Владыка понимал, что не социальные, экономические или политические реформы грядут в мир, а новое язычество. И это «новое язычество в разных самых благовидных и культурных формах посягает на самые основы веры в Христа Спаса. Оно стремится заменить собою христианскую закваску жизни христианских народов. Для сего оно с особым расчетом покровительствует временно всякому иному исповеданию, всякому сектантству, всякой иной вере, только бы в России развалить господствующее православие… в уверенности, что после того ему со всеми иными верованиями и толками и считаться уже не придется… Время пришло такое, что уже нельзя благодушно выжидать, что приедет миссионер и своими беседами всех уговорит остаться в православии. Нет, пусть всякий священник на месте сам постарается все прежде сделать для христианского просвещения пасомых, для наставления их на жизнь по Евангелию, для уврачевания ослабевших в исполнении христианского долга, для вразумления смущаемых и уклоняющихся от Церкви, а следовательно, и от Христа Жизнодавца».
Епископ много способствовал народному просвещению и миссионерской деятельности. В губернии было много старообрядцев, и в конце концов стали возникать единоверческие приходы. Причем по причине недостатка пастырей многие приходы подолгу оставались без священников. Стараниями епископа в Перми были учреждены пастырские курсы специально для подготовки единоверческих священнослужителей. Обучение заканчивалось торжественным богослужением. Литургию в единоверческом храме совершал по служебнику XVI века сам епископ.
Пермская епархия была одной из немногих, где архиерей и некоторые пастыри, особенно из числа миссионеров, с тревогой смотрели на стремительное распространение нового безбожия, на этот раз под видом научного социализма и марксизма. Причем учение это поначалу явлено было народу внешней, даже весьма благообразной стороной, как бы заимствованной из христианства, толкующей о справедливости; внутри же полное отрицания всех нравственных ценностей, яда морального анархизма, оно смертельно поражало душу всякого вверившегося ему. На просторы мировой истории вышла новая секта безбожников, обладавшая динамичностью и энергией древних еретических сект, сотрясавших христианский мир в течение столетий и нередко и ранее захватывавших государственную власть. В 1916 году в Пермской епархии были созданы миссионерские курсы по обличению неверия и социализма, проводившиеся под руководством пермского епархиального миссионера Андрея Гавриловича Куляшева. Курсы знакомили слушателей со средствами борьбы с неверием, которое уже не ограничивалось «интеллигентным» населением городов, но широко разливалось по селам и деревням среди крестьян. Слушателям сообщались сведения о современном состоянии неверия за границей и в России с научной постановкой вопросов о Боге, мире и человеке, причем особенное внимание обращалось на те положения в вопросах веры, которые оспаривались современными безбожниками.
На занятиях слушатели проводили миссионерские беседы с богомольцами, произносили по праздникам и воскресным дням в храмах проповеди, которые затем служили предметом разбора на лекциях.
Во все время служения в Перми епископа Андроника за каждой воскресной и праздничной обедней всегда говорилось две проповеди. Первую говорил епископ после Евангелия, вторую — после литургии кто-нибудь из священников по назначению; проповеди говорились не с амвона, а с архиерейской кафедры.
Наблюдая почти всеобщее государственно-правовое невежество и упадок веры в России, владыка считал, что невозможен переход от монархии к иной форме правления без разрушения российской государственности, однако это не мешало ему говорить Императору правду, архипастырски высказывая свои соображения по тому или иному вопросу. Епископ резко отрицательно относился к Григорию Распутину, тот знал это и боялся владыку. Проезжая из Петербурга в Тобольск, Григорий обыкновенно останавливался на два дня в Перми. Ходил в собор, но становился подальше от архиерейской кафедры, рядом с церковным старостой, около конторки, тогда как при предшественнике Андроника епископе Палладии стоял всегда впереди у правого клироса. В 1916 году владыка ездил в ставку Верховного Главнокомандующего с депутацией от Пермской губернии. Находившийся ранее в Перми Троицко-Сергиевский пехотный полк получил в этом году название «Пермский», и пермяки поднесли полку новое знамя. После торжественной церемонии пермская депутация была принята Государем. На другой день епископ Андроник служил литургию в походной церкви при штабе главнокомандующего в присутствии Государя и офицеров ставки. Когда Государь приложился ко кресту, владыка попросил у него позволения поговорить с ним наедине. Государь согласился и пригласил его в здание штаба. Во время свидания епископ стал увещевать Государя, говоря ему, что Григорий Распутин личность недостойная, что о нем много говорят грязного, нехорошего и близость его к царской семье порождает множество сплетен и компрометирует Государя.
