Хохлов нашел астраханцев в явной войне с Заруцким; но война эта была невыгодна для первых, потому что на них с кремля обращены были пушки. 2000 мужчин, 6000 женщин и детей выбежали в стан к Хохлову. Но и Заруцкий, видя, что ему нельзя в астраханском кремле дожидаться царских воевод, 12 мая ночью бежал из Астрахани и поднялся немного вверх по Волге; Хохлов бросился за ним, нагнал и нанес сильное поражение; Заруцкому с Мариною и сыном ее удалось уйти на море, но Хохлов отправил за ним новые погони. Между тем царские воеводы, узнав, что Заруцкий стеснен в Астрахани, поспешно двинулись к этому городу; на дороге узнали они, что Астрахань уже очищена от воров; это известие, как видно, было неприятно князю Одоевскому, потому что вся честь подвига принадлежала теперь не ему, а Хохлову. Он писал к последнему, чтоб тот не извещал царя об астраханских событиях до его приходу, а если уж послал гонца, то воротил бы его с дороги, «потому что им, воеводам, надобно писать к государю о многих государевых делах». Не участвовавши нисколько в освобождении Астрахани, воевода требовал от Хохлова, чтоб тот заставил астраханцев торжественно встретить его: «А нас велеть встретить терским и астраханским людям, по половинам, от Астрахани верст за тридцать или за двадцать». Узнав, что Заруцкий бросился на Яик, Одоевский 6 июня отрядил туда двух стрелецких голов, Пальчикова и Онучина, для поимки; 23 июня посланные настигли беглецов и начали битву, собственно, не с Заруцким, но с его хозяевами – козаками, атаманами Усом с товарищи, потому что этот Ус владел всем, а Заруцкому и Марине не было ни в чем воли. Пальчиков и Онучин осадили козаков в их городке, и те, видя крайность, принуждены были добить челом, целовать крест государю Михаилу Федоровичу и выдать Заруцкого с Мариною, сыном и чернецом Николаем. Это было 25 июня. Пленников привезли в Астрахань, откуда немедленно же отправили в Казань, потому что, писал Одоевский, в Астрахани мы их держать не смели для смуты и шатости. Заруцкий был отправлен отдельно от жены; Марину провожали 600 стрельцов, Заруцкого – 230; в случае нападения сильнейшего воровского отряда провожатым велено было побить пленников. Из Казани их отправили в Москву, здесь Заруцкого посадили на кол, сына Марины повесили: сама Марина умерла в тюрьме, с горя – по московским известиям, а по польским – была утоплена или задушена. Тот же летописец упоминает и о казни Федора Андронова.
Избавились от Заруцкого, успокоена была Астрахань, но козаков оставалось еще много внутри государства, почти не было ни одной области, которая бы не страдала от их опустошений. Об их опустошениях летописец говорит, что и в древние времена таких мук не бывало; воеводы доносили: «Там и там стояли козаки, пошли туда-то, села и деревни разорили и повоевали до основания, крестьян жженых видели мы больше семидесяти человек, да мертвых больше сорока человек, мужиков и женок, которые померли от мученья и пыток, кроме замерзших». Особенно отличался между козаками атаман Баловень. 1 сентября 1614 года, в тогдашний Новый год, государь говорил на соборе с духовенством, боярами, думными и всех чинов всякими людьми: «Пишут к нам из замосковных и из поморских городов, что пришли в уезды воры-козаки, многие люди, православных христиан побивают и жгут разными муками, денежных доходов и хлебных запасов сбирать не дадут, собранную денежную казну в Москву от их воровства провезти нельзя. Дворяне и дети боярские бьют челом, чтоб им с ворами управиться самим: так на этих воров посылки ли послать, или писать к ним об обращенье, чтоб от воровства отстали?» Приговорили: «Послать к ворам из (духовных) властей, бояр и всяких чинов людей и говорить ворам, чтоб они от воровства отстали». Для этого посланы были суздальский архиепископ Герасим с двумя еще духовными лицами, боярин князь Борис Михайлович Лыков и дьяк Ильин с выборными из дворян, гостей, из торговых людей и козаков. Они должны были ехать в Ярославль и оттуда повестить козакам: которые из них хотят стоять за имя божие, государю служить и прямить, тем от воров, которые хотят воровать, отобраться, списки имен своих прислать к государю и идти на службу. Которые государю служить не станут, станут вперед государю изменять, церкви божии разорять, образа обдирать, православных христиан грабить, жечь, ломать, на таких всяким государевым людям, атаманам и козакам, стоять заодно и над ними промышлять, потому что они пуще и грубнее литвы и немцев, и козаками этих воров не называть, чтоб прямым атаманам, которые служат, бесчестья не было. Если козаки станут договариваться с князем Лыковым, а без заклада к нему не поедут, то ему давать заклады, смотря по их людям, и уговаривать их всякими обычаями, чтоб их от воровства отвести и выслать на государеву службу, обещать им жалованье, должным и крепостным людям – свободу. Которые атаманы и козаки станут приезжать в Ярославль к князю Лыкову для сговоров и всяких государевых дел, тех поить и кормить. Которые атаманы и козаки от воровства отстанут и пойдут на государеву службу, тем велеть кормы давать, сбирая с посадов и уездов, как можно сытым быть, а лишнего брать и насилья делать не велеть. Которые атаманы и козаки от воровства не отстанут, на службу не пойдут, уговор их не возьмет, на таких князю Лыкову сбираться с городами, с дворянами и детьми боярскими, сбирать также охочих всяких людей и даточных и над ворами промышлять всякими обычаями.
