Первой заботой епископа Игнатия по управлению паствой было устроение богослужения в надлежащем церковном чине и восстановление должных отношений между духовенством и народом, как в городах, так и в селах. Сам он в обращении с духовенством был приветлив, прост и прям, постоянно заботился о его быте, образовании и взаимных отношениях, приличествующих священному сану; внимательно входил в действия благочинных, в нравственное состояние тех, кои подвергались наказаниям и замечаниям, стараясь, сколько возможно, отделять служебную виновность лица от его семейных обстоятельств и всяких домашних нужд. В исходе августа Преосвященный объехал юго-восточную часть епархии, посетил города Моздок и Кизляр и селениями восточной части губернии возвратился в Ставрополь, где на зиму и перешел во вновь построенный дом.
Преосвященный Игнатий обращал свое внимание также и на воспитание юношества в подведомственных ему учебных заведениях. Так, он нашел необходимым ограничить меры наказания, бывшие в обычаях в этих училищах, предложением семинарскому правлению, чтобы воспитатели обращали более внимания на нравственную сторону взысканий, развивали в детях и юношах совестливость, как более гарантирующую их доброе поведение, и тщательно обсуждали правдивость наказаний, соразмеряя их с виновностью; чтобы самые наказания эти были разумно-человечные, без увлечения гневом или горячностью.
С наступлением весны 1859 года Преосвященный Игнатий весьма сочувственно отнесся к делу об улучшении быта крестьян с уничтожением крепостного права. Его глубоко огорчило кривое толкование воли Государя-Освободителя, извращение смысла слов «свобода» — «воля», благоволением Монарха дарованных своим подданным. По этому поводу Преосвященным были сделаны два предложения, разосланные циркулярно по епархии: в том и другом излагался евангельский взгляд на дело, и предлагалось духовенству руководствоваться этим взглядом в случаях сношения с прихожанами, когда эти будут обращаться за советом или вразумлением касательно крестьянского вопроса.
Летом того же года Преосвященный объезжал западную часть своей епархии; посетил приходы и монастыри Черноморья и около двух месяцев прожил в Тамани. С осени он занялся приисканием и устройством нового помещения для семинарии, помещавшейся в наемном по контракту доме, тесном и неудобном, которому уже приближался исходный срок найма. При содействии местного гражданского начальства состоялся весьма выгодный наем на продолжительный срок частных домов под это заведение в нагорной и самой здоровой части города, рядом с церковью Святого Апостола Андрея Первозванного, что на архиерейской лесной даче, примыкающей в этом месте к главной торговой площади города. Множество следственных дел, тянувшихся производством, множество давних неудовольствий между прихожанами и духовенством и еще большее число дел, возникших от немирных столкновений уездных гражданских властей с духовными, или были окончены мирными соглашениями, или разобраны и решены; из множества их осталось разве ничтожное количество неоконченных, так что вообще можно сказать, что епархия была приведена в полное благосостояние.
Но скорби не оставляли преследовать епископа Игнатия и в этом его положении, а кончина митрополита Григория лишила его ближайшего человека, принимавшего в нем дружеское участие. К тому же его постигла очень тяжкая болезнь: натуральная оспа, соединенная с сильной горячкой. Продолжительно тянулось его выздоровление, силы его стали заметно слабеть, он решился проситься прямо на покой в знакомый уже Николо-Бабаевский монастырь; в конце июля 1861 года подал о том рапорт в Синод и обратился с письмом к Государю Императору.
Вот содержание этого письма:
«Августейший Монарх,
Всемилостивейший Государь!
Чувствуя изнеможение сил от болезненности, продолжающейся около 40 лет, и постоянно питая в душе моей желание окончить дни в уединении, я подал в Святейший Синод рапорт, в котором, донося о состоянии своего здоровья, прошу об увольнении меня от управления епархиею и предоставлении мне в управление общежительного Николо-Бабаевского монастыря, на Волге, в Костромской епархии, по тому образцу, как это делалось для многих архиереев, уволенных от дел епархиальных. То милостивое внимание, которого удостаивали меня Ваши Августейшие Родители, называя меня своим воспитанником, дозволяет мне обратиться к Вашему Императорскому Величеству с всеподданнейшею и убедительнейшею просьбою. Не во внимание к какой-либо заслуге или достоинству, — коих нет у меня — в память Ваших почивших Родителей окажите мне милость, повелите удовлетворить моему прошению, даруйте мне просимый приют, в котором я мог бы окончить в мире дни мои, вознося недостойные и убогие молитвы к Богу о благоденствии Вашем и всего Вашего Августейшего Дома, о покое и вечном блаженстве Ваших приснопамятных Родителей.
