Работа с агентурой никогда не была сильной стороной царских офицеров, но генштабисты ускоренных курсов в данном вопросе разбирались еще меньше. Регистрационное управление сохраняло их в своем составе вплоть до лета 1919 г., когда поставленный во главе РУ анархист Тимофей Самсонов (Бабий), некогда отчисленный Теодори с Курсов военного контроля, очистил советскую военную разведку от офицеров-«золотопогонников». Эта чистка, как это ни парадоксально, имела и положительные результаты: Самсонов изменил порядок работы с агентурой, при нем получила значительно большее распространение совершенно необходимая в деле агентурной разведки конспирация. Основную ставку Самсонов, в отличие от прежних руководителей РУ, сделал на зарубежные партийные организации, и не ошибся в выборе, хотя постоянный недостаток выделяемых центральному органу советской военной разведки средств привел к ситуации, когда сотрудники стали именовать Регистрационное управление «мертвым трупом». К тому же, РУ полностью сосредоточилось на агентурной разведке и не уделяло должное внимание войсковой разведке и радиоразведке, а потому, по выражению одного из преподавателей Академии Генерального штаба РККА С. Савицкого, «в то время когда Гражданская война придавала большое значение агентуре, последняя, будучи несогласованна с войсковой в едином аппарате, не смогла дать соответствующих удовлетворительных результатов».
Разведотделы Полевого штаба и фронтовых штабов при этом работали более эффективно, чем центральный орган военной разведки. Ежедневные разведсводки Полевого штаба, обобщавшие самые важные и достоверные сведения по всем фронтам и территориям противника, осуществляли информирование высшего военно-политического руководства Советской Республики.
Положительно отразилось на организации агентурной разведки направление в РУ постоянного представителя ЦК РКП(б). В конце 1919–1921 г. Регистрационным управлением были созданы агентурные сети в Польше, Литве, Латвии, Эстонии, Германии, дававшие крайне ценную информацию о потенциальных врагах Советской России. В 1921 г. в итоге реорганизации РУ появилось Разведывательное управление Штаба РККА с разветвленной структурой, издававшее подробные сводки о положении в иностранных государствах.
В органах военной контрразведки Михаил Кедров начал проводить жесткую селекцию кадров. Это была необходимость, но критерии, по которым проводилась чистка, не ясны, а методы крайне жестки: старые кадры под различными предлогами выжимались, а насаждались «новые со взглядами ВЧК», но и они не держались за работу в Особом отделе. Кедров твердо взял курс на автономность Особого отдела как от руководства РВСР, так и от руководства ВЧК, что вызывало крайнее раздражение и Льва Троцкого, и Феликса Дзержинского. Вряд ли это заставило бы Ленина изменить ситуацию, если бы деятельность «никому не подконтрольного» ОО ВЧК не вредила бы делу борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии. 18 августа 1919 г. Особый отдел возглавил сам Дзержинский.
До конца 1918 г. ВЧК и фактически неподконтрольные ей местные органы по борьбе с контрреволюцией действовали по принципу «схватил, посадил, продержал, вызвал из тюрьмы, посмотрел, допросил, отпустил»: следователей не хватало, тюрьмы переполнены, при подозрениях военных специалистов хватали, но грамотно допросить и получить основания для расстрела или отправки в концлагеря чекисты в силу неопытности не могли. Будущие легенды органов государственной безопасности (Артузов) характеризовались в марте 1919 как люди «малоспособные». Одним словом — «вверхновщина» (выражение военного контрразведчика И. Зорина).
В сентябре 1919 г. первый крупный успех ВЧК и ее Особого отдела, связанный с ликвидацией организаций Всероссийского национального центра в Москве и Петрограде, «окрылил» военных контрразведчиков. В 1919–1921 гг. аппарат ОО стремительно развивался, а функции усложнялись. Это привело в частности к тому, что в 1920–1921 гг. военная контрразведка вскрыла агентурные сети иностранных государств и финансируемых ими белогвардейских организаций (прежде всего Савинковской организации «Народного союза защиты родины и свободы» с центром управления в Варшаве). К концу Гражданской войны наладились в целом и взаимоотношения Особого отдела ВЧК с военным ведомством.
