В том же 1599 году, по смерти Михаила Рагозы, митрополитом киевским был утвержден Ипатий Потей, первым делом которого было вооружиться на Стефана Зизания, не перестававшего проповедовать в Вильне против унии. Потей велел запечатать церковь в братском Троицком монастыре за то, что монастырь держал у себя Зизания. Старый товарищ последнего, Юрий Рогатинец, писал к нему из Львова успокоительное письмо: «Пишешь, что запечатали вам церковь именем Ипатия; не слушайтесь и не злоречьте Ипатия, в отчаянии его приводя на худшее, откуда возрастает ярость, а не божие строение. Это не новость в церкви божией: запечатали архиереи с римлянами гроб Христов, но силы его не удержали; и Ирод убивал младенцев Христа ради, но принял конец свой, как и другие божии противники, которые властьюпанства своего церкви божией противились. Пишешь, что Ипатий написал какие-то разговоры русского с ляхом, в которых говорится, что мы, в бытность нашу в Вильне, отделившись от них, соединились с лютеранами. Это ошибка, ибо мы не держим дружбы ни с какими еретиками. А что слышно обо мне, что сношусь с Ипатием и письмами друг друга обсыпаем, то скажу прямо: часто разговариваю я со всякими противными людьми, не держа стороны их, но поступая по овечьему незлобию, мудрости змеиной и целости голубиной, как Христос научил, что ясно видно из разговора и письма моего к сыну Потееву, Яну; копию с этого письма посылаю вам». Из письма Юриева видно, что вражда между Львовским братством и епископом Гедеоном продолжалась: «Посылаю копию и другого сочинения моего, которое написал теперь на погребение племянницы своей Анастасии, умершей под мучительством балабановским; увидите, какое согласие имеем с Балабаном». Когда князь Острожский приезжал во Львов, то Балабан не показывался ему на глаза.
Князь Константин продолжал свое старое дело: по смерти александрийского патриарха Мелетия осталось сочинение против схизматиков и еретиков; князь немедленно стал хлопотать, чтоб издать его по-гречески и по-русски, для чего послал ко Львовскому братству за наборщиками и литерами греческими. Потей не был также празден: в июне 1605 года он явился в виленской ратуше и объявил, что нашел в церкви кревской старинную рукопись с описанием Флорентийского собора и с грамотою к папе Сиксту IV от киевского митрополита Мисаила, архимандритов печерского и виленского, также от великих княжат и панов русских в 1476 году. Грамота эта была издана им в том же 1605 году, как доказательство давнего существования унии на Руси. Книжка Потея была встречена насмешками православных, которые в 1607 году выхлопотали сеймовое определение, чтоб чины и имения духовные раздавались русским людям шляхетным и прямо греческой веры; чтоб отправление богослужения их было свободно; чтоб духовные власти не соединяли в одном лице двух должностей и пользований; в 1609 году вытребовали, чтоб ни униаты православным, ни православные униатам не делали утеснения и раздражения, в противном случае виновные подвергаются пене в 10000 злотых. Но раздражение не могло уменьшиться, когда в 1610 году явилось сочинение Мелетия Смотрицкого, скрывавшегося под псевдонимом Теофила Ортолога: «Плач восточной церкви» (Threnos to jest lament jedyney powszechnej Apostolskiej wchodniej Cerkwie). Самое название показывает, что автор всего более хотел возбудить сочувствие к несчастному положению восточной церкви, готовой принимать гонение.
Скарга в том же году написал против этой книги: «Предостережение Руси насчет жалоб и воплей Теофила Ортолога» (Na treny у lamenty Theophila Orthologa do Rusi przestroga); в 1612 году вышло новое опровержение книги Смотрицкого в так называемой «Паригории, или утолении плача» (соч. Мороховского); а в 1617 году вышла книга виленского униатского архимандрита Леона Креузы: «Оборона единства церковного» (Obrona jednosci cerkiewnej), где автор старался доказать, что уния существовала прежде и в последнее время униаты поступали законно. Не уменьшалось раздражение, не уменьшались и притеснения, которых, по крайней мере, по-видимому, не одобряло правительство; но на правительство мало обращалось внимания. На сейме 1620 года депутат волынский, Лаврентий Древинский, говорил такую речь: «В войне турецкой ваше королевское величество едва ли не большую часть ратных людей потребуете от народа русского греческой веры, того народа, который, если не будет удовлетворен в своих нуждах и просьбах, то может ли поставить грудь свою оплотом державы вашей? Как может он стараться о доставлении отечеству вечного мира, когда дома не имеет внутреннего спокойствия? Каждый видит ясно, какие великие притеснения терпит этот древний русский народ относительно своей веры. Уже в больших городах церкви запечатаны, имения церковные расхищены, в монастырях нет монахов – там скот запирают; дети без крещения умирают; тела умерших без церковного обряда из городов, как падаль, вывозят, мужья с женами живут без брачного благословения; народ умирает без исповеди, без приобщения. Неужели это не самому богу обида и неужели бог не будет за это мстителем? Не говоря о других городах, скажу, что во Львове делается: кто не униат, тот в городе жить, торговать и в ремесленные цехи принят быть не может; мертвое тело погребать, к больному с тайнами Христовыми открыто идти нельзя. В Вильне, когда хотят погребсти тело благочестивого русского, то должны вывозить его в те ворота, в которые одну нечистоту городскую вывозят. Монахов православных ловят на вольной дороге, бьют и в тюрьмы сажают. В чины гражданские людей достойных и ученых не производят потому только, что не униаты; простаками и невежами, из которых иной не знает, что такое правосудие, места наполняют в поношение стране русской. Деньги у невинных православных безо всякой причины исторгают. Главная причина зла заключается в том, что ваше королевское величество изволите назначать на высшие саны духовные людей, не зная их происхождения. Кто не знает, что теперь епископом полоцким сын сапожника, сделавший себе шляхетскую фамилию
