Преосвященный Иеремия, сам хорошо знавший и полюбивший отца Феофана еще в академии, всячески содействовал новому ректору, особенно в первое время его самостоятельной деятельности. Иеромонаху Феофану было поручено преподавание латинского языка в высшем отделении этого училища. По словам жизнеописателей, отец Феофан был замечательным педагогом и добивался великолепных результатов. Достигалось это путем умелого сочетания учебного процесса с нравственным и религиозным воспитанием. Благочестие, высокую нравственность, хорошее поведение он ценил не ниже, чем образование, если не выше.
Особенно же иеромонах Феофан заботился о религиозном воспитании детей: он давал им читать книги религиозно–нравственной тематики, преимущественно жития святых, объяснял перед литургией праздничные и воскресные Евангелия и апостольские чтения, развивал любовь к молитве и храму Божию, сам благоговейно совершал церковные богослужения, побуждал детей петь и читать в церкви. Отец Феофан считал, что развитие церковности в воспитании детей является лучшим средством к духовному росту. «Самое действительное средство к воспитанию истинного вкуса в сердце есть церковность, в которой неисходно должны быть содержимы воспитываемые дети. Церковность, духовное пение, иконы — первые, изящнейшие предметы по содержанию и по силе» [9, с. 41].
В основу своей воспитательской деятельности отец Феофан поставил тот принцип, который и ныне многими сознается, но отнюдь не многими осуществляется на деле: христианскую любовь. «Полюбите детей, и они вас полюбят, — обыкновенно говорил новый начальник учителям, что и после советовал делать наставникам, когда в подобных случаях обращались к нему за советом, как к опытному христианскому педагогу» [201, с. 29].
За ревностное исполнение своих обязанностей иеромонах Феофан удостоился благословения Святейшего Синода.
Молодой ректор находился в добрых отношениях со своими прежними учителями и с лаврскими иноками, особенно со старцем Парфением, которого почитал как отца. Под руководством киевских опытных старцев и ученых духовных руководителей иеромонах Феофан занялся изучением творений святых отцов. С этого времени практическое и научное изучение аскетической письменности стало делом всей его жизни.
Но недолго трудился отец Феофан в Киевском духовном училище. Вскоре последовали новые назначения. В конце 1842 года он был перемещен в Новгородскую духовную семинарию на должность инспектора и преподавателя психологии и логики.
Новое назначение позволило отцу Феофану использовать опыт, накопленный в Киево–Софиевском училище, развить и углубить сформировавшиеся в период ректорства взгляды на построение учебно–воспитательного процесса. Молодой инспектор, убежденный, что Православная Церковь со своими возвышенными и назидательными священнодействиями есть лучшая воспитательница, старался держать учащихся вблизи Церкви и под ее благодатным влиянием. Чтобы разумно наполнить досуг воспитанников и предохранить их от праздности, инспектор располагал их к физическому труду: к столярному и переплетному ремеслу, к занятиям живописью. В летнее время он иногда предпринимал с юношами продолжительные загородные прогулки, предоставляя воспитанникам возможность отдохнуть от утомительных умственных занятий.
На уроках психологии отец Феофан старался дать воспитанникам истинное представление о самосознании. Он учил, что каждый должен видеть и свое человеческое достоинство, и свои нравственные недостатки. Такое самосознание достигается христианином только в благодатном состоянии. Он напоминал, что душа предназначена к исполнению воли Божией, что христианин всеми способами должен избавляться от греховных, чувственных похотей и подвизаться в добродетелях, следовать заповедям Божиим и внушениям живущего в нем Святого Духа. «О самих явлениях и силах души Феофан сообщал довольно обширные сведения, руководствуясь, с одной стороны, сведениями философов и другими научными данными, а с другой — словом Божиим, писаниями святых отцов и собственными наблюдениями» [201, с. 51].
В то же время он старался установить в юных душах правильный взгляд на соотношение науки и религии, знания и веры, старался определить истинное место и значение человеческой мудрости. «Воспитание, — писал впоследствии святитель Феофан, — из всех дел самое святое. Надо так расположить дух учеников, чтобы у них не погасло убеждение, что главное у нас дело есть богоугождение, а научность есть придаточное качество, случайность, годная только на время настоящей жизни. Должно быть поставлено непреложным законом, чтобы всякая преподаваемая христианину наука была пропитана началами христианскими, и притом православными» [9, с. 44].
