Подъем осуществлялся в несколько этапов. На первом этапе над местом гибели подводной лодки встала «Коммуна». Между корпусом спасательного судна-катамарана были опущены гини и закреплены на корпусе М-256. Лодку вначале осторожно приподняли со дна и так, в подвешенном состоянии, осторожно перенесли на рейд Купеческой гавани. В этом состоянии ее продержали 30 суток. Такая пауза была вызвана опять же боязнью взрыва кислородной цистерны. По расчетам главного конструктора, за это время кислород из цистерны должен был стравиться в воду, и работа на М-256 становилась намного безопасней.
Одновременно была сформирована специально отобранная команда в количестве двенадцати человек. Возглавил ее капитан 3-го ранга Ковалёв. Помощником командира был назначен штурман с М-255 старший лейтенант Геннадий Масленников. Сама команда была сформирована из трюмных, дизелистов, торпедистов и рулевых с подводных лодок 70-го дивизиона, однотипных М-256. Матросов в спецкоманду отбирали не только по знанию ими своей специальности, но и по личным психологическим качествам, ведь личному составу команды предстояла не только тяжелая физическая работа. Они должны были выдержать невероятно трудную психологическую нагрузку. Вскоре спецкоманда на катере прибыла на «Коммуну» и начала подготовку к работе.
Спустя несколько дней начался третий этап. «Коммуна» с подвешенной на гинях подводной лодкой ошвартовалась правым бортом у Северного мола. После этого началась непосредственная подготовка к подъему подводной лодки. Водолазы завели два «полотенца» под корпус М-256. На «полотенца» завели и закрепили дополнительные гини. Следующим этапом был уже непосредственный подъем подводной лодки, который осуществлялся несколько дней в светлое время суток и на ровном киле. Наконец над водой показалась рубка, а потом и корпус погибшей субмарины. После этого подводная лодка была закреплена внутри катамаранного корпуса «Коммуны». К борту спасателя подошло судно с эжекторной установкой. Через открытый рубочный люк была произведена предварительная откачка воды. Затем спецкоманда спустилась в боевую рубку, освободила нижний просвет нижнего рубочного люка от застрявшего там трупа и зафиксировали люк в открытом состоянии. Начались поиск и вынос останков погибших моряков. Полная откачка воды была произведена в течение двух суток. Были вскрыты кормовой, носовой, а также переходный из центрального поста в 4-й отсек люки. Затем были произведены дополнительная откачка воды и эвакуация погибших в 4-м и 5-м отсеках. После вентиляции 1-го отсека был вскрыт переходный люк в 2-й отсек. Это вскрытие проводилось в темное время суток без освещения с целью предотвращения возможного взрыва аккумуляторной батареи в загазованной хлористой среде от направленного источника света Останки личного состава укладывались в рогожные мешки и переносились на стоявший рядом эсминец, где укладывались в башне кормового орудия. Когда все погибшие были перенесены, эсминец с приспущенным флагом ушел в Кронштадт.
Из письма Г. С. Масленникова: «Сама работа (имеется в виду работа командира осмотра) была тяжелая. Злая, жестокая по отношению к нам в моральном отношении, особенно когда «сортировали» и укладывали в мешки останки (ведь живые и мертвые моряки прекрасно знали друг друга, служа в одном и том же учебном отряде и на одном дивизионе). Что ж делать, если вызванные из госпиталя санитары выполнять эту работу не смогли. Уложив моряков в мешках в кормовую орудийную башню, мы сдернули пилотки с голов, постояли, вытирая невольно набежавшие слезы (только скулы ходуном ходили), не проронив ни слова. Вечная всем им память, без вины виноватым».
После этого была произведена общая конвертовка работы по герметизации подводной лодки, вертикальный руль был выставлен на 0 градусов. В середине ноября М-256 отправилась на буксире «Коммуны» в свое последнее плавание в Кронштадт. Где ее ожидала разделка на металлолом, так как восстанавливать лодку после ее осмотра было признано нецелесообразным.
Так что же случилось?
Из воспоминаний контр-адмирала в отставке Вячеслава Кочеткова: «В Таллине работала государственная комиссия под председательством генерала армии А. И. Антонова Оставшихся в живых приглашали для беседы и написания объяснительных бумаг. Каждый из нас, памятуя о былом, высказывался на комиссии довольно резко о конструктивных недостатках лодки, называя ее по бытовым условиям «железным коллективным гробом», а по принципу действия двигателя – «зажигалкой». Ведь не секрет, что и до катастрофы нашей М-256 гибли люди на подобных лодках».
