В отчаянии физики решили снова обратиться за поддержкой к Рузвельту. 7 марта и 25 апреля 1940 года все тот же Сакс передал президенту один за другим два новых письма Эйнштейна. В первом содержалось предостережение: «…интерес к урановой проблеме в Германии возрос», а во втором развивалась мысль о специальном правительственном органе, который мог бы самостоятельно решать все практические проблемы, связанные с работой над атомной бомбой.
Развертывавшаяся в Европе война побуждала правительство США к более активным действиям в решении судьбы атомного проекта. Захват немцами Швеции и Дании, неожиданный для всего мира быстрый — всего за 44 дня — разгром Франции, эвакуация английских войск, оставивших под Дюнкерком всю тяжелую боевую технику, в Великобританию — все эти события сделали Гитлера полным хозяином в Западной Европе. В Вашингтоне все более осознавали возраставшую опасность фашистской агрессии и для Соединенных Штатов. Началась перестройка промышленности для военных нужд, усиливались вооруженные силы. Большое внимание уделялось проблемам достижения военно-технического превосходства над Германией. Знали, что «германский сумрачный гений» мог подготовить самые жестокие сюрпризы в области военной техники.
27 июня 1940 года Рузвельт назначает д-ра В. Буша, президента Института Карнеги, руководителем всей правительственной программы научно-исследовательских работ в целях обороны. Атомная проблема переходила в компетенцию Национального комитета по научным исследованиям в целях обороны (НКНС) во главе с В. Бушем. Теперь уже комитету надлежало вести диалог с учеными, которые первыми забили тревогу: Сциллардом, Ферми, Вигнером и Геллером.
На первых порах без осложнений налаживались связи с Англией. В Лондоне после поражения Франции весьма пессимистично смотрели на шансы английской науки в самостоятельном решении задачи, сформулированной в Меморандуме Фриша — Пайерлса. Отвлечение сил и средств на решение повседневных обширных задач обороны делало невозможной организацию крупномасштабных работ по созданию атомной бомбы. 8 июля 1940 года британский посол в США лорд Лотиан в письме Рузвельту уведомил его о готовности своего правительства поделиться с американцами военными секретами. Англичане рассчитывали, что Соединенные Штаты возьмут на себя все расходы по развертыванию лабораторной и промышленной базы проекта.
В Вашингтоне откликнулись без промедления. Состоялся обмен группами ученых. В сентябре 1940 года Генри Тизард во главе английской делегации появляется в США, а в феврале 1941 года в Англию отправляется д-р Джеймс Конант, ректор Гарвардского университета, незадолго до этого ставший заместителем В. Буша. Англичане знакомят Буша и Конанта с содержанием Меморандума Фриша — Пайерлса, и американцы узнают, что для создания атомной бомбы потребуются не тонны, а всего лишь от 5 до 10 килограммов обогащенного урана и что при условии исправного финансирования и снабжения сырьем сроки ее создания могут сократиться до двух лет.
Участие англичан и уверенность Буша в том, что создание атомной бомбы по плечу науке и промышленности США, находят понимание в администрации президента. В Вашингтоне и Лондоне учреждают специальные представительства обеих сторон в целях обмена научно-технической информацией, имеющей оборонное значение. А в июне 1941 года американцы получают копию секретного «Доклада подкомиссии Томсона об использовании урана для производства атомной бомбы». Знакомство с этим докладом сокращает американцам поисковую стадию работ по атомной бомбе, дав довольно четкое представление об общем их объеме, перспективе и о многих важных условиях научно-технического обеспечения. Буш и его единомышленники в НКНС получают еще один довод в пользу форсирования работ. Гитлеровская агрессия против СССР резко ускоряет их ход. Решено действовать, не упуская ни одного дня. Темп и ритм подготовительных мероприятий возрастают многократно.
В июне 1941 года было образовано Управление по руководству научно-исследовательской деятельностью с большими правами и полномочиями. Его возглавил В. Буш. НКНС входит во вновь сформированное управление. Было решено, что руководство работами по созданию атомного оружия возьмет на себя особо засекреченный отдел управления — Секция I. Никто не знал о ее существовании, за исключением вице-президента Г. Уоллеса, В. Буша, Д. Конанта, военного министра Г. Стимсона и начальника штаба армии генерала Д. Маршалла. Они составили так называемый Политический комитет, занятый вопросами общей стратегии правительства в сфере использования атомной энергии в военных целях. Генри Уоллес был его председателем номинально — генеральную линию его деятельности определяли президент Рузвельт и его специальный помощник Гарри Гопкинс. Все основные решения «атомного дела» были приняты на чрезвычайно важной встрече Рузвельта, Уоллеса и Буша 9 октября 1941 года.