Из воспоминаний ветерана Северного флота Н. Н. Козлова: «Виновным грозило самое суровое наказание. Однако через некоторое время пришла выписка из указа Председателя Президиума Верховного Совета М. И. Калинина: высшая мера виновникам катастрофы заменялась на десятилетний срок заключения. До этого командир Шуйский и капитан траулера просидели несколько десятков дней в камере смертников. Может быть, и сыграло положительную роль наше письмо вождю, не знаю, но оно явилось определенной проверкой порядочности командного состава подводников. Кстати, после указа отстали от нас и политотдельцы. С началом войны неожиданно К. Шуйский появился у нас на бригаде, его, как он сказал, «отпустили смывать преступление кровью»».
Однако отпустили Константина Матвеевича Шуйского не просто так. Все те же Колышкин, Козлов и другие с началом войны обратились к наркому ВМФ Кузнецову с просьбой вернуть опытного офицера-подводника на флот. Вслед за Шуйским переслали и его личное дело с многозначительным примечанием «с последующим отбытием срока заключения после войны». Впрочем, для того, чтобы исполнить это предписание, надо было еще остаться в живых.
Вначале Шуйского назначили старпомом подлодки К-3, которой командовал К. Малофеев. Командиром назначать его было нельзя, так как судимость еще не была снята. На К-3 Шуйский участвовал в четырех боевых походах, в которых были потоплены 2 транспорта и поврежден один корабль.
При этом судимость с Шуйского сняли только в 1942 году. Причиной к снятию послужили итоги знаменитого декабрьского боя в 1941 году К-3, которую вывел в море Магомет Гаджиев. Шуйский был в этом походе старпомом. Тогда подводная лодка потопила транспорт, подверглась преследованию, всплыла в надводное положение и расстреляла преследовавшие ее корабли охранения конвоя. В итоге орденами и медалями наградили весь экипаж, кроме одного человека – Шуйского: с него сняли судимость.
Вот как описывает события, которые изменили судьбу старпома К-3, историк Северного флота и писатель-маринист Сергей Ковалев: «19 февраля 1942 года подводная лодка Щ-403, которой командовал капитан-лейтенант Семен Коваленко, высадив на вражеский берег группу разведчиков, ночью в надводном положении выходила из Порсангер-фьорда. Внезапно она встретила немецкий отряд боевых кораблей в составе минного заградителя «Бруммер» и двух тральщиков, М-1502 и М-1503. На «щуке» вахтенный офицер, находившийся в рубке на командирском мостике, растерялся и вместо того, чтобы скомандовать: «Срочное погружение!», пригласил командира на мостик. Коваленко, поднявшись из прочного корпуса наверх, мгновенно оценил обстановку: лодку обнаружили, а один из тральщиков уже пытается выйти на таран. Расстояние между ним и Щ-403 резко сокращается, и о погружении, даже самом срочном, уже не может быть и речи. Более того, по лодке вражеские корабли открыли ураганный артиллерийский и пулеметный огонь. Командир «щуки» дал команду приготовить кормовые торпедные аппараты к залпу. И аппараты приготовили к стрельбе. Но в тот момент, когда уже нужно было выстрелить по минному заградителю, команда на залп до кормового отсека почему-то не дошла. Однако лодка все равно уклонилась от таранного удара тральщика. Вслед за ним в атаку на «щуку» вышел уже минный заградитель. Но командир прикинул по расстоянию до «Бруммера», что «по-срочному» они погрузиться успеют. Подал команду: «Срочное погружение!» – ив этот момент его тяжело ранило. Коваленко упал в ограждении рубки, прозванном подводниками за полукруглые обводы «лимузином». А вахтенный офицер, выждав короткое время, оглядел мостик и поспешил к рубочному люку. Крикнул: «Есть кто в «лимузине»?» Но ответа не последовало. А еще он увидел, как вниз, в прочный корпус, спускался кто-то, тяжело раненный, окровавленный, и офицер посчитал, что это командир. Но это был боцман.
Вахтенный офицер дал возможность мнимому командиру спуститься в центральный пост. И уже когда начал закрывать за собой рубочный люк, так как лодка шла на срочное погружение, то внезапно увидел в темноте лежащего командира, последними словами которого были: «Погружайтесь без меня!» Но что значило в той ситуации спасти командира лодки? Лодка успела погрузиться на глубину лишь семь метров. И таранного удара минного заградителя избежать ей не удалось, хотя и пришелся он вскользь по легкому корпусу, погнул перископы, перекосил ограждение рубки…
