В исполнении должности ректора семинарии архимандриту Феофану предстояло много дел и хлопот. Из‑за отсутствия преосвященного Аркадия на отца Феофана были возложены не только все дела по семинарии и духовному училищу, но и многие епархиальные.
Олонецкая духовная семинария в это время была еще совершенно неустроена, даже не имела своего здания. Об этом сообщает архимандрит Феофан в письме к одному из своих друзей: «Семинарии у нас нет. По праву сильного живем в корпусе, купленном для училища, а оно на квартире. Бурса семинарская тоже на квартире, — что весьма–весьма неудобно. Но что делать? Скоро, может быть, изыдет определение — строиться. Вы не можете вообразить, какие тут во всем неудобства» [167, с. 14].
Архимандрит Феофан, по поручению начальства, должен был заниматься организацией строительства здания для семинарии. Исполняя это поручение, он выбирает место для семинарского корпуса, составляет с архитектором план здания, нанимает подрядчиков, сам лично наблюдает за работами. «Прошедшая неделя, — пишет отец Феофан, — вся прошла в соображениях по плану семинарии. Г. Тухтаров решается наконец удовлетворить нашей нужде: привез план места и прежний эскиз здания, чтоб мы снова пересмотрели все и полнее рассказали, что и как нужно. Когда окончательно установились наши мысли, я начертал все карандашом с некоторыми пояснениями, пересмотрел все со своими и отвез к архитектору. К середине или четвергу следующей недели (5–й) он обещал набросать свой черновой эскиз всего и приехать к нам для новых совещаний» [126, с. 98].
Кроме постройки здания семинарии архимандрит Феофан много хлопотал относительно устройства Свирского духовного училища, которое было очень ветхо. Отец Феофан осмотрел его и нашел, что ремонтировать не имеет смысла, а следует ходатайствовать о том, чтобы отыскать новое здание, а пока перевести училище в частный дом. Он донес обо всем этом преосвященному Аркадию и потом с его согласия стал подыскивать для училища подходящий дом. Он нашел его на Лодейном поле и снял в аренду за 100 рублей в год на несколько лет, до устройства казенного здания.
Однако главной заботой, отвечающей высоким стремлениям души отца Феофана, было воспитание учащихся Олонецкой семинарии. Все силы он употребил на то, чтобы должным образом руководить вверенными его попечению юношами, стараясь, с одной стороны, предохранить их от свойственных юношескому возрасту опасностей и увлечений, а с другой — развить хорошие наклонности и внедрить добрые навыки, чтобы воспитанники по окончании курса семинарии были полезными членами Церкви и сынами своего Отечества.
Прежде всего он старался возбудить и укрепить в воспитанниках религиозность. Он внушал им любовь к храму и богослужению, прививал усердие к молитве, постам и другим церковным установлениям. В воскресные и праздничные дни он сам совершал богослужение, побуждая учеников участвовать в нем молитвами, чтением и пением на клиросе. При этом отец Феофан часто говорил в семинарском храме поучения об истинах веры и благочестия. Непременно присутствовал он на утренних и вечерних молитвах в семинарии, усердно молясь с юношами и тем подавая им пример.
Большое внимание обращал архимандрит Феофан на внеклассное чтение, причем советовал воспитанникам читать больше книг религиозно–нравственного содержания; впрочем, позволял читать произведения и светского содержания, но такие, которые не противоречат православно–христианскому учению.
Чтобы воспитанники в свободное от занятий время не находились в праздности, отец Феофан ввел в семинарии класс рисования и иконописи. Желающих учиться рисованию нашлось много, и для них он отвел особую комнату и сам руководил занятиями. «Имею надежду, — писал архимандрит Феофан архипастырю, — выучить несколько учеников рисованию без особых по сему хлопот. Оказалось, что есть жаркие охотники, и трое уже рисуют самоучкою, — один из высшего отделения копирует исправно. Я определил им заниматься, кроме свободных часов, форменно заниматься, под надзором сего ученика; в четверток после обеда переведем всех их (12 уч.) в отдельную комнату. Руководить буду сам, сколько рею» [126, с. 80].
