезная угроза. С этого-то момента и начинается тяжелый и длинный период его скитаний. Беда за бедой настигают Коменского: в 1621 г. католики сожгли его дом – в огне погибают библиотека и ценные рукописи. В 1622 г. чума уносит из жизни его жену Магдалины и его обоих детей.
Он с глубокой скорбью покидает Моравию и скрывается в маленьком г. Брандисе, где пишет роман-трактат философско-социального содержания «Лабиринт света и рай сердца», в котором пытается пролить свет на природу человеческих взаимоотношений, а также устройство и жизнь общества. Как утверждают биографы, эта работа пронизана горечью – то, что видел Коменский в жизни, не могло радовать его. В нем автор-Путник, размышляя о выборе профессии, разглядывает людей разного рода деятельности и описывает их нравы. Под пером Коменского получают яркую характеристику ремесленники, купцы, торговцы, ученые, медики, юристы и т. д. Их имена говорят сами за себя – Себялюб, Сластолюб, Малознай, Предубежденный, Неопытный, Слухосуд, Легкомысл, Поспех, Кое-как, Хочутак.
1624 г. становится счастливым для Коменского – он знакомится с дочерью епископа Марией-Доротеей и женится на ней. Доротея во многом разделяет взгляды мужа и становится активным деятелем движения «братьев». Летом 1626 года обстоятельства вынуждают супругов укрываться в северо-восточной Чехии в замке помещика Иржи Садовского. Здесь Коменский пишет дидактические работы на чешском языке, которые послужили началом «Великой дидактики».
С 1627 г. официальной религией в Чехии провозглашается католичество, а потому Коменскому приходится оставить родину и перебраться в Польшу. Поселяется он в польском городе Лешно, который издавна служил убежищем для «Чешских братьев». В Польше Коменский проводит долгих 28 лет.
