Агенты ОГПУ следили за каждым шагом д’Арбиньи, о чем он и не подозревал, но им приказано было ничего не предпринимать, пока у них не будет столько неопровержимых улик, что д’Арбиньи можно будет убрать со сцены одним росчерком пера, не раздражая при этом союзные Ватикану католические страны. И вот однажды спецслужбы сочли, что имеющихся у них улик достаточно. Виза агенту Священного Альянса была выдана до 4 сентября 1926 года. 28 августа д’Арбиньи обратился в полицейкий комиссариат с просьбой о продлении визы и разрешении въехать на Украину.
Власти продлили д’Арбиньи визу до 12 сентября и объявили ему, что рассмотрят его просьбу о разрешении поехать на Украину. А через три дня четверо агентов ОГПУ явились к нему в гостиницу и сообщили, что он объявлен персоной нон грата и, следовательно, его дальнейшее пребывание в России нежелательно. Ему немедленно вернули паспорт и препроводили поездом до границы с Финляндией. Оттуда он направился в Ватикан, чтобы доложить обо всем папе Пию XI.
А Неве ждал д’Арбиньи в Москве, но тот так и не появился. Тогда Неве решил отправиться в церковь Сен-Луи де Франсез и отслужить утреннюю мессу. Посреди церемонии двери храма открылись и вошел какой-то человек, по виду рабочий. Он приблизился к епископу, вручил ему сверток, в котором были деньги и одежда, и сказал: «Это от Священного Альянса. И пусть теперь Господь защитит вас и поможет вам в вашем деле». Повернувшись, этот человек исчез так же неожиданно, как и появился. Тогда Неве понял, что теперь он и его сеть «подпольщиков» остались одни. Им больше не стоит рассчитывать на помощь ни папы, ни Священного Альянса — никого, кроме Бога.
Советские власти начали систематическое разоблачение иерархической католической структуры в России. Рост масштабов преследований позволил Ватикану и Священному Альянсу получить некоторое представление о политике, которую собирался проводить новый советский лидер, Иосиф Сталин, который после смерти Ленина стал самым сильным человеком в Советском Союзе.
Сталин утверждал, что надежность стратегического положения Советского Союза, которую обеспечивали ему его военный и экономический потенциал, могла противопоставить Москву капиталистическому миру, а одним из основных представителей этого мира был для Сталина Ватикан, то есть католическая церковь. Для марксистов-ленинистов «папство представляло собой заговорщика, а его священники содействовали распространению заговора по всему миру. Ватикан являлся союзником антикоммунистических сил, готовых разрушить уклад жизни России». Сталин стремился распространить коммунистические идеи по всему миру. Возможно, именно поэтому Ватикан и подписал в 1933 году, в понтификат Пия XI, договоры с двумя наиболее антикоммунистическими режимами — фашистской Италией и нацистской Германией.
Совершенно очевидно, что с точки зрения советского лидера русские католики являлись потенциальными диверсантами. ОГПУ уже представляло ему доклады, не оставлявшие сомнений в намерении агентурных служб Ватикана создать на территории Советского Союза подпольную сеть католических священников.
За несколько недель до выдворения из страны Мишеля д’Арбиньи, 15 октября 1926 года, Совет Министров принял резолюцию, которая запрещала иностранцам проповедовать какую бы то ни было религию. Монсеньор Винсент Ильин, которого д’Арбиньи тайно назначил апостольским администратором Кракова, был арестован только за то, что нес в руках иностранные газеты. Через несколько месяцев монсеньор Слосканс, который в ноябре 1926 года публично объявил о своем статусе в католической церковной иерархии, был арестован по обвинению в шпионаже и приговорен к каторжным работам в Сибири. Еще через неделю епископ Теофил Матулёнис также был арестован и, вслед за Слоскансом, сослан к Полярному кругу. В феврале 1929 года арестовали епископов Малецкого и Фрисона, а под все католические храмы по приказу Сталина заложили заряды динамита.
Подсчитано, что в 1924 году, перед смертью Ленина, в Советском Союзе действовали около двух сотен католических священнослужителей, в 1936 году — только пятьдесят, в 1937 году — десять, а еще через год их осталось всего двое.