В августе 1914 года стало известно, что Святейший Синод переводит епископа Андроника на кафедру в Пермь. Свой отъезд владыка назначил на 15 августа, на день празднования Успения Божией Матери — престольный праздник в омском соборе. В этот день владыка совершил литургию в сослужении епископа Мефодия (Красноперова) и десяти священников. После литургии, молебна и благословения всех молящихся, которые в течение долгого времени подходили к владыке, епископ приехал в архиерейский дом, где его уже ждали губернатор, городские чиновники и духовенство. Первым к нему обратился епископ Ме-фодий, выразив скорбь о разлуке с архипастырем, при котором в столь краткое время развилась церковная жизнь. Он поблагодарил владыку за все доброе, сделанное им для епархии, и за доброе дружеское отношение к нему лично и в заключение подарил епископу четки.
За время служения епископа Андроника в Омской епархии им было утверждено множество добрых начинаний, некоторые из них могли бы показаться незначительными в другом месте, но для Омского степного края они были очень существенны — как, например, ежегодная, по настоянию и благословению владыки, посадка всеми учащимися деревьев, садов, чтобы сызмальства воспитывать в детях любовь и бережное отношение к природе, которая «всякой былинкой, всяким ручейком, всякой птичкой возвещает нам о Боге, Которым полон весь мир, Им сотворенный». По инициативе епископа в городе Семипалатинске были устроены краткосрочные педагогические курсы для ста учащих церковных школ Омской епархии. Благодаря личному участию епископа в Омске были устроены миссионерские курсы, за что были чрезвычайно благодарны пастыри Омской епархии; миссионерское дело было поднято епископом на такую высоту, что религиозно воодушевило все православное население огромного района Западной Сибири. Епископ Андроник периодически устраивал миссионерские курсы для всей епархии, организовывал кружки ревнителей благочестия и сестричест-ва, курсы миссионерские и псаломщицкие. В целях подъема православного церковного настроения и противоборства сектантству владыка выписал из Новгорода святые иконы прославленных угодников Бо-жиих, которые затем неслись с великой торжественностью во многолюднейших крестных ходах; причем крестные ходы сопровождались произнесением проповедей, что способствовало просвещению народа и подъему религиозного чувства.
Духовенство епархии, встретив в архипастыре поддержку своим благим начинаниям, воспрянуло духом, почувствовав, что в новом епископе оно обрело мудрого и самоотверженного вождя, готового в любую минуту положить свою душу за вверенную ему паству. Почти единоличными усилиями епископа Андроника были собраны средства на устройство храма иконы Знамения Божией Матери, где на постоянной основе должны были происходить беседы, миссионерские чтения, собрания трезвенников, продажа и распространение книг, листков и брошюр. Желая удовлетворить запросы интеллигенции, епископ организовал в Омске проведение систематических богословских лекций, привлекши к этому делу образованное духовенство и укрепив его своим личным частым участием. Народ, духовенство и общество охотно откликнулись на это живое дело, и зал богословских чтений был всегда переполнен до тесноты. При Омском епархиальном братстве епископ организовал епархиальное общество трезвости. Для более успешной его деятельности владыка благословил регулярно проводить в епархии торжественные празднества трезвости с крестными ходами, проповедями, раздачей литературы, в которых стали участвовать тысячи людей. Народ с доверием откликнулся на инициативу владыки и сотнями пошел записываться в ряды армии трезвенников.
Один из соработников архиерея от лица всех обратился к епископу Андронику со словом, которое с наибольшей ясностью характеризует их отношение к владыке: «Образ ваш как архипастыря — ревнителя веры и беззаветного труженика, пламенного проповедника и мудрого наставника навсегда останется в нашей душе как идеальный образ носителя апостольских заветов в наши лукавые дни малодушия и отступления, образ, побуждающий нас, слабых, посильно ратовать за веру и Церковь, хранить предания апостолов, ревновать по деле Божьем — святом и вечном».