Возникает желание объяснить монастырскую реформу Генриха влиянием Клюни. Монастырь Клюни, возглавленный его первым аббатом Берноном, был учрежден в 910 году во французском герцогстве Бургундия Вильгельмом Аквитанским. При своем втором аббате, Одоне (927–942), и еще больше — при четвертом аббате, Майолусе (Майёле) (954–994), Клюни сделался центром широкого реформаторского движения в традиции Бенедикта Анианского. Свободный от вмешательства всех светских властей и руководителя своего диоцеза, подчиненный только папе, клюнийский аббат был главой собственной конгрегации: реформированные им монастыри подчинялись ему с различной степенью зависимости, в соответствии с их величиной. «Consuetudines» («обычаи»), до мелочей определявшие распорядок дня монахов в литургической части, давали и внутреннюю стойкость, которая требовалась в эти неспокойные, устремленные к преобразованиям времена, и сплоченность ради внешней защиты от постоянной угрозы грабежей. Выдающиеся личности первых аббатов сообщили Клюни власть, выходящую за пределы монастырской сферы. Длительные сроки их правления придали последнему стабильность, которой недоставало другим правящим силам. Биограф Одилона сообщает, что Генрих II был весьма расположен к аббату Одилону (994–1048) и охотно следовал его советам. Оба они были едины в стремлении сохранить монастыри в их первичном предназначении. Однако реформа в Германии шла своим собственным путем. О воздействии Клюни на Генриха или его аббатов говорить не приходится: решающее участие в обновлении принимали епископы — им были подчинены монастыри, об освобождении которых от епархиального подчинения, как и об образовании конгрегации или ликвидации фогтства, не было и речи. Хотя Ришар, аббат монастыря св. Ванна в Вердене (1004–1046), в течение короткого времени пребывал в Клюни, исходившая от него монастырская реформа в Северной Франции, Фландрии, Верхней и Нижней Лотарингии обнаруживает лишь немногие следы клюнийского влияния. Его тоже заботили состояние имущества монастырей и монастырское строительство. Материальное благосостояние должно было способствовать истинной службе Богу. Распространением этого движения он был обязан поддержке епископов Лотарингии, обоих ее герцогов и графов Фландрии и Геннегау. В 1020 году Генрих II назначил аббатом монастырей Ставло и Мальмеди соратника Ришара — Поппона из монастыря св. Ведаста. Поппон вынужден был силой добиться там признания. Подобное же противодействие оказали ему и монахи монастыря св. Максимина в Трире, который он принял в 1024 году: здесь тоже хотели сохранить старые порядки, не соответствовавшие духу этого второго лотарингского обновленческого, движения. Доступа в империю реформа ко времени Генриха II еще не нашла.
Епископы были для Генриха, как и для Оттона, надежной опорой его власти. Как их покровитель он возглавляет ряд синодов и имеет существенное влияние на принимаемые там постановления, даже на решения по вопросам церковного культа. Он назначает епископов даже вопреки отличному от его воли предложению капитула, и при подтверждении старых привилегий он ограничивает капитул в свободе выбора. Генрих первым последовательно укреплял имперскую церковь теми, кто проявил себя службой при дворе. Как и в Италии, он охотно назначал в Германии главами епархий епископов, вышедших из других регионов: так, баварец Тагинон становится архиепископом Магдебурга. Как и многие другие, он вышел из королевской капеллы, да и должность канцлера являлась ступенью к епископату. В 1009 году богатый Мейнверк поддерживает бедный Падерборн тем, что уступает ему свое владение; то же самое вынужден был обещать состоятельный Титмар в отношении Мерзебурга (1009 год). В 1013 году Унван Бременский уступает королю треть своего состояния, которую король дарит Падерборну. Богатый Люттих (Льеж) в 1021 году поддержал духовное лицо самого низшего статуса, чтобы оно смогло стать епископом. То же сделал и Эйхштетт в 1014 году. Оба назначенных тогда иерарха вышли из бамбергерского клира, так же как баварец Пильгрим Кёльнский (1021 год) и Поппон Трирский (1016 год). Камбрей, относившийся к Реймской архиепархии и охватывавший своей деятельностью подвластную Франции и франкоговорящую область, был передан знатному лотарингцу Герхарду, который воспитывался в Реймсе и был королевским капелланом.
