Тем временем жизнь в уже советской Западной Белоруссии налаживалась. В родных местах Ботяна открылись педагогические курсы, которые он и закончил с отличием, сразу же получив назначение заведующим начальной школой в деревне. Через какое-то время он вступил в комсомол.
В мае 1941 года Алексей Ботян по путевке комсомола был направлен в органы НКВД.[2] Окончание разведшколы совпало с началом Великой Отечественной войны. В июле 1941 года был откомандирован в ОМСБОН. Зимой 1941 года он участвовал в битве за Москву. Вместе с однополчанами занимался минированием дорог в районе Яхромы, а 7 ноября в день знаменитого парада на Красной площади, он со своим взводом нес дежурство в Колонном зале Дома союзов.
В конце 1942 года была организована для заброски в тыл немецких войск оперативная группа 4-го Управления НКВД из 10 человек — девять разведчиков и радист. В эту группу под командованием капитана пограничных войск НКВД Пигушина был зачислен и Алексей Ботян. Вместе с такими же группами Петра Перминова и Виктора Карасева их переправили в январе 1943 года под Старую Руссу (Новгородская область) для перехода линии фронта.
В первый раз перейти линию фронта не удалось. Фронтовая разведка наткнулась на немецкие посты. Довелось советским бойцам попасть и под сильную немецкую бомбежку, но никто не пострадал. На вторую ночь в немецкой обороне была найдена брешь, и бойцы опергруппы спокойно, без боя, прошли через немецкие заграждения. Остановились отдохнуть в ближайшей деревне, но когда местные жители рассказали, что немцы с утра уже побывали здесь, чекисты двинулись в путь и, пройдя лесами, оказались на территории, занятой партизанскими отрядами. В бои омсбоновцы не ввязывались. Их ждало особое задание. Они должны были проникнуть на Украину, где (в отличие от оккупированной территории РСФСР и Белоруссии) еще не было массового партизанского движения, особенно в южной части. Советские разведывательные группы, забрасывавшиеся на Украину в 1942 году, захватывались немцами почти сразу же, при активной помощи местного населения. Этому способствовала соответствующая политика немецких оккупационных властей, которые до поры заигрывали с украинскими националистами, пленных красноармейцев-украинцев в начале войны отпускали домой.
Перед тремя группами была поставлена задача — организовать базу для ведения разведывательно-диверсионной работы на Украине, в том числе и в Киеве. В Мухоедовских лесах, на границе Житомирской, Киевской и Гомельской областей, в районе, уже занятом партизанами (действовала там и разведгруппа командира-омсбоновца Евгения Мирковского), в 5 километрах от небольшого немецкого гарнизона, и осели разведгруппы 4-го Управления НКВД. Рядом, на Лысой горе, был устроен аэродром; куда прибывали советские самолеты, доставлявшие оружие, взрывчатку и подрывников.
Бойцы сразу же начали обживаться на новом месте. С помощью местных жителей были построены землянки, баня. Этим занимался хозяйственный взвод. Был в отряде и врач, также из Москвы — Нина Николаевна Рогачева.
С базы отправлялись группы в Киевскую, Житомирскую и Курскую области для подготовки диверсий на железных дорогах. Эта задача была особенно актуальна, немцы как раз готовили наступление в районе Белгорода. Так, только группа из 7 человек во главе с Францем Драгомерецким[3] совершила более 25 взрывов поездов в районе под Винницей, Жмеринкой и Шепетовкой — за 300 км от базы отрада.
Разведка отряда во главе с Петром Романовичем Перминовым[4] пыталась установить контакт с заброшенными ранее в немецкий тыл диверсионными группами. Для передвижения по оккупированной территории требовались документы (аусвайс). Их готовил художник из местных жителей. Также были привлечены к сотрудничеству с советской разведкой (проще говоря, завербованы) многие служащие местной полиции, созданной оккупантами. Потом они воевали с немцами уже в составе отрада.
