Общее руководство оперативной деятельностью местных охранных отделений и жандармских управлений осуществлял Особый отдел Департамента полиции МВД.
Революционные события 1905–1907 гг. послужили причиной появления новых структурных единиц в системе органов политического сыска. 14 декабря 1906 г. министром внутренних дел было утверждено «Положение о районных охранных отделениях». Создание отделений преследовало цель объединить усилия всех местных учреждений политического сыска. Кроме того, предполагалось, что районные охранные отделения в географическом плане будут работать параллельно наиболее крупным революционными организациям Поволжья, Северного Кавказа и других регионов страны. Первоначально было создано восемь районных отделений, сферой деятельности каждого из которых было несколько губерний.
В новом «Положении об охранных отделениях», появившемся 9 февраля 1907 г., было подтверждено, что кроме Департамента полиции и начальников районных отделений никто не может вмешиваться в вопросы ведения ими оперативно-розыскной работы.
Повышение эффективности деятельности органов политического сыска за счет проведенных преобразований привело, в сочетании с другими мероприятиями правительства, к значительному спаду революционного и общественного движения в 1907–1911 гг. В этих условиях Министерство внутренних дел проводит очередную реорганизацию органов политического сыска. В течение 1911–1913 гг. ликвидируется значительная часть местных охранных отделений, а их штаты переводятся в соответствующие губернские жандармские управления. Охранные отделения остаются только в Санкт-Петербурге, Москве и Харькове.
В феврале 1914 г. по решению товарища (заместителя) министра внутренних дел В. Ф. Джунковского, слабо обоснованному и во многом субъективно мотивированному, началась очередная реформа системы политического розыска. С целью уничтожения «привилегированного» положения головного аппарата политического розыска — Особого отдела, он был переименован в 9-е делопроизводство и несколько сокращен его личный состав. «Злой гений» политической полиции (В. Джунковский) смог убедить правительство упразднить большинство районных охранных отделений, якобы с целью повышения уровня централизации управления всей системой розыскных подразделений. Как показали последующие события, эти меры отрицательно сказались на борьбе с антиправительственными элементами в преддверии Первой мировой войны. Руководство МВД, как и военного ведомства полагали, что даже если война неизбежна, то она будет относительно скоротечной и не приведет к резкому обострению обстановки внутри страны. Только в сентябре 1916 г., за несколько месяцев до Февральской революции, Особый отдел восстановили и увеличили его штатную численность до 100 человек. Он стал самым многочисленным из всех структурных подразделений Департамента полиции. Однако, поднять в короткий срок уровень оперативной работы не удалось. Вот, что писал сразу после Февральской революции последний руководитель Особого отдела И. П. Васильев: «Главнейшая роль Особого отдела в последнее время была информационная в отношении местных розыскных органов. Собственной инициативы у отдела почти не было, если не считать обязанности инструктирования розыскных органов в смысле преподания (так в документе. — А. З.) чисто технических указаний. В остальном он являлся канцелярией по восполнению (так в документе. — А. З.) резолюций и распоряжений начальства...»
К 1917 г. в Российской империи насчитывалось 75 губернских и областных жандармских управлений, 33 жандармско-полицейских управления железных дорог, а также более двух десятков жандармских дивизионов и команд. Общая численность Отдельного корпуса жандармов составляла на конец 1916 г. 14 667 чел.
Информация органов политического сыска о критической ситуации в стране не находила должного отклика в правительстве и придворных кругах. В конце февраля 1917 г. самодержавный режим рухнул, а пришедшее к власти Временное правительство одним из первых своих решений ликвидировало в начале марта Департамент полиции МВД, Отдельный корпус жандармов и подчиненные им органы. Полноценной замены создано не было, что, в свою очередь, явилось одной из предпосылок скорого краха самого Временного правительства в октябре 1917 г.
