Операцию по проведению расследования этого сообщения, получившую кодовое название «Клубок», Сталин поручил лично наркому внутренних дел СССР Ягоде. Следственные мероприятия развернулись с 10 января. Их составной частью стало «дело контрреволюционной группы в Кремле», называемое еще «Кремлевским делом».
Но началось это расследование с того, что оно сразу пошло по упрощенному пути. 20 января начальники СПО Г.А. Молчанов и Оперативного отдела еврей К.В. Паукер провели первые допросы обслуживающего персонала, названных выше трех уборщиц. Затем к следствию подключились заместитель начальника СПО еврей Г.С. Люшков, начальник второго отделения еврей М.А. Каган и его заместитель С.М. Сидоров. 27 января «чекисты» арестовали племянника Каменева Б.Н. Розенфельда, работавшего инженером московской ТЭЦ, а через четыре дня – порученца коменданта Кремля А.И. Синелюбова.
Допросы Розенфельда дали основания обратить внимание на его мать, работавшую в правительственной библиотеке Кремля, Н. Розенфельд (урожденную княжну Бебутову) и ее коллег – Е. Муханову и Е. Раевскую (урожденная княжна Урусова). Показания Синелюбова привели к аресту помощника коменданта Кремля В. Дорошина, начальника спецохраны и помощника Петерсона И. Павлова, коменданта Большого Кремлевского дворца И. Лукьянова и начальника административно-хозяйственного управления П. Полякова.
Оказалось, что в отличие от «интеллигентных» уборщиц в среде работавших в Кремле бывших аристократов и комсостава муссировались более свежие и острые темы. Так, урожденная княжна Бебутова-Розенфельд считала: «Киров убит на романтической почве», а Урусова-Раевская утверждала, что «убийство Кирова совершено на личной почве». Помощник коменданта Кремля Дорошин делал отсюда заключение, что «Ленин ценил Зиновьева и Каменева как ближайших соратников», а Сталин «несправедливо» обвинил их в убийстве Кирова из политического соперничества.
В процессе расследования всплыли и более серьезные пустячки. Так, из показаний Дорошина выяснилось, что в Кремле был практически дешифрован и стал известен всей охранной службе курсантов секретный «список 17». Этот список, включавший в себя под номерами «всех членов Политбюро... и руководителей партийно-советского аппарата», использовался для фиксирования их времени прибытия и отъезда из Кремля.
Конечно, курсантам, знавшим членов руководства в лицо, не составляло труда «вычислить» зашифрованные номерами фамилии. Но Ягода удачно воспользовался установлением этого факта. И через шесть дней, 14 февраля, по его представлению Политбюро утвердило решение «Об охране Кремля». Этот документ полностью менял систему обеспечения безопасности проживавших в Кремле членов руководства страны и охраны правительственных зданий.
Но главное заключалось в том, что Кремлевский караул был выведен из подчинения ЦИК и Наркомата обороны и подчинен «комиссариату внутренних дел по внутренней охране и... комиссариату обороны по внешней охране». Одновременно предусматривался вывод из Кремля многочисленных советских учреждений и Школы им. ВЦИК, насчитывающей 8 рот – полторы тысячи военнослужащих,– являвшейся гарнизоном Кремля. Для замены охранявших Кремль курсантов Школы срочно стал готовиться полк НКВД специального назначения. Таким образом, теперь непосредственное руководство охраной от Петерсона переходило к А. Успенскому, ставшему заместителем коменданта Кремля и находившемуся в подчинении Ягоды.
В связи с выявившимися обстоятельствами обнаружения «элементов разложения» и «нарушения обеспечения секретности» 11 февраля Политбюро поручило Ежову вместе с заместителем КПК З.М. Беленьким «проверить личный состав аппарата ЦИК СССР и ВЦИК РСФСР».
В этом не было ничего необычного. Как и в том, что, получив 17 февраля от Молчанова «Сборник № 1 протоколов допросов по делу Дорошина В.Г., Лукьянова И.П., Синелюбова А.И., Мухановой Е.К. и других», Ежов сделал свои выводы. О «засоренности социально-чуждыми элементами» правительственной библиотеки и политической неблагонадежности комсостава Кремлевского караула.
Однако ни ягодинские следователи, ни Ежов в этот период не приоткрыли покрывала, скрывшего замыслы «дворцового переворота», созревавшего в стенах Кремля. Правда, в результате распутывания «Клубка» Енукидзе, являвшийся одной из главных фигур, связывающих участников заговора, лишился властных полномочий. 4 марта газеты опубликовали постановление ЦИК СССР: