В своем неутомимом желании превратить Японию в могучее и процветающее государство самурайские лидеры Мэйдзи считали необходимым установление централизованной формы правления. А это потребовало прежде всего ликвидации ханов, удельных владений. Это был смелый шаг, и в общем-то он вряд ли мог найти поддержку у сословия даймё и самураев. Кидо выступил как агитатор. Он умолял даймё «благоразумно отказаться от своих ханов», ибо государственное устройство «делает невозможным оставить для частных нужд хоть пядь земли». Доводы Кидо, подкрепленные либеральными решениями финансовых и наследственных проблем со стороны правительства, склонили даймё на его сторону, и в 1871 году все ханы уступили место префектурам, находящимся под юриспруденцией центрального правительства.
Ликвидация удельных владений, ханов, привела к неизбежному перемещению из исконных мест многих частных школ классического военного искусства, находившихся под покровительством удельного князя даймё. Немало таких школ умерло, потеряв поддержку, а выжившие сохранились в двух ипостасях: 1)Наподобие школы Араки-рю маньчжурского происхождения в Этидзэне (ныне префектура Фукуи), малочисленной сплоченной группы, не афиширующей свою деятельность, и 2)вроде школы Сэкигути-рю, ранее покровительствуемой одной из ветвей рода Токугавы, в Овари (ныне префектура Айти), разбитой на многочисленные филиалы, каждый из которых включал довольно большое число членов. Наряду с этим были и классические рю, не связанные с каким-либо уделом, наподобие Тэнсин Сёдэн Катори Синто-рю и Касима Синто-рю. Помимо классических рю получили развитие новые, но ни одна из новоявленных школ не могла даже надеяться сравняться с более старыми, классическими рю в технике владения боевым искусством; это и были так называемые современные, родственные классическим рю.
Ликвидация ханов коснулась судеб примерно двух миллионов самураев. Далеко идущие финансовые реформы угрожали потерей наследственного самурайского жалованья. Но и другие социальные реформы толкнули всех оказавшихся не у власти самураев в ряды тех консерваторов, кто жаждал возвращения традиций средневекового рыцарства. Сословные различия между даймё, самураями и простолюдинами в соответствии с родовитостью предков номинально сохранились, но сословные привилегии фактически были ликвидированы в 1871 году. Кугэ (придворная знать) и даймё становились кидзоку, иначе лордами; самураи некоторых рангов образовывали сидзоку, иначе дворянство; неродовитые самураи вместе с простолюдинами составляли хэймин – простой народ. Так что заметная часть лидеров Мэйдзи по социальному происхождению была простолюдинами.
Возмущение среди провинциальных экс-самураев социальными и финансовыми рефрмами усилилось после того, как правительство Мэйдзи стало исподволь внушать мысль бывшим самураям бросить обычаи ношения дайсё, сочетания длинного и короткого меча, что являлось отличительным знаком самурая и предметом его гордости. Немногие самураи последовали такому совету. В 1873 году Симадзу Тадаёси, бывшему даймё Сацумы, прозванному императором «оплотом нации», был предложен высокий пост в правительстве; его уговорили прибыть в Токио и принять столь высокое предложение. Симадзу появился в столице в сопровождении нескольких сотен самураев, одетых в платье средневекового рыцаря и подпоясанных двумя мечами. Симадзу тем самым выразил свой протест против прогрессивных мер, предпринимаемых правительством Мэйдзи.
Люди наподобие Ямагаты Аритомо основную потребность усматривали в проведении государством военной реформы. Достижение желаемой цели, выраженное в девизе фукоку-кёхэй, требовало наличия больших вооруженных сил, как для поддержания внутреннего порядка, так и для защиты от внешней политической и экономической экспансии. Ямагата, раненный во время разгромного столкновения с западными военными силами у города Симоносэки в последние годы правления токугавского бакуфу, убедился, что современное огнестрельное оружие должно придти на смену устаревшему оружию средневековых рыцарей; к тому же нужно было отказаться от архаичной системы будзюцу в качестве исходного тактического средства ведения боя. В 1873 году Ямагата занял пост военного министра в министерстве по военным делам; Сайго был назначен командующим императорскими сухопутными силами. Министерство по военным делам делилось на военное и морское ведомства; бывшие самураи из прежнего удела Тёсю заправляли в первом, а сацумские самураи – во втором.
