Теперь власть императора была всецело признана по всей Германии. Однако все его попытки прийти к соглашению с церковью были тщетны. После смерти Урбана папой под именем Пасхалия II был избран в августе 1099 года кардинал-пресвитер Райнер (Раньеро), решительный сторонник реформаторских идей. К примирению с Генрихом он не был готов даже после смерти антипапы Виберта (ум. 1100). На синоде в 1102 году он снова отлучил императора от церкви.
Генрих вынужден был признать, что без примирения с курией продолжительный мир в Германии невозможен. Поэтому на рейхстаге в Майнце (1103 год) он заявил, что хочет принять участие в крестовом походе в Иерусалим, если будет отменено его отлучение от церкви. Всеобщая амнистия и имперский мир, которые он тут же провозгласил, должны были служить подготовке этого похода. Объявив имперский мир, император возобновил то миротворческое движение, которому он содействовал Манцским земским миром 1085 года и которое тем временем было еще прочнее закреплено местными мирными договоренностями в Германии. В отличие от прежнего Божьего мира, который запрещал военные действия только в определенные периоды года и дни, имперский мир должен был продлиться четыре года. Такая мирная политика императора была прежде всего на пользу социально незащищенным слоям народа. Помимо этого, усилению имперской власти должно было служить расширение права высшей юрисдикции за счет королевского банна>{37}. Но тем самым император все больше противопоставлял себя знати, задевая такими мерами ее междоусобные счеты.
Этим противостоянием объясняется также последнее крупное повстанческое движение, которое было связано с изменой императорского сына Генриха. Поводом для этого восстания стал конфликт, который возник во время пребывания молодого короля в Регенсбурге в начале 1104 года. Граф Зигехард фон Бургхаузен, который по одному спорному делу вынес своим министериалам неблагоприятный для них приговор, был убит ими и горожанами. Император не наказал виновных, и среди знати стало расти недовольство. Во время похода Генриха IV в Саксонию молодой Генрих V в конце года тайно покинул войско, отправился в Баварию и тем самым вынудил императора вернуться. Объяснение причины этой измены тем, что ему было запрещено общаться с отлученным от церкви отцом, было всего лишь отговоркой. Действительная причина его поведения заключалась, скорее всего, в следующем: он боялся, что политика его отца может оттолкнуть от королевского дома знать и князей, не принеся при этом и примирения с курией. Все попытки отца переубедить его были тщетными. Генрих V вел себя как приверженец делу церкви и в начале 1105 года добился освобождения себя от клятвы верности, данной отцу, не отказавшись при этом от права инвеституры. Восстание быстро распространилось также в Саксонии и Тюрингии, но по военной силе Генрих IV все еще превосходил своего сына. В октябре 1105 года они встретились под Регенсбургом. Генриху V удалось склонить часть императорского войска к измене и тем самым предотвратить сражение. Тогда император был вынужден вернуться на средний Рейн и затем в Кёльн.
На рейхстаге, который Генрих V созвал на Рождество 1105 года в Майнце, этот конфликт должен был разрешиться в присутствии папских легатов. Император был намерен лично отстаивать здесь свое право и отправился из Кёльна на юг. Чтобы воспрепятствовать появлению отца перед князьями, Генрих V выступил ему навстречу. Гарантировав свободный проезд, он сумел обмануть императора, заключить его под стражу в замке Бёккельхейм и вынудить передать имперские регалии. Выразив внешнюю готовность покаяться и отказавшись от трона, император надеялся на встрече с князьями и папскими легатами в Ингельхейме добиться сначала отпущения грехов. Требование принести публичное покаяние он, однако, отклонил. Поэтому он продолжал оставаться под арестом в Ингельхейме, в то время как его сын, после мнимо добровольного отказа отца от трона, был признан на Майнцском рейхстаге в начале 1106 года королем.
То, что даже теперь Генрих IV не отказался от борьбы за трон, было в характере его стойкой натуры. Ему удалось бежать из Ингельхейма в Кёльн и в конце концов найти прибежище в Льеже. Нижнелотарингский герцог Генрих I, граф Готфрид Намурский и епископ Отберт Льежский (Люттихский) хранили ему верность. Он также вошел в сношения с Филиппом Французским. Мощная поддержка, которую император получил в Нижней Лотарингии, вынудила Генриха V отправиться туда, чтобы напасть на Льеж. Но нападение на город не увенчалось успехом. В Чистый четверг 1106 года его войска были полностью разгромлены у моста на реке Маас под Визе. Новое вооруженное столкновение казалось неизбежным, как вдруг 7 июля 1106 Генрих IV умер в Льеже. На смертном одре он высказал желание быть похороненным в соборе города Шпейера, рядом со своими предками, и его тело было туда перевезено. Однако саркофаг все еще отлученного от церкви императора стоял здесь в течение пяти лет в неосвященной капелле, пока не обрел, наконец, место захоронения в соборном склепе.
