Особенно жестоко расправлялись с шиитами. Показательной в этом плане является судьба семьи лидера (пира) «исмаилитов» Сайда Мансура Надери. Троих его родных братьев Сайда Роунага (поэт), Сайда Анвара и Сайда Хасейна убили по приказу X. Амина.
Репрессивные шаги режима в отношении высшего духовенства и мулл привели к тому, что они под флагом ислама и говоря от его имени возглавили все враждебные новой власти силы и перешли к активному противодействию НДПА, искусно используя исламские Ценности в качестве оружия в борьбе за политическую власть. Именно поэтому показные мероприятия партии, показывающие уважение к исламу (выделение средств для ремонта и строительства мечетей и молельных домов, введение льгот паломникам в Мекку, повышение жалованья муллам и т. п.), не дали ожидаемых результатов.
Практические и организационные меры, предпринятые правительством ДРА по насильственному переустройству общества, привели к разрыву экономических связей. Особенно это ощущалось в центральных районах страны, где ранее существовала система переработки продуктов животноводства и снабжения ими крупных городов, в которой основную роль играли хазарейцы и кочевники. Это повлекло за собой падение жизненного уровня населения и сначала скрытое, а затем явное сопротивление населения. Главный лозунг, под которым партия пришла к власти, — улучшение жизни простого народа — оказался пустым звуком.
В июне 1978 г. произошли первые вооруженные выступления против «демократических и антифеодальных мероприятий» центральных властей в провинциях Бадахшан, Бамиан, Кунар, Пактия и Нангархар. Их возглавили помещичье-феодальные круги, компрадорская буржуазия и консолидировавшееся с ними высшее исламское духовенство. В отличие от НДПА, они умело использовали в своей деятельности практически сплошную неграмотность населения, сложные межнациональные и племенные противоречия, религиозный фанатизм и крайний национализм. Но руководство страны не особенно встревожил такой поворот событий. Оно посчитало, что сможет легко подавить силой отдельные очаги сопротивления, и отдало соответствующий приказ армии.
Действия армейских подразделений против сельской оппозиции, применение артиллерии и авиации для подавления ее вооруженных выступлений повлекли за собой жертвы среди мирного населения, разрушение кишлаков и ирригационных систем, уничтожение урожая на полях. Это привело к тому, что мятежное движение постепенно стало расширяться. Под влиянием мулл и землевладельцев стихийное сопротивление сельских жителей приобрело организованный характер и приняло исламскую окраску. Но правительство, продолжая уповать только на силу, вводило в действие все новые и новые боевые части, в том числе применяя их в тех районах, в которых традиционно армия никогда ранее даже не появлялась (зона расселения свободных пуштунских племен).
Карательные меры против внутренней оппозиции и населения вызвали поток беженцев из Афганистана. Спасая детей и родственников, люди уходили из страны семьями, а иногда и целыми кишлаками. По мере нарастания боевых действий число беженцев увеличивалось, и вскоре этот процесс принял массовый характер. Например, если в 1973 г. в Пакистан эмигрировало несколько сот человек, а в 1978 г.- 110 тыс. чел., то только в сентябре — декабре 1979 г. их стало уже — 750 тыс. чел. В последующем количество беженцев стало исчисляться миллионами.
Активизировала свою деятельность и внешняя оппозиция, основной базой которой стал Пакистан. Ведь после неудавшегося восстания в 1975 г. исламские группы, связанные с международной организацией «Братья мусульмане», объединились под руководством Г. Хекматияра в Пакистане в партию «Хезбе ислами-е-Афганистан» («Исламская партия Афганистана») и вскоре приняли в свои ряды многих представителей высшего духовенства и мулл. В их числе были Бурхануддин Раббани, Мухаммед Юнус (Халес), Сайд Мансур, Джелалуддин Хакани, Ахмад Шах (Масуд) и др.
Находясь под сильным влиянием современных мусульманских мыслителей-фундаменталистов, в том числе основателя пакистанского «Джамите-ислами» и руководителя движения за «более исламский» Пакистан Сайеда Маудуди, основателей исламистской экстремистской организации «Братья мусульмане» Сайеда Кутаба и Хассана-уль-Бана, а также иранца Али Шариати, руководство Исламской партии Афганистана (ИПА) повело борьбу с режимом НДПА с крайне правых исламистских позиций.
