Однако при всей определенности решения проблемы происхождения нефти в общем все же оставался ряд крупных невыясненных вопросов: во-первых, каким был механизм преобразования органического вещества в нефть, во-вторых, какие факторы вызывали развитие этих процессов и, в-третьих, почему при изучении современных ископаемых осадков не удается обнаружить начало образования углеводородов. Ввиду неразрешенности этих вопросов нельзя было установить диагностические признаки толщ, которые генерировали нефть и, следовательно, нельзя было использовать указанные Теоретические разработки для прогнозирования перспектив нефтегазоносности регионов.
Правда, в процессе исследований современных осадков удалось ответить на один из перечисленных вопросов. Так, в частности, советские химики под руководством Т. Л. Гинзбург-Карагичевой в 1934 году обнаружили углеводороды в современных илах Черного моря. К сожалению, это открытие не привлекло внимание исследователей, вследствие чего в вопросах и об источниках углеводородов, и о механизме их образования не было полного единодушия.
Большая группа американских ученых, под руководством Ж. М. Небеля проводившая исследования по специальной программе Нефтяного института США, пришла к выводу, что исходные углеводороды нефти синтезируются при процессах метаболизма, протекающих в растительных организмах (как морских, так и наземных), а концентрация и отбор этих углеводородов происходят в осадках по мере их погружения.
Были предприняты попытки возродить представления об образовании нефти из растительных организмов. В 1932 году американский химик К. Хэкфорд, проведя серию экспериментов, пришел к выводу о том, что нефть образуется из морских водорослей в результате кислотного гидролиза при низкой температуре, а в 1933 году немецкий исследователь Э. Берль также на основании опытов пришел к выводу, что нефть образуется из целлюлозы.
Советский геолог В. Б. Порфирьев в работах, опубликованных в начале сороковых годов, считал исходным веществом для образования нефти углеводы растительных остатков. Однако в конце этого же десятилетия он утверждал, что исходным материалом для образования нефти могут быть любые органические вещества как растительного, так и животного происхождения при обязательных условиях: накоплении этих веществ в гомогенной форме (подобно торфу) и прогреве до температуры порядка 300-500 °С. В результате образуется промежуточная гомогенная асфальтоподобная масса. В пятидесятые годы В. Б. Порфирьев от этих представлений отказался.
Американский исследователь У. А. Селвиг в 1950 году обратил внимание на то, что смолистые компоненты в нефтях формируются за счет лигнита в результате микробиальных процессов и бомбардировки альфа-частицами. Другой американский ученый К. С. Корбетт в 1955 году подсчитал, что ежегодно в мире реки вносят в океаны и моря около 137 млн. т органических веществ, которые могут служить источником для образования нефти.
В 1947 году американский микробиолог К. Е. Цо-Белл писал, что микробиальные процессы способствуют преобразованию органического вещества в нефть, так как в результате их жизнедеятельности образуется свободный водород.
В целом же в рассматриваемый этап господствовали представления об органическом происхождении нефти, и лишь отдельные авторы пытались отстаивать предположения о неорганическом ее происхождении. В США в 1940 году Е. Мак-Дермот опубликовал статью об образований залежей нефти из углеводородных газов, поднимающихся с больших глубин. Эта статья вызвала целую дискуссию в Американской ассоциации нефтяных геологов, причем точка зрения Е. Мак-Дермота не получила поддержки. В 1948 году американский геолог К. Ван-Остранд пытался возродить предположение В. Д. Соколова, но также не был поддержан ни одним из геологов-нефтяников.
Несмотря на единомыслие, установившееся в отношении источников образования нефти к концу рассматриваемого периода, к 1951 году в теории нефтегазовой геологии назрел своеобразный кризис, обусловленный двумя главными причинами. Во-первых, критерии, которые были установлены для нефтепроизводящих толщ в традиционно нефтеносных регионах (в СССР - на Кавказе, в США - в Пенсильвании), оказались непригодными для новых регионов (в СССР - для Волго-Уральской области, в США - для новых областей), во-вторых, не удавалось обнаружить углеводороды ни в современных, ни в более древних осадках, в связи с чем не было однозначных критериев нефтегазопроизводящих пород.
