Вскоре после ареста, в конце июля 1951 года, Абакумов написал покаянное письмо вождю, где отвергал утверждение Рюмина, что «я якобы намекнул Этингеру, чтобы он отказался от показаний по террору. Этого не было, и быть не могло. Это неправда. При наличии каких-либо конкретных фактов, которые дали бы возможность зацепиться, мы бы с Этингера шкуру содрали, но этого дела не упустили бы…»
Абакумову пытались инкриминировать смерть главы московских коммунистов А.С. Щербакова, скончавшегося 10 мая 1945 года от сердечного приступа, который стал следствием очередного запоя. Во время допросов Этингера, проходивших с участием самого Абакумова, министр требовал от подследственного признаться, «как он залечил Щербакова». Этингер же доказывал, что лечащим врачом Щербакова был Виноградов, а он, Этингер, выступал только в роли консультанта. По словам Абакумова, «называя Виноградова, он ничего отрицательного о нем не показал». Абакумов отвел все обвинения в том, что по его приказу арестованного перевели в холодную камеру, что стало, якобы, причиной его смерти. Содержание заключенного определял сам следователь, которым был Рюмин, «и умер Этингер, придя с допроса от тов. Рюмина»
«Все это было полной чушью, – вспоминал заместитель Абакумова Питовранов. – Я тоже писал объяснения для комиссии по проверке работы МГБ, которую возглавляли Берия и Маленков. Привязать Абакумова к смерти Щербакова было невозможно – тот умер в 1945 году, когда Виктор Семенович возглавлял «СМЕРШ» и не имел к правительственной охране никакого отношения. Я думаю, что Сталин это понимал».
Однако против министра вскоре выдвинули и другие, куда более серьезные обвинения. «Жалобщики писали, что МГБ скрывает правду от ЦК, – рассказывал Питовранов. – А это было правдой. По моим наблюдениям, у министра в какой-то момент вдруг появилась дурацкая вера в то, что если он о чем-то не доложит наверх, то там об этом ничего не узнают. Один сотрудник министерства перебежал к американцам, а он решил представить его погибшим. Протоколы допросов арестованных правил, решал, нужно или не нужно передавать в ЦК написанные в наших тюрьмах жалобы подследственных. Да и дальновидностью Виктор Семенович не отличался. Подумайте, компромат на Берию и Маленкова он держал в стопке белья в платяном шкафу!»
Абакумова решили напрямую связать с делом врачей. Благо, имеющиеся у следствия материалы легко позволяли это сделать. А врачам-вредителям инкриминировали уже смерть как Щербакова, так и Жданова.
Абакумова решили сделать главой «сионистского заговора». Но он ни в чем не сознавался. Между тем, еще 23 июля 1951 года заместитель министра госбезопасности С. Огольцов подал в Политбюро записку «о законспирированной группе врачей-вредителей». 22 февраля 1952 года дело было передано из прокуратуры МГБ, а курировать следствие стал все тот же Рюмин. Теперь подследственных, а кроме Абакумова были арестованы начальник Следственной части Леонов, следователи Комаров, Шварцман, Лихачев, работники секретариата МГБ Броверман и Чернов, перевели в Лефортово, где их уже начали допрашивать с применением всех мер физического воздействия – вплоть до кандалов и резиновых дубинок. Арестовали также бывших заместителей Абакумова Питовранова и Селивановского и ряд ответственных сотрудников центрального аппарата МГБ – Шубнякова, Райхмана, Белкина, Эйтингона и др., а также кремлевских врачей – Виноградова, Вовси, Егорова, Майорова и др. Было использовано письмо врача-рентгенолога Лидии Тимашук, которая сразу после смерти Жданова доказывала, что Виноградов и другие кремлевские врачи неправильно поставили диагноз Андрею Андреевичу, у которого в действительности был инфаркт. Абакумову ставили в вину, что он не отреагировал на донос врача Лидии Тимашук, в августе 1948 года сообщавшей, что кремлевские доктора неправильно лечат товарища Жданова. Правда, письмо было адресовано начальнику Главного управления охраны МГБ генерал-лейтенанту Николаю Сидоровичу Власику. Но тот, арестованный 16 декабря 1952 года за злоупотребление служебным положением и попустительство «врачам-вредителям», сразу же признал, что переслал письмо Тимашук Абакумову. Однако Виктор Семенович так и не признался, что пытался извести Сталина и потому «замазал» сигнал патриотки.
