Сам Данзо был одним из тех, кому Орочимару пытался дать способности одного из основателей деревни. Но чакра Третьего изначально не имела природу Воды и Земли, поэтому Третий тоже мог потерять контроль над телом. Поэтому на теле Третьего было множество печатей, а так же еще один бонус, который так тщательно скрывал Хокаге под бинтами... В случае, если руку Хокаге увидят шиноби с печатью, ничего не произойдет, а если о ней узнают генины, которые пока что не находятся под контролем Хокаге, придется прибегнуть к решительным мерам. Собственно, отделение Полиции Конохи существовало не только как отдельный военный орган управления, но и как надзор над обычными людьми, не владеющими силами шиноби, и теми ниндзя, на ком еще не стояла печать.
Не только кровный враг Первого Хокаге стал объектом исследований, но и сам Первый, а так же и Второй. Из ген вышеперечисленных шиноби Орочимару вырастил нескольких клонов, клетки которых лучше подходили для имплантации ввиду своей свежести и молодости. Тот, кого Данзо собирался назначить капитаном команды, в состав которой войдет Удзумаки, тоже являлся экспериментом Орочимару, однако незаконченным. Благодаря научным познаниям гения этот шиноби смог использовать стихию Лавы. Он обладал чакрой стихий Ветра и Огня, хоть для овладения стихии Лавы нужно было владеть Огнем и Землей.
Нельзя сказать, что будь у одного шиноби две стихии, он сможет смешать их и получить свою уникальную стихию. Нет, все определялось особенностями организма. Существовал такой термин как Улучшенный Геном. Суть его проявлялась в особых способностях шиноби, не обязательно во владении особой стихией, но и в додзюцу, особой силе глаз, которой обладали только два избранных клана - клан Хьюга и клан Учиха, либо в других способностях, которыми владели разные кланы, передавая свои знания и силы из поколения в поколение. Улучшенная стихия была особой редкостью, так как нечасто появлялся на свет человек, способный не только с рождения владеть сразу двумя стихиями, разделять свою чакру на два потока, а потом смешивать. Исконными владельцами этой способности в Конохе были только Хаширама Сенджу и Учиха Изуна. Поэтому чтобы привить кому-то особые свойства, нужно было пересадить ему участок кожи другого человека или глаз в случае передачи сил додзюцу.
По годам работы с телами подопытных помощник Третьего знал, что усвоение чужих клеток зависит от особенностей этого организма и его Системы Циркуляции Чакры. Если организм не обладал ни одной из стихий, которые требовались для проявления способности Улучшенного Генома, он мог не выжить при имплантации. Если выжить удавалось, шансы удачного освоения способностей человека, чьи гены были вживлены в тело подопытного, равнялись половине. В противном случае подопытный, едва не погибший от имплантации, ничего не получал. У человека, освоившего хотя бы одну из требовавшихся стихий, шансы успеха операции резко возрастали, однако была и вероятность неудачи. Ну а полное соответствие генам по природе чакры обеспечивало отличный результат в случае удачной имплантации.
Почему так высока была смертность? Гены были сложной областью науки, почти неизученной. Некоторые клетки просто не могли существовать вместе, конфликтуя друг с другом. На примере клеток Учиха и Сенджу, которые сейчас жили в организме Третьего, не принадлежавшего ни к одному из этих кланов, было видно, как сильно это противостояние.
Помимо вживления Идеальных Клеток шиноби с улучшенным Геномом, змеиный санин создал несколько печатей, которые назвал проклятыми. Все благодаря одному шиноби, пойманном в стране Воды. Эти печати изменяли и организм хозяина, и его чакру, повышая все параметры ниндзя.
Змеиный санин не упускал возможности исследовать клетки взятых в плен шиноби или клетки погибших ниндзя других деревень, тела которых удалось схватить.
Более того, Орочимару много поработал с клетками клана Учиха. В случае гибели одного из шиноби клана Учиха в бою, тело его оказывалось на столе лаборатории Орочимару, находившейся под деревней. Если уже немолодые и не очень свежие тела времен Первого и Второго не всегда подходили для опытов, то свежие тела для Орочимару подходили больше. Из клеток клана Учиха Орочимару научился создавать искусственные шаринганы, однако работа над ними, начавшаяся много лет назад, была еще не завершена. Тем не менее, с каждым годом гений все больше приближался со своей моделью шарингана к его оригиналу. Единственное, что даже для Орочимару оставалось тайной - это риннеган.
