Однако его замысел с самого начала был построен на противоречии. Скованный натуралистической теорией, он противопоставлял социальное научному, отказывался от суждений и выводов, но вместе с тем вынужден был сразу же определить свою идейную позицию. Думая сосредоточиться на коллизиях наследственности, он оказался захвачен развернувшейся перед его глазами исторической драмой и, замышляя «историю одной семьи», одновременно замыслил «заклеймить каленым железом» ненавистный режим Второй империи, «нелепую эпоху безумия и позора», которую переживала Франция. Уже первый роман, «Карьера Ругонов» (1871), преисполнен высокого гражданского и обличительного пафоса; голос автора, республиканца и демократа, слышится за каждой строчкой этого романа и не смолкает на протяжении всего громадного цикла даже там, где больше всего сказался натурализм Золя. «Ругон-Маккары» — это столько же серия «научных» романов, сколько социальная эпопея.
Золя строго придерживался принципа фактографии и с необычайным упорством и добросовестностью собирал материал для «Ругон-Маккаров». Он накапливает «человеческие документы», изучает целые горы книг, справочников, исследований по истории, физиологии, психологии, медицине; он штудирует «Происхождение видов» Дарвина, «Введение в экспериментальную медицину» Клода Бернара, составляет конспекты, делает выписки, создает предварительные наброски, планы, проспекты будущих романов. Прежде чем взяться за перо, он выезжал на место действия и скрупулезно его описывал; он начертил подробный план вымышленного города Плассана и некоторых кварталов Парижа, где развертывается ряд эпизодов; знакомился с организацией торговли на Центральном рынке и в больших магазинах, с оплатой продавцов и условиями их жизни, изучал подробности различных ремесел и профессий, быт столичных окраин и богатых особняков. Он сам спускался в шахту, беседовал с бастующими рабочими, совершил поездку на локомотиве, а: под конец жизни даже рискнул отправиться из Парижа в Версаль в неслыханном экипаже с бензиновым двигателем. Из романов Золя можно узнать, как накладывается грим на лицо актрисы и как происходила в его время биржевая игра; в них содержится громадный познавательный материал.
По первоначальному плану цикл должен был состоять из десяти томов, но впоследствии был доведен до двадцати книг. В первом романе «Карьера Ругонов» (1871) показано возникновение семьи. Ругон-Маккары поднимаются из народа. Их родоначальница, полубезумная Аделаида Фук, дочь огородника, умершего в сумасшедшем доме, выходит замуж за крестьянина Ругона, а овдовев, становится сожительницей бродяги и пьяницы Маккара. Ее законные дети от первого брака положили начало семейной липни Ругонов, которые в последующих романах серии возвышаются до класса новой буржуазии, делаются финансистами («Деньги»), политическими деятелями («Его превосходительство Эжен Ругон»), коммерсантами («Дамское счастье»), великосветскими прожигателями жизни («Добыча»). Всех их отличает передающаяся по наследству «безудержность вожделений». Незаконные дети Аделаиды основывают семейную линию Маккаров, которые хранят из поколения в поколение темные атавистические инстинкты и потомственный алкоголизм и в дальнейшем все ниже опускаются по общественной лестнице, становятся рабочими («Западня», «Жерминаль», «Человек-зверь»), крестьянами («Земля»), наемными служащими («Дамское счастье») или падают на самое дно общества («Папа»).
Новые браки, усложняющие наследственность, и превратности судьбы разбрасывают их по всем уголкам общества, и таким образом Золя добивается полноты картины.
Двойственность замысла сказалась и на композиции «Ругон-Маккаров». Чтобы завершить биологическую историю семьи, Золя достаточно было образа ученого Паскаля, который, после многолетних трудов, составил генеалогическое древо этой семьи (в графическом изображении оно обычно прилагается к роману «Доктор Паскаль», 1893). Но социальная история эпохи требовала иного финала. Начиная работу в 1868 году, Золя еще сам его не знал, но едва он окончил первый роман, рисующий воцарение бонапартизма, как история сама дала ему необходимую развязку: рухнула Вторая империя, то есть произошло именно то, что предсказывалось всей логикой литературного замысла Золя. Поэтому истинным завершением цикла «Ругон-Маккары» является не «Доктор Паскаль», а вышедший за год до него роман «Разгром», рисующий военную катастрофу при Седане в 1870 году, падение Империи и события Парижской коммуны.
