Как показали последующие события, решение адмирала Юмашева оказалось абсолютно правильным. Фактически именно Трипольский руководил деятельностью тихоокеанских подводников во время боевых действий против японцев. Заслуги его были оценены (думается, не без участия того же Юмашева) более чем щедро – два ордена Боевого Красного Знамени и орден Отечественной войны 1-й степени. А едва закончилась война с Японией, Трипольский был назначен начальником штаба Порт-Артурской военно-морской базы, тогда же он становится и контр-адмиралом. Однако вскоре легендарный подводник тяжело заболевает. Врачи ставят страшный диагноз – ревматизм сердца. В январе 1949 года Герой Советского Союза контр-адмирал А. В. Трипольский умирает в Москве.
Что касается начальника штаба дивизиона капитана 2-го ранга М. И. Кислова, то после ухода с дивизиона Трипольского, он некоторое время исполнял должность комдива, но так им и не стал. Кислову вспомнили Щ-139 и куда-то убрали, а дивизион принял опытный подводник-тихоокеанец В. И. Савич-Демянюк.
Саму Щ-139 подняли через две недели и поставили в капитальный ремонт. К августу месяцу лодка снова вошла в строй. Начало боевых действий против Японии 9 августа 1945 года Щ-139 встретила в составе своего родного 2-го отдельного дивизиона подводных лодок с базированием на бухту Владимир. «Щуки» Тихоокеанского флота успели в этой войне совершить четыре боевых похода. Щ-134 (капитан-лейтенант A.C. Вдовин) и Щ-13 5 (капитан-лейтенант Н. Е. Чирков) занимали позиции в зоне ответственности Владимиро-Ольгинской ВМБ. Противник, загнанный ударами союзной авиации, минными постановками и нехваткой нефти в собственные базы, у берегов Приморья, разумеется, не появлялся.
Более продуктивным оказалось патрулирование Щ-126 (капитан-лейтенант В. А. Морозов) и Щ-127 (капитан 3-го ранга М. Д. Мельников), действовавших совместно на позиции юго-восточнее Находки. 14 августа Мельников донес, что им обнаружена группа кораблей противника, идущая курсом на запад. Спустя 50 минут командир передал, что соединение идет со скоростью 18 узлов и состоит из линкора и четырех эсминцев! Радиограмма вызвала переполох в штабе ТОФа, поскольку в тот момент к Сейсину двигалось наше десантное соединение. К выходу были подготовлены 12 подводных лодок, но после того, как высланные на разведку самолеты никаких следов загадочного соединения не обнаружили, от их развертывания отказались. Зато Щ-126 встретила не иллюзорного, а реального противника. Вечером 21 августа Морозов обнаружил японский мотобот, который был потоплен артиллерией. Безымянный катерок стал единственным судном, уничтоженным «щуками» в ходе советско-японской войны, и последним в боевой карьере подводных лодок этого типа.
Что касается Щ-139, то в боевых действиях она не участвовала. После произошедшей трагедии на лодку был назначен новый командир, значительно обновлен экипаж. После капитального ремонта Щ-139 еще не успела пройти необходимый курс боевой подготовки, уровень подготовки экипажа тоже желал лучшего. Поэтому командование приняло решение оставить ее в базе, тем более что отработанных лодок хватало. Наверное, если бы боевые действия затянулись, нашлась бы и работа для Щ-139, но все закончилось достаточно быстро, и подводная лодка осталась невостребованной.
12 февраля 1947 года после знаменитого распоряжения Сталина о разделении Тихоокеанского флота на два самостоятельных флота Щ-139 вошла в состав 5-го ВМФ, а после объединения этих флотов снова числилась в составе ТОФ.
В январе 1949 года вместе со всеми другими «щуками» Щ-139 была отнесена к классу средних подводных лодок, а 10 июня того же года получила и новое (уже третье по счету!) обозначение – С-139.
Последующие годы С-139, как и прежде, находилась в боевом составе флота, отрабатывала учебно-боевые задачи, выходила в море. Менялись командиры, менялись экипажи. Ничем примечательным бывшая Щ-139 не выделялась. Шли годы. На флот приходили уже новые подводные лодки послевоенной постройки, по сравнению с которыми старые «щуки» выглядели музейными экспонатами. Наступала эпоха атомного подводного флота 9 ноября 1956 года С-139 была выведена из боевого состава, законсервирована и поставлена на отстой, а 29 марта 1957 года старую «щуку» исключили из состава ВМФ и разоружили. Тогда же был расформирован и ее последний экипаж. Впрочем, старожилы Тихоокеанского флота утверждают, что корпус старушки Щ-139 еще не был разобран в начале 90-х годов и ее проржавленный остов валялся на осушке в одной из бухт.
