Подводная лодка затонула в 14 часов 14 минут этого дня на глубине 35 метров в Каламитском заливе, в точке с координатами 44°56′8» северной широты, 33°26′8» восточной долготы, в 7 милях от западного побережья Крымского полуострова, в районе населенного пункта Николаевка.
В операции по подъему АГ-16 приняли участие практически все силы Черноморского флота: крейсер «Профинтерн», эскадренные миноносцы «Фрунзе», «Шаумян», «Дзержинский», подводные лодки «Коммунист», «Марксист», «Спартаковец» и «Революционер», торпедные катера «Первенец», № 54, № 94, № 114, № 124, тральщик «Джалита», гидрографическое судно «1 мая», буксиры «Красный водолей», «Терпеливый», «Смирнов», «Снег» и «Язон», паровой катер «Орлик», три водолазных бота, килектор (грузоподъемностью 50 т), 100-, 50– и 25-тонные плавкраны.
«Металлист» лежал на грунте, и спасатели знали, что на лодке еще есть живые люди, поэтому очень торопились. В 07.35 10 июля, используя синхронную работу четырех плавкранов, они подняли субмарину на поверхность. Только тогда стало ясно, что в отсеках лодки погибли 20 человек, однако, в кормовой ее части сохранилась воздушная подушка, благодаря которой трем подводникам удалось спастись. Они в момент гибели «Металлиста» находились в дизельном отсеке. В темноте и без пищи моряки пробыли почти двое суток. Служивший на «агешках» пять лет опытный главный старшина мотористов Василий Нижний сумел организовать рядовых краснофлотцев на борьбу за живучесть отсека. С помощью старшины электриков Мамутова и вестового Бабарыкина он сумел предотвратить его дальнейшее затопление. У старшины хватило сил, чтобы после подъема «Металлиста» на поверхность самостоятельно открыть крышку люка (а она открывалась только изнутри), выбраться на палубу лодки и доложить командованию о случившемся. За героизм нарком ВМФ наградил В. С. Нижнего именным оружием.
При подъеме лодки в гини каждого крана был включен страховочный строп с разрывной нагрузкой, равной его предельной грузоподъемности. Все прошло благополучно, и поднятую субмарину отбуксировали в Севастополь, к причалу Севморзавода для восстановления.
Мичман в отставке Василий Семенович Нижный был, наверное, последним, кто к концу 1980-х годов оставался еще в живых из экипажа АГ-16. Рассказ ветерана ЧФ в свое время успел записать майор Я. К. Сколота: «Я знал Василия Семеновича Нижнего как человека легендарной судьбы, а о подробностях его подвига на АГ-16 младшему поколению было тогда мало что известно. Только в 1942 году, когда я был военкомом на том же «Металлисте» (А-5), у меня состоялось близкое знакомство с мичманом Нижним. В то время А-5 входила в состав 6-го дивизиона 2-й бригады подводных лодок ЧФ.
…Двое суток провел мичман Нижний в затопленном отсеке в соляре и газовой среде на дизелях у самого подволока среди двух десятков мертвых и умирающих товарищей на глубине 35 метров. Нижний, сколько мог, оказывал помощь товарищам, удерживал их на дизелях, воодушевлял словом, светил фонарем. К нему обращались с завещаниями, чтобы он передал последние слова родным и близким. Фактически мичман Нижний взял руководство отсеком в свои руки. Именно мичман Нижний возглавил борьбу за живучесть, хотя в отсеке были комиссар и механик подводной лодки. Погибая, люди сходили с ума, рвались к рубочному люку, чтобы выйти на поверхность.
Мичман Нижний вспоминал: «Против этих людей мне приходилось приложить много физических усилий, перебираться по шею в воде, чтобы снять их с люкового трапа».
На руках Нижнего умер комиссар лодки. Благодаря действиям Нижнего выжили краснофлотцы Мамутов и Бабарыкин.
Из воспоминаний мичмана Нижнего: «…При мне тогда все люди умирали на моих глазах. Я освещал их фонарем, направлял его на людей, пока фонарь не вышел из строя. Краснофлотец Бабарыкин сказал мне: «Вася, спасибо тебе! Ты спас мне жизнь!»
Если бы я потерял веру в жизнь, я бы, определенно, перед вами не стоял. Мне и в голову не приходило, что я погибну, хотя на моих руках и перед моими глазами у подволока отсека, на дизелях, в газовой и соляровой среде умирали и тонули люди. Откуда у меня была такая уверенность, сам не знаю. Все казалось, что это учение и я обязательно останусь живой. Когда я услышал работу водолазов у корпуса лодки, то тогда совсем стал героем Комиссар умер у меня на руках. Я поднимал его голову и, сколько мог, помогал ему держаться на воде и не тонуть. Подлез к люку механик, чтобы открыть его, но упал в воду.
