В тот же день специальная комиссия вскрыла мощи. Около недели необлаченные мощи святых стояли в храмах, затем их вернули на прежние места. За организацию крестного хода с выражением протеста против этой варварской, незаконной даже в свете советских декретов акции 8 июля 1920 г. Владыка был арестован по обвинению в антисоветской агитации. Три недели он находился в заключении в Ярославской тюрьме, а в это время в Ростове собирались тысячи подписей верующих за его освобождение. В итоге архиепископ Иосиф был освобожден, но постановлением Президиума ВЧК от 26 июля 1920 г. приговорен к одному году заключения условно с предупреждением о неведении агитации[51].
Весной 1922 г. на Русскую Православную Церковь обрушились новые тяжелые испытания — развернутая по указанию Политбюро ЦК РКП(б) кампания по изъятию церковных ценностей и обновленческий раскол, также непосредственно организованный органами государственной власти, в частности ГПУ. После ареста Патриарха Тихона в мае 1922 г. власть в Церкви на год захватили просоветски настроенные обновленцы, сформировавшие свое Высшее Церковное Управление.
Архиепископ Иосиф также был арестован в мае 1922 г. по делу «о противодействии изъятию церковных ценностей» и 19 июля приговорен в г. Ростове Ярославским губернским революционным трибуналом к 4 годам лишения свободы. После этого — третьего за последние три года — ареста Владыка был вынужден дать подписку «не управлять епархиею и не принимать никакого участия в церковных делах и даже не служить открыто»[52]. По предписанию председателя ВЦИК М. И. Калинина от 5 января 1923 г. он в этом же месяце был освобожден досрочно. После освобождения Владыка затворился в Угличском Алексеевском монастыре и оттуда все же негласно управлял епархией, отвергая всякий диалог с обновленцами. Категорическое неприятие их принесло преосвященному Иосифу уважение и народную любовь. Верующие всячески поддерживали своего архипастыря. Когда 14 марта была образована приходская община храмов Спасо-Иаковлевского монастыря, архиепископа избрали ее председателем.
После освобождения в июне 1923 г. Патриарха Тихона начался катастрофический спад влияния обновленчества. Борьбу с ним в Ярославской губернии возглавлял архиепископ Ростовский. Так, в письме начальника Ярославского губернского отдела ГПУ в ОГПУ от 8 августа 1923 г. говорилось: «Обновленческая группировка в настоящее время почти совершенно прекратила свою деятельность под натиском тихоновской группировки. Большинство духовенства и верующих идет по пути тихоновщины, ослабляя морально и материально обновленческую группировку. Во главе тихоновской группировки стоит епископ Ростовский Иосиф. Данное лицо по Ярославской губернии в настоящее время весьма авторитетно не только среди духовенства и верующих, но и среди советских работников низового аппарата, и в особенности Ростовского уезда… Заручившись из Наркомюста официальной бумагой, разрешающей Иосифу создать свое параллельное ВЦУ Ярославское отделение Епархиального управления, Иосиф ведет линию всеми способами к полной ликвидации обновленческой группы как лицо весьма авторитетное среди духовенства и верующих и доказавшее себя, что и современная власть не всегда может его обуздать в его реакционной деятельности. Конечно, его настоящая деятельность, нужно признать, идет достаточно успешно. При таких обстоятельствах деятельность обновленческой группы в Ярославской губернии, собственно, должна замереть, что и можно констатировать в настоящее время. Для поддержания деятельности обновленческой группы, безусловно, необходимо изъять из пределов Ярославской губернии епископа Иосифа, что значительно ослабит тихоновскую группу, и этим самым дать возможность оживиться и обновленческой группе, главным образом за счет верующих, ибо епископ Иосиф в глазах верующих — самое авторитетное лицо из духовенства Ярославской губернии, а потому значительная часть верующих идет за ним не только как за тихоновцем, но и как за известным им Иосифом, которого и Советская власть по велению бога избавляет от наказания (выражения верующих). Без этой операции нет возможности хотя бы минимально поддерживать деятельность обновленческой группы»
