Порвав с общиной, непреклонный и гордый вольнодумец после анафемы покинул отцовский дом. Он добровольно решил скитаться по чужим квартирам во имя "расширения пределов власти человека для осуществления всего возможного". Он знал, что здесь, в еврейском квартале на улице Бургвал, в доме родителей, ему покоя не будет от фанатичных и суеверных соплеменников, от раввинов и старейшин. На человека, ушедшего из Фляенбурга, власть иудейских пастырей уже не распространялась. Но рабби не успокоились. Саул Мортейро обратился с жалобой на философа к городским властям. Магистрат включил в поход против атеиста кальвинистский консисториат.
Перед угрозой всепобеждающей силы атеизма и материализма служители различных религий готовы забыть недавние религиозные кровавые столкновения и протягивать друг другу руки. Братание синагоги и церкви еще больше разоблачает реакционную сущность как христианской, так и иудейской религий. Иудаизм и христианство всегда душили пытливость ума, любое проявление вольномыслия и предавали анафеме смелых мыслителей и революционеров, поднявшихся на борьбу против отсталости и невежества. Переправив "прошение" раввината пасторам амстердамского церковного совета, светские власти просили его дать свое "авторитетное" заключение по делу Спинозы. Рассмотрев "преступные деяния" вольнодумца, "святые отцы" пришли к заключению, что рабби прав: богохульник должен быть строго наказан. Магистрат приказал Спинозе немедленно покинуть Амстердам.
После изгнания Спиноза поселился в деревушке Оуверкерк. Гам он прожил несколько месяцев, а затем снова вернулся в Амстердам, где около трех лет жил в кругу друзей-коллегиантов. В течение этого времени он усиленно занимался самообразованием и в совершенстве овладел профессией шлифовальщика алмазов и линз.
Почему Спиноза не поступил в университет, а занялся самообразованием? Что он изучал в течение 1656-1659 годов? Эти вопросы требуют ответа, ибо, отдавая должное гению и темпераменту Спинозы, нельзя рассматривать его жизнь в отрыве от эволюции науки и философии его времени.
Передовых идей, включенных в творческую лабораторию молодого философа, не найти в аудиториях тогдашних университетов. "Академии, основываемые на государственный счет, - отмечал Спиноза, - учреждаются не столько для развития умов, сколько для их обуздания". Труды, которые волновали и восхищали его, не изучались в университетах. Так, в 1643 году в Утрехте, в 1647 году в Лейдене, а в 1656 году во всей Голландии было запрещено читать лекции по философии Декарта. В университетских программах не существовало лекций о Бруно, Галилее, Бэконе и других подлинных творцах науки и философии. Профессора, ставленники официальной учености и мудрости, затрачивали много слов на изложение философии Аристотеля в трактовке средневековых комментаторов. Аристотель царил на кафедрах богословия и философии. Его "Органон" стал библией для каждого, кто думал посвятить себя официозному любомудрию.
Высмеивая тех, кто на "своих схоластических мельницах" перемалывает средневековый мрак, великий и страстный мыслитель принялся за серьезное и глубокое изучение новых идей астрономии, математики и механики. Слова Галилея о том, что философия записана в книге вселенной языком математики треугольниками и кругами, - поражали своей новизной, ясностью и прямотой. Спиноза обдумывал свою философскую систему, логически обоснованную, как математическая формула.
В школе Эндена Спиноза штудировал труды древних философов, Бруно и Декарта. В деревне Оуверкерк, а затем в кругу друзей он главным образом изучал произведения английского философа Фрэнсиса Бэкона. Его "Новый органон", "Опыты и наставления", "Новая Атлантида" стали настольными книгами молодого мыслителя. Барух был захвачен гениальной утопией, нарисованной в "Новой Атлантиде", вымышленным бенсалемским государством, в котором решающую роль играло общество "Дома Соломонова", ибо цель этого общества - "познание причин и скрытых сил всех вещей, расширение власти человека над природой, покуда все не станет для него возможным".