Хотя исход войны был уже ясен, это не означало, что бои стали менее ожесточенными. Среди американского командования начались споры относительно дальнейших действий. Адмирал Кинг хотел захватить остров Формоза и предоставить авиации и подводным лодкам окончательно поставить Японию на колени. В ретроспективе такой план выглядит очень удачным. Но против него резко выступил генерал Макартур, который считал себя обманутым. Ведь в этом случае он лишался возможности выполнить свою клятву «вернуться» на Филиппины. Под его давлением был принят план поэтапного наступления через Тихий океан. Следовало поочередно захватить Палау, Яп, Филиппины, Формозу, Иводзиму, Окинаву и готовить высадку непосредственно в Японию. Флот сумел добиться исключения некоторых операций из этого плана, но генеральное сражение в Вашингтоне проиграл. В результате подводные лодки вместо охоты за вражескими судами занялись выполнением различных мелких заданий. Война затянулась, что привело к ненужному кровопролитию. С этой точки зрения интересно было бы обсудить: так бы уж потребовались атомные бомбардировки, если бы авиация и подводные лодки получили новые базы на Марианских островах и Формозе?
К середине 1944 года японский торговый флот терял уже по 50 судов в месяц. Японский импорт сократился до опасных пределов.
Отчаянная ситуация потребовала от японцев отчаянных мер. Несмотря на уничтожение своей авианосной авиации, они решили дать бой американцам, использовав остатки флота. Но подводные лодки были готовы к любым действиям противника. Лодки Тихоокеанского флота перебазировались из Пирл-Харбора на Маджуро и Сайпан, что значительно сократило переходы к районам патрулирования. Лодки Азиатского флота тоже перешли на новую базу в Миос Вендли. В ходе боев за Филиппины 23 октября лодки «Дейс», «Дартер» и «Брим» потопили 2 японских тяжелых крейсера и так повредили еще 2, что они уже не были отремонтированы до конца войны. Через 2 дня подводные лодки перехватили разгромленное соединение адмирала Одзавы и потопили легкий крейсер и эсминец.
Несмотря на очевидную неспособность японцев к каким-либо активным действиям, кроме операций камикадзэ, американское командование продолжало настаивать на постепенном и осторожном методе наступления. Были захвачены Лусон, Иводзима и Окинава. Три ненужные и кровавые операции ни на один день не приблизили окончательную победу. Отчасти можно объяснить лишь захват Иводзимы. Этот остров послужил местом базирования истребителей, сопровождающих «Сверхкрепости» при налетах на японскую метрополию. Все это отвлекало подводные лодки от решения главной задачи — борьбы с вражеским судоходством. Подводники были разочарованы. Они считали, что войну можно выиграть и без таких жертв. Остатки японского флота были истреблены подводными лодками в открытом морс и авианосными самолетами в портах. В 1944 году американские подводные лодки отправили на дно 7 японских авианосцев и тяжело повредили еще один. За это же время авианосные самолеты потопили 4 авианосца и повредили один. С сентября 1944 по январь 1945 года тоннаж японского танкерного флота сократился с 700000 GRT до 200000 GRT. Доставлять нефть из Ост-Индии в Японию было просто не на чем.
К началу 1945 года показатели начали снижаться. Объяснение этому было самое простое — отсутствие достойных целей. Те цели, которые еще можно было найти, были малы и осторожны. Японские суда следовали, прижимаясь к берегам Китая, или прятались в Японском море. Охота за прибрежным судоходством была связана с большим риском, так как лодкам приходилось заходить в мелководные районы. Самым примечательным было появление лодки «Барб» в гавани Намкван, где она в январе 1945 года потопила один транспорт и повредила еще несколько. За этот рейд командир «Барба» Флакки был награжден Медалью почета конгресса. В июне 1945 года после испытания новой модели гидролокатора американские подводные лодки снова вошли в Японское море. Они потопили 23 японских судна, потеряв одну лодку. Результаты были настолько обнадеживающими, что туда была послана новая группа лодок. Если бы война затянулась немного дольше, Японское море было бы очищено от японских судов, как и все остальные моря.
