Исповедь помыслов новоначальным иноком старцу всегда лежала в основах монашеского жительства; она входила, как непременное условие, в круг духовного воспитания архимандрита Игнатия. Борьба с помыслами мучительна, особенно в начале подвига, когда еще нововступивший не навык ратовать против них орудием молитвы; настроение себя по назиданию книги полезно и необходимо, — но недостаточно. Трудно юному управить себя по духовной стезе, не имея в виду примера; а враг особенно сильно ратует именно на тех, которые избирают монастырь с прямою целью спасения, отвергая все мирские преимущества и выгоды: для таких-то духовное руководство живым словом, при исповеди помыслов, истинная находка; оно служит оплотом против наветов врага и делает собственную волю устойчивой. Все это хорошо в том случае, когда старец настолько мудр и опытен, что в состоянии уразумевать открываемые помыслы и постигать их причины и следствия; иначе его совет будет действовать разрушительно, как неверно поданное лекарство. Благоустроению духовного быта новоначального содействует и то обстоятельство, когда старец его находится во главе управления: где многоначалие или зависимость старца, там несвобода духовных отношений. Архимандрит Игнатий соединял в себе и то и другое, т. е. и мудрость духовную и внешнюю власть, а потому жительство под его руководством и в его обители было драгоценным приобретением для искавших монашествовать разумно. Несмотря на свою болезненность, он принимал на себя труд ежедневно выслушивать исповедь помыслов; у учеников его было даже обыкновение вести дневную запись их, и они открывали свои помыслы чистосердечно, с прямотою, потому что старец был способен принимать такую исповедь вполне бесстрастно. Польза от исповеди помыслов была для всех очевидна. При этом старец не подвергал учеников своих тягостным испытаниям, а сообразовывался с физическими способностями каждого и умственным развитием, так что состояние под его духовным водительством было даже льготно, как в физическом, так и в нравственном отношении.
Вот мнение самого старца Игнатия об исповеди помыслов, основанное на строгом следовании учению святых Отцов: «Все Отцы согласны в том, что новоначальный инок должен отвергать греховные помыслы и мечтания в самом начале их, не входя в прение, ниже36 в беседу с ними. Для отражения греховных помыслов и мечтаний Отцы предлагают два орудия: 1) немедленное исповедание помыслов и мечтаний старцу и 2) немедленное обращение к Богу с теплейшей молитвой о прогнании невидимых врагов. Преподобный Кассиан говорит: завсегда наблюдай главу змия, т. е. начала помыслов, и тотчас сказывай их старцу; тогда ты научишься попирать зловредные начинания змия, когда не постыдишься открывать их, все без изъятия, твоему старцу. Этот образ борьбы с бесовскими помыслами и мечтаниями был общим для всех новоначальных иноков в цветущие времена монашества. Новоначальные, находившиеся постоянно при своих старцах, во всякое время исповедовали свои помышления, как это можно видеть из жития преподобного Досифея, а новоначальные, приходившие к старцу своему в известное время, исповедовали помышления однажды в день, вечером, как это можно видеть из «Лествицы» и других Отеческих книг. Исповедание своих помыслов и руководство советом духоносного старца древние иноки признавали необходимостию, без которой невозможно спастись… Наставления духоносного старца постоянно ведут новоначального инока по пути евангельских заповедей, и ничто так не разобщает его с грехом и началом греха — демоном, как постоянное и усильное исповедание греха в самих его началах. Такое исповедание уставляет между человеком и демоном спасительную для человека непримиримую вражду. Такое исповедание, уничтожая двоедушие или колебание между любовию к Богу и любовию к греху, дает благому произволению необыкновенную силу, а потому преуспеянию инока необыкновенную быстроту, в чем можно убедиться опять из жития преподобного Досифея. Те иноки, которые не могли действовать против греха постоянною и учащенною исповедию греховных помыслов по неимению старца, действовали против него постоянною и учащенною молитвою»