8 февраля 1919 г. в своем воззвании Махно выдвигал такую задачу: «Строительство истинного Советского строя, при котором Советы, избранные трудящимися, являлись бы слугами народа, выполнителями тех законов, тех порядков, которые напишут сами трудящиеся на всеукраинском трудовом съезде…».
«Наша трудовая община будет иметь всю полноту власти у самой себя и свою волю, свои хозяйственные и иные планы и соображения, будет проводить через свои органы, которые она сама создает, но которые не наделяет никакой властью, а только лишь определенными поручениями», — писали Махно и его старый товарищ и советник П. Аршинов в мае 1919 г.
Воззвание Махно от 8 февраля 1919 г. также полно критических выпадов в адрес коммунистов и персонально Троцкого: «Комиссародержавцы хотят видеть в трудящихся только „человеческий материал“, как выразился на съезде Троцкий, только пушечное мясо, которое можно бросать против кого угодно, но которому ни в коем случае нельзя дать право самим, без помощи коммунистов создать свою трудовую жизнь, свои порядки… Повстанческая армия борется за истинные советы, а не за чрезвычайки и комиссародержавие».
Махно и его соратники создали Гуляйпольский союз анархистов, приглашали в район действия бригады анархистов для пропаганды анархистских взглядов и культурно-просветительской работы. Но, поощряя пропагандистскую работу представителей конфедерации анархистских организаций Украины «Набат», Махно не признавал ее идейно-политического лидерства в районе движения.
Махно принял присланного начдивом Дыбенко начальника штаба — левого эсера Я. Озерова и комиссаров-коммунистов. Они занимались пропагандой, но политической власти не имели.
В апреле, когда фронт стабилизировался, большевиками был взят курс на ликвидацию особого положения махновского района. Тяжелые бои и перебои в снабжении все более выматывали махновцев.
10 апреля 1919 г. III районный съезд крестьян, рабочих и повстанцев в Гуляйполе принял решения, направленные против военно-коммунистической политики РКП(б). Начдив Дыбенко ответил телеграммой: «Всякие съезды, созванные от имени распущенного согласно моему приказу военно-революционного штаба, считаются явно контрреволюционными, и организаторы таковых будут подвергнуты самым репрессивным мерам вплоть до объявления вне закона». Съезд ответил комдиву резкой отповедью, что еще сильнее скомпрометировало Махно в глазах командования. Он был избран почетным председателем съезда, но на переговорах с командующим В. Антоновым-Овсеенко отрицал, что подписывал его резолюции.
15 апреля 1919 г. член РВС Южфронта Г. Сокольников с согласия части членов РВС Укрфронта поставил перед председателем РВС республики Л. Троцким вопрос об устранении Махно от командования. Началась кампания против Махно в прессе.
Тогда 29 апреля 1919 г. Махно приказал задержать часть комиссаров, решив, что большевики готовят нападение на махновцев: «Пусть и большевики у нас посидят, как сидят в казематах Чека наши».
Конфликт был разрешен во время переговоров Махно и В. Антонова-Овсеенко 29 апреля 1919 г. Махно даже осудил наиболее резкие положения резолюций съезда Советов района, обещал препятствовать выборности комсостава, которого (видимо, ввиду заразительности примера) так опасались в соседних частях РККА. Тем более что командиры уже были выбраны и менять их в это время никто не собирался.
Но, пойдя на некоторые уступки, Махно выдвинул идею, которая могла бы примерить две стратегии революции: «До решительной победы над белыми должен быть установлен революционный фронт, и он (Махно. — А Ш.) стремится не допускать междоусобиц между различными элементами этого революционного фронта». Речь шла о политическом участии махновцев в советской системе и признании автономии района. Махновский район произвел благоприятное впечатление на Антонова-Овсеенко дисциплинированностью войск и культурно-экономической ситуацией в Гуляйполе.
1 мая 1919 г. бригада была выведена из подчинена дивизии П. Дыбенко и подчинена формирующейся 7-й дивизии 2-й Украинской армии, которая так и не стала реальным формированием. Фактически не только 7-я дивизия, но и вся 2-я армия состояли из бригады Махно и нескольких полков, значительно уступавших ей по численности.
