Пейн резко осуждал тех американских квакеров, в частности в Пенсильвании и Нью-Джерси, которые, проповедуя непротивленчество, призывали население «во имя христианского Евангелия» придерживаться мирных принципов. Впрочем, он легко мог отличить тех квакеров, которые активно боролись за независимость Америки, от возглавлявших секту пособников колонизаторов.
После первых побед, одержанных армией Вашингтона над англичанами в конце 1776— начале 1777 г. при Трентоне и Принстоне, Пейн в основном посвящает себя публицистической и политической деятельности, находя, что ею он принесет республике большую пользу, нежели военной службой. Для понимания политических и социологических взглядов Пейна имеет значение серия его статей в защиту конституции Пенсильвании, написанной революционерами под руководством Франклина. Пейн выступает против консервативных элементов, покушавшихся на конституцию. Он отстаивает учение о естественных правах человека, о том, что человек должен быть свободным.
В разгар революционной войны, в 1777–1778 гг., республика поручила Пейну ответственный пост секретаря Комитета конгресса по иностранным делам, занимая который он боролся против спекулянтов и противников революции. По поручению конгресса Пейн помогал молодому полковнику Джону Лоуренсу в его важной дипломатической миссии во Франции — ускорить помощь американцам. Пейн в это время составил преамбулу к акту пенсильванской ассамблеи, принятому в марте 1780 г. и впервые узаконившему меры по постепенному освобождению негров-рабов. В том же 1780 г., когда Дж. Вашингтон сообщил конгрессу о серьезных нехватках в армии, Пейн пожертвовал на нужды войны свои деньги и организовал сбор средств. Задавшись целью написать трехтомную историю американской революции, Пейн собирал материалы. Обнаружив труд аббата Рейналя «Философская и политическая история учреждений и торговли европейцев в обеих Индиях», часть которого, изданная в 1781 г., называлась «Революция в Америке», Пейн немедленно написал и издал свое «Письмо к аббату Рейналю…», в котором опровергал ошибочные утверждения Рейналя и выступал в защиту дела американских революционеров.
Пейн продолжал неустанную агитацию за независимую республику, за всеобщее избирательное право, за обучение всех детей в общедоступных школах, за пенсии престарелым, за отмену рабства негров. Такая активность Пейна была не по вкусу американской буржуазии и плантаторам, не говоря уже о сторонниках Англии — контрреволюционерах. У популярного в Америке Пейна появились не только многочисленные друзья, но и враги, опасные и коварные.
Война за независимость окончилась в 1783 г. США подписали с Англией Парижский мирный договор. Вместе со всем народом Пейн ликовал: «„Времена испытаний для человеческих душ“ прошли. Величайшая и глубочайшая революция, которую когда-либо знал мир, славно и благополучно завершилась», — писал он (18, стр. 170).
Все долгие годы войны Пейн не забывал своих научных занятий и ждал, когда сможет обратиться к ним вновь.
Когда война окончилась, Пейн был беден. Но вскоре его дела поправились. Штат Нью-Йорк за бескорыстную службу Америке подарил Пейну дом неподалеку от Нью-Рошели, затем конгресс США и штат Пенсильвания за заслуги в революции предоставили ему некоторую денежную помощь. Впервые в жизни Пейн приобрел финансовую независимость, у него оказались свободные деньги. Теперь можно было реализовать свои планы. В конце 1785 г. Пейн нанял себе в помощники Джона Холла — плотника и механика, с которым и занялся различными усовершенствованиями и изобретениями, неизменно показывая их своему старому другу и авторитетному ценителю Франклину. В эти годы Пейн изобрел бездымную свечу, сконструировал одноарочный железный мост, внеся новшество в его сборку, и построил его модель.
Научные занятия, конечно, требовали времени, но Пейн продолжал участвовать и в политической жизни послевоенных Соединенных Штатов. Свои политические взгляды, выражавшие чаяния простого люда, трудящихся страны, он излагал в созданном и руководимом Франклином «Обществе политических исследований». Важным вопросом этого времени был вопрос о бумажных деньгах и банке, созданном во время войны континентальным конгрессом и ассамблеей штата Пенсильвания. Война, нарушив экономическую жизнь колоний, повлекла за собой инфляцию, сокращение в обороте звонкой монеты и увеличение бумажных денег, что тяжело отразилось на положении народных масс, особенно трудящегося фермерства, которое требовало полного покрытия этих бумажных денег. В связи с этим Пейн изложил свои взгляды в трактате 1786 г. «Рассуждение о государстве, делах банка и бумажных деньгах» и в нескольких газетных статьях на эту же тему. Пейн выступил за ликвидацию выпущенных во время войны бумажных денег и сохранение банка. Это не означало, что он изменил своему радикализму. Он искренне верил, что собственность банка будет служить всем классам общества.
