Японцы готовят рыбу самыми различными способами: «якимоно» (рыба, поджаренная на решетке), «нимоно» (отварная рыба), «мусимоно» (рыба, томленая на пару), «агемоно» (рыба, жареная на сковороде), «сасими» (сырая рыба, нарезанная ломтиками, причем используются только определенные, высокие сорта рыбы, главным образом «тай» с белым мясом и «магуро» с темно-красным), «намасу» (сырая рыба в смеси с овощами под уксусом).
Очень известное и любимое японцами блюдо «тэмпура» — кусочки рыбы в кляре из воды и муки, обжаренные в кипящем масле. «Тэмпура» делается не только из рыбы, но и из других морепродуктов, а также из овощей, причем разные продукты, одинаково обжаренные, подаются вместе. Может подаваться и отдельно как закуска и на рисе как «мэсимоно» (в этом случае она подается в миске «домбури» и называется «тэн-дон»).
Японцы едят в основном морскую рыбу, поскольку пресноводной в стране вылавливается немного и ценится она высоко. Особым деликатесом считается жареная речная рыба «аю» (Plecoglossus altivelis). Рыба, преимущественно сырая, входит также в состав закусок: «нигиридзуси», «норимаки» и др.
Распространенным и высокоценным блюдом являются угри «унаги». Такие специфические блюда редко готовят дома, обычно этим занимаются специализированные заведения; жареных угрей заказчику подают (или присылают) в специальных ящичках вместе с рисом («домбури» или «унаги-домбури»).
Икра разных рыб тоже используется в японской кухне. Икра лососевых — «судзуко» — употребляется как закуска, а селедочная икра — при изготовлении обязательных праздничных блюд, особенно на Новый год. В этот праздник после сакэ и супа «дзони» гостям подается «дзюдзумэ» — набор блюд в четырех, наставляемых один на другой судках-ящичках «дзюбако». В верхнем ящичке находятся «кутитори» — закуски для аппетита, во втором — «якимоно», жареные блюда, в третьем — «нимоно», вареные блюда и в четвертом — «суномоно», целые закуски и маринады (с уксусом). В «кутитори» помимо овощных закусок входит много рыбных: свежая селедочная икра, нарезанная кусочками и политая соусом; сушеные сардины, слегка прокаленные на сковороде и смоченные густым сиропообразным соусом из вареной смеси сахара и соевого соуса, и др. В «суномоно» входят свежие овощи, вымоченные в уксусе, и небольшие рыбки разных пород, обычно слабомаринованные. Икра рыбы «тай» идет на вареные блюда: она слегка проваривается в бульоне «даси» вместе с овощами — горошком в стручках или цветной капустой.
Море пополняет пищевой рацион японцев не только одной рыбой и съедобными водорослями. В пищу используются разнообразные морские животные: различные виды моллюсков, сушеных и свежих трепангов, кальмаров, осьминогов, свежих, сушеных, соленых и консервированных креветок, крабов, лангустов и др.
Моллюсков (двустворчатых и брюхоногих) едят сырыми или в вареном виде, обычно в составе других, более сложных блюд. Головоногих — кальмаров, осьминогов — едят в сыром, вареном и жареном виде, обычно как самостоятельное блюдо. Лакомством считается молодь осьминогов (5-10 см), сваренная в соусе и смазанная горчицей. Кальмаров режут на поперечные ломтики или жарят целиком, но с поперечными насечками — тогда их легко расчленить палочками. Из иглокожих кроме трепангов в пищу идут морские ежи, точнее их икра.
Множество различных видов крабов, креветок и лангустов обычно едят вареными. На Хоккайдо маленьких крабов (размером с чайное блюдце), отваренных целиком, привязывают к крышке дешевого «бэнто» (набора еды в коробке), поскольку такой краб не помещается в коробке; едят не только мясо клешней и ног, но и внутреннюю часть головогрудного отдела. Мясо крупных крабов варят, режут на кусочки, перемешивают с фигурно нарезанными корнишонами и заправляют смесью уксуса и сои.
Из сырого мяса лангустов делают закуску — «сасими». Поскольку мясо лангуста очень нежно, его не режут ножом, а разрывают руками на мелкие кусочки и промывают ледяной водой, чтобы они стали тверже. Подают их сложенными на вскрытом панцире лангуста. Красота и изящество формы лангуста, когда он подается в целом виде на тарелке, ценится столь же высоко, как и вкус.