В начале мая 1945 г. старший сын погиб во время восстания заключенных в Маутхаузене перед самым приходом американских войск. Весной русские службы арестовали Николая Владимировича, но вскоре отпустили. Осенью снова приехали за ним, препроводили в Москву, провели следствие, суд. Обвинили в невозвращении на родину в свое время. Сослали в лагерь, куда ссылали бывших полицаев, дезертиров, бандитов. Когда хватились друзья, не могли найти — затерялись документы. Разыскивали Зубра больше года и нашли лишь в начале 1947 г., помогли, вытащили, доставили в Москву, а оттуда направили на Урал: заниматься проблемами биологической защиты от радиации, последствий атомных бомб.
А был Тимофеев-Ресовский в Карлаге, одном из концлагерей того времени (в нем же находился и А.И. Солженицын). Был он в тяжелом состоянии, обессиленный, с последней стадией пеллагры, страшной лагерной болезни, когда от голода наступает авитаминоз, такой, что никакая пища уже не усваивается. Соседи по бараку тащили его на работы в котлован, сажали к стенке, и он пел. Зубр умирал, потому что не осталось ничего, за что стоило бы держаться. Когда пришел приказ доставить его в Москву, его лечить не стали: положили на сани и повезли сто пятьдесят километров до станции по лютому морозу. К тому же уголовники «на прощанье» вырезали ему бритвой спину суконного бушлата на портянки. В Москву привезли в беспамятстве. В больнице МВД был разработан метод кормления его внутривенным способом. Вскоре перемогся, начал набирать силы.
Жена с сыном Андреем продолжали сидеть в Бухе, регулярно посылали запросы о муже. Вскоре им пришло приглашение приехать на Урал. Это был Зубр…
Работа кипела. Выполнили множество экспериментов, но публиковать было ничего нельзя — в стране полный запрет генетики. Американцы публиковали, а русские — нет, хотя наши ученые первые изучили комплексообразователи для выведения радиоизотопов из организма человека. Занимались биологической очисткой сточных вод от радиоизотопов. В это время Зубра как бы не существовало. Где находится, уцелел ли после войны, что с ним стало — никто из биологов не знал ни за границей, ни у нас, — таковы были его условия работы. Когда лабораторию закрыли, советских ученых распределили кого куда. Зубра — в Уральский филиал Академии наук.
В 1956 г. Николай Владимирович приехал в Москву для того, чтобы сделать доклад на одном из семинаров по физике у П.Л. Капицы. На Казанском вокзале его встречали друзья со слезами радости на глазах. Многих, конечно, уже не было в живых, большинство подверглись гонениям и репрессиям.
Летом Николай Владимирович руководил биостанцией в Миассово, близ Урала. К нему приезжали студенты из России и других стран. У него не было никакой защиты — ни высоких званий, ни покровителей. Разве что имя, которое не нуждалось в приставках. Важно было, что это Зубр, его слова, его оценка.
Вскоре противники Николая Владимировича пустили слух, что в Германии он работал на гитлеровцев, ставил эксперименты на людях, на советских военнопленных. Пошли анонимные письма в Академию наук. Близкие ему люди избегали разговоров с ним. Он молчал, клевета расползалась. Посторонние люди в разных учреждениях встречали его недружелюбно. Все зло, был убежден он, шло от политики, от которой он бежал, ограждая свою жизнь наукой. Но политика настигала его каждый раз за институтскими воротами. Недоверие окружило его петлей, чуть что — она затягивалась. Неверно было бы считать, что его не заботила собственная репутация. Почему же он отмалчивался? Его соратники, Н.Н. Воронцов и А.В. Яблоков, считали — гонор мешал. Оправдываться не желал, доказывать свою честность, порядочность, любовь к родине. Не желал прикрываться гибелью сына. Гордость не давала. Самолюбие.
Друзья пытались добиться его членства в Академии наук. Сам он говорил: «Я никогда ни о чем не просил и просить не буду». С академией ничего не получилось. Начальство побоялось.
В1965 г. Тимофеева-Ресовского наградили Кимберовской медалью «За замечательные работы в области мутации» — главной премией генетиков (Нобелевской премии по генетике не существует), в 1966 г. — золотой медалью «За выдающийся научный вклад в генетику». До этого его награждали весьма почетными медалями — Дарвинской (ГДР), Менделевской премией (Чехия), медалью Лазаро Скаланцани (Италия). Он был действительным членом немецкой академии, почетным членом — американской, Итальянского общества биологов, Менде-левского общества в Швеции, генетического общества в Британии, научного общества имени Макса Планка в ФРГ, членом президиума Всесоюзного общества генетиков и селекционеров им. Н.И. Вавилова.