Отменяя пытки, Лаврентий Павлович рассуждал вполне здраво: если придется «колоть» реальных врагов, подозреваемых в шпионаже или заговоре или иных преступлениях, выбивать из них явки, пароли, тайники, то чекисты и милиционеры этим все равно будут заниматься, несмотря ни на какие приказы, и без всяких прокуроров – еще тогда, когда подозреваемый считается не арестованным, а только задержанным. Но в то же время Берия искренне верил, что фальсифицированных политических процессов больше не будет. Он думал, что со смертью Сталина члены высшего политического руководства получат гарантии того, что из-за разногласий и споров их будут только снимать со своего поста, но не арестовывать и не расстреливать. Здесь он жестоко ошибся.
15 июня 1953 года Берия предложил ликвидировать Особые совещания при МВД. Этот вопрос решить до его ареста не успели. Их ликвидировали только в сентябре 1953 года, но уже без какой-либо ссылки на Берию.
Берия давно уже понял неэффективность подневольного труда зэков и постарался разгрузить ГУЛАГ. Новые сложные виды вооружений требовали квалифицированного труда. Одновременно с амнистией, 21 марта, Берия направил предложение о закрытии более 20 крупных строек, на которых трудились главным образом заключенные. Прекратились работы на главном Туркменском канале, канале Волга – Урал, на гидроузлах на Нижнем Дону, на железной дороге Чум – Салехард – Игарка, БАМ и др. Все эти проекты были экономически неэффективны и вредны с точки зрения экологии.
Но Лаврентий Павлович замышлял еще более глобальные реформы. Опасаясь, что центробежные тенденции в долгосрочной перспективе могут развалить Советский Союз, он предложил хоть частично удовлетворить национальные чувства жителей республик. По замыслу Берии, руководителями компартий и основных ведомств должны были стать представители коренной национальности. Предполагалось сформировать национальные армии, учредить национальные ордена (например, в Грузии – Шота Руставели, на Украине – Тараса Шевченко, в Азербайджане – Абу Мухаммед Низами и т. д.), перевести делопроизводство на национальные языки, больше внимания уделять национальной интеллигенции. Опыт войны убедил Лаврентия Павловича, что далеко не все советские народы готовы были идти в бой «За Родину, за Сталина!».
Лаврентий Павлович надеялся завлечь народы возможностями сохранять и развивать национальные языки и культуры, служить в национальной армии, подчиняться соплеменникам, а не людям, присланным из Москвы. Надеялся привлечь на сторону центра национальные элиты, дав им реальную власть в республиках. Ведь до 53-го года в республиках Средней Азии, в Прибалтике, Молдавии и Белоруссии русские резко преобладали на всех мало-мальски значимых административных постах, вплоть до участковых милиционеров. Да и в остальных республиках их доля на руководящих должностях была значительно выше, чем доля русских в населении соответствующих территорий.
Национальные проекты Берии были краеугольным камнем затеянных им реформ, и они же, в первую очередь, привели к его падению. После падения Берии они были охарактеризованы как «буржуазное перерождение», «буржуазный национализм» и стремление «развалить СССР». Национальная программа Берии была изложена в его докладных записках о положении в Литве, Белоруссии и на Украине, по которым Президиум ЦК КПСС принял соответствующие постановления. Берия требовал большего представительства национальных кадров в органах МВД, а также в советских и партийных органах и большего учета национальных особенностей, в том числе посредством перевода делопроизводства и преподавания в республиках на национальные языки. Предполагалось учредить национальные ордена, национальные воинские формирования, увеличить экономическую и политическую самостоятельность республик, позволить им выходить на внешний рынок.
Генерал госбезопасности Павел Анатольевич Судоплатов вспоминал: «Я был среди тех, кому он поручил подготовить докладные записки с детальным перечнем и анализом ошибок, допущенных партийными организациями и органами госбезопасности в борьбе с националистическим подпольем в Литве и на Украине. Берия считал необходимым выдвигать местные кадры на руководящие посты, а на должности заместителей назначать людей славянских национальностей. В наших записках отмечались случаи ничем не оправданных депортаций и репрессий в отношении этнических групп, которые не занимались антисоветской деятельностью. Берия всячески настаивал на развитии национальных традиций».